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Résumé

Le mildiou de la vigne, causé par l'oomycète Plasmopara viticola, est une des plus importantes maladies de la vigne. De nouvelles variétés de vigne partiellement résistantes à la maladie sont aujourd’hui disponibles et permettent de maitriser les épidémies de mildiou et de réduire fortement le recours aux fongicides. Cependant, l'érosion des résistances de certaines de ces variétés a été récemment décrite, confirmant le fort potentiel adaptatif de P. viticola. Une meilleure compréhension des processus d'adaptation du mildiou à son hôte, nécessaire pour un contrôle durable, requiert le développement des ressources génomiques disponibles.

Dans ce contexte, nous avons séquencé le génome de P. viticola avec la technologie PacBio longues séquences (long reads), permettant l'obtention d'un assemblage de génome de grande qualité, plus continu et plus complet que ceux publiés précédemment. Cette approche a rendu possible l'étude détaillée de son architecture génomique et la découverte d'un répertoire plus exhaustif des gènes impliqués dans l'interaction entre le pathogène et son hôte. L'utilisation de longues séquences ouvre également la possibilité d'étudier des régions génomiques très complexes: à titre d'exemple, je présenterai des résultats concernant la région déterminant le type sexuel chez P. viticola, région qui jusque maintenant qui restait inconnue chez les oomycètes.