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Equipe Ecogere

Rémy J. PETIT

UMR Biodiversité Gènes et Communautés
Service National en tant que “Volontaire Aide Technique”, Programme de Botanique Terrestre dans l’archipel Crozet, Terres Australes et Antarctiques Françaises; chercheur contractuel (six mois), Université de Rennes I

Diplômes et formation

• Habilitation à diriger des recherches en 1999, Université Paris-Sud (Orsay): Diversité génétique et histoire des populations d’arbres forestiers.
• Thèse de doctorat en 1992, Université de Paris-Sud (Orsay): Polymorphisme de l’ADN chloroplastique dans un complexe d’espèces : les chênes blancs européens.
• Diplôme d’Études Approfondies en 1988, Ressources Génétiques et Amélioration des Plantes, INAPG & Université de Paris-Sud.
• Études universitaires en classe préparatoire au lycée Faidherbe à Lille, puis à l’Université de Lille I et de Paris XI

Activités de management

Depuis 2011, je suis responsable de l’UMR BIOGECO (110 personnes, dont 70 permanents). 

Thèmes de Recherche

Je suis généticien des populations. Mes principaux objets d’étude sont les arbres, mais je cherche à identifier les processus généraux qui façonnent la biodiversité à différentes échelles de temps. J’utilise à la fois des approches empiriques (basées typiquement sur l’utilisation de marqueurs moléculaires et de méthodes d’analyse des données génétique) et des approches théoriques (à l’aide de simulations, en collaboration essentiellement). Parmi les thèmes abordés, on peut mentionner la phylogéographie, la paléogénétique, l’évolution moléculaire, la génétique des populations, l’étude du système de reproduction, la biologie comparative, la génétique des communautés, la spéciation et la génétique de la conservation.

Résultats marquants

• J’ai contribué à lancer les travaux sur la phylogéographie chez les plantes au début des années 1990.
• J’ai coordonné des projets européens sur la phylogéographie et la paléogénétique des arbres (1999-2003).
• J’ai développé des marqueurs moléculaires et des méthodes d’analyse de la diversité génétique très utilisées.
• J’ai dirigé le travail qui a conduit pour la première fois à l’extraction d’ADN à partir de bois, y compris à partir d’échantillons de bois anciens (1999-2003).
• Co-inventeur d’une méthode pour tester la conformité de l’origine géographique du bois (2002, brevet déposé).
• J’ai mis en évidence une relation négative entre flux de gènes et introgression, une avancée majeure dans l’étude de la spéciation (2008-2009).
• Je poursuis actuellement des recherches sur la délimitation d'espèces, l'hybridation et la spéciation.

Activités éditoriales et missions

J’ai été éditeur associé de Conservation Genetics(2002-2006) et suis éditeur associé de Molecular Ecology(depuis 2003). A ce titre, je gère ~40 manuscrits par an. J’ai été lecteur arbitre pour une vingtaine de revues scientifiques et j’ai évalué des projets pour plusieurs agences de recherche et universités françaises et étrangères.
J’ai effectué deux missions au Maroc en tant qu’expert pour la FAO sur la génétique de l’arganier, avec Rémi Chaussod (INRA Dijon).

Conférences

J’ai organisé ou co-organisé trois conférences internationales :

• Phylogeography of European trees and shrubs and application for their conservation and management, Fontainebleau, 27-30 Juin 2001; 70 participants
• Introducing genetic and palaeogenetic approaches in plant palaeoecology and archaeology, Bordeaux, 4-6 Septembre 2003, Bordeaux; 80 participants
• Genetics of Fagaceae and Nothofagacea, Talence, 9-12 Octobre 2012

Conférencier invité en Allemagne, Angleterre, Autriche, Canada, Danemark, Espagne, France, Italie, Japon, Maroc, Mexique, Norvège, Pologne, Portugal, Suède, Suisse, Tchéquie, USA…

Distinctions

• Listé parmi les chercheurs les plus cités dans le monde par Thomson Reuters en 2014
• Scientific Achievement Award de l’Union Internationale des Organisations de Recherche Forestière en 2005
• Médaille de vermeil de l’Académie d’Agriculture de France en 1998 pour mes travaux sur la biologie évolutive des arbres forestiers.
• Diplôme Honoraire délivré par le ministère de l’agriculture, des forêts, de l’eau et de l’environnement de Roumanie au titre de la coopération en matière de recherche forestière et de développement.

Projets de recherches en cours

Je continue à valoriser des recherches initiées avant de diriger l'unité, sur la traçabilité du bois de chêne utilisé pour la tonnellerie, l’hybridation et la régénération des chênes, les déterminants démographiques de l'hybridation, l'histoire des hêtraies dans l'ouest de la France, la phylogéographie du mélèze en Europe et le barcoding des arbres de Guyane.

Enseignement et encadrement d’étudiants

J’enseigne actuellement la génétique des populations aux étudiants de Master 2 à l’Université de Bordeaux et à Bordeaux Science Agro (ex. ENITA), mais seulement quelques heures par an. En 2002 j’ai été Professeur invité à l’Université Libre de Bruxelles. J’ai enseigné aussi à des Masters ou doctorants à Nancy I, Lille I, Séville, Lausanne, Athens (Georgia, USA), Marburg (Allemagne)… J’encadre des étudiants en Master et en thèse. Voici la liste des doctorants que j’ai encadré :

• Brigitte Demesure (Musch) (1996) Analyse de la diversité chloroplastique en utilisant des fragments PCR chez des Fagacées: Fagus sylvaica L. et Quercus ssp. Bordeaux I. Actuellement en poste au Conservatoire Génétique de l’ONF (musch_at_orleans.inra.fr).
• Abdelhamid El Mousadik (1997) Organisation de la diversité génétique de l’arganier Argania spinosa L. Apport des marqueurs nucléaires et cytoplasmiques. Actuellement Professeur à l’Université Ibnou Zohr, Agadir, Maroc (elmousadik_at_caramail.com).
• Sylvie Dumolin-Lapègue (1998) Variabilité chloroplastique et mitochondriale chez les chênes blancs européens à deux échelles spatiales. Paris XI Orsay. Actuellement chercheuse à l’IFREMER (slapegue_at_ifremer.fr).
• Delphine Grivet (2001) Phylogéographie et évolution moléculaire comparée d’arbres forestiers à l’aide des marqueurs chloroplastiques, Université de Nancy I. Actuellement PostDoc au CIFOR-INIAà Madrid (dgrivet_at_inia.es).
• Joëlle Chat (2003) Transmission des génomes cytoplasmiques et phylogénie moléculaire chez Actinidia. INAPG. Actuellement ingénieur de recherches à l’INRA St Pée/Nivelle (chat_at_st-pee.inra.fr).
• Marie-France Deguilloux (2003) Traçabilité des bois de chêne : méthodes moléculaires et applications. Université de Nancy I. Actuellement Maître de Conférences à l’Université de Bordeaux, Laboratoire d'Anthropologie des Populations du Passé, UMR PACEA (mf.deguilloux_at_anthropologie.u-bordeaux1.fr).
• Jérôme Duminil (2006) Etudes comparatives de la structure génétique des plantes. Université de Nancy I. Actuellement en postdoc à l’Université Libre de Bruxelles (jduminil_at_ulb.ac.be).
• Fang Du (2007-2010) Phylogéographie et hybridation d’un complexe d’épicéas en Chine. Etudiante en co-tutelle entre l’université de Lanzhou (Chine) et de Bordeaux (dufang325_at_gmail.com).
• Erwan Guichoux (2008-2011) Prédiction de la qualité des bois de chêne pour l’élevage des vins et des alcools : comparaison des approches moléculaires, physicochimiques et sensorielles (guichoux_at_pierroton.inra.fr).
• Lélia Lagache (2010-2012) Factors contributing to the maintenance of species differentiation between Quercus robur and Q. petraea. University of Bordeaux.
• Stefanie Wagner (2010-2013) Integrating fossil data, vegetation modelling and genetic analyses of modern tree populations to reconstruct the history of Larix in Europe. Thèse en cotutelle avec Thomas Litt, Université de Bonn, Allemagne, co-encadrée en France par Sophie Gerber.

Publications récentes choisies

A ce jour, j'ai publié 14 chapitres d'ouvrages et plus de 120 papiers dans des revues à comité de lecture international (dont plusieurs revues de synthèse et commentaires ou opinions). La liste est régulièrement mise à jour sur mon site Google Scholar. En Octobre 2014, ces publications avaient été citées ~17500 fois ; mon indice bibliométrique (h-index) est de 65 selon Google Scholar et de 55 selon ISI web of science. Ci-dessous quelques publications récentes représentatives. J’ai aussi classé mes papiers par thème. Une liste complète par année de publication est également disponible.

2014

• Lagache L, Klein EK, Ducousso A, Petit RJ (2014) Distinct male reproductive strategies in two closely related oak species. Molecular Ecology23, 4331–4343.
• de Lafontaine G, Amasifuen Guerra CA, Ducousso A, Sánchez‐Goñi MF, Petit RJ (2014) Beyond skepticism: uncovering cryptic refugia using multiple lines of evidence. New Phytologist204, 450-454.
• de Lafontaine G, Amasifuen Guerra CA, Ducousso A, Petit RJ (2014) Cryptic no more: soil macrofossils uncover Pleistocene forest microrefugia within a periglacial desert. New Phytologist204, 715-729.

2013

• de Lafontaine G, Ducousso A, Lefèvre S, Magnanou E, Petit RJ (2013) Stronger spatial genetic structure in recolonized areas than in refugia in the European beech.Molecular Ecology22, 4397-4412.
• Guichoux E, Garnier-Géré P, Lagache L, Lang T, Boury C, Petit RJ (2013) Outlier loci highlight the direction of introgression in oaks.Molecular Ecology 22, 450-462.
• Hampe A, Pemonge M-H, Petit RJ (2013) Efficient mitigation of founder effects during the establishment of a leading-edge oak population. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 280, 20131070.
• Lagache L, Klein EK, Guichoux E, Petit RJ (2013) Fine-scale environmental control of hybridization in oaks.Molecular Ecology22, 423-436.
• Lagache L, Leger J-B, Daudin J-J, Petit RJ, Vacher C (2013) Putting the biological species concept to the test: using mating networks to delimit species.PLoS ONE8, e68267.
• Petit RJ, Carlson J, Curtu AL, Loustau M-L, Plomion C, González-Rodríguez A, Sork V, Ducousso A (2013) Fagaceae trees as models to integrate ecology, evolution and genomics.New Phytologist197, 369-371.

2012

• Goicoechea PG, Petit RJ, Kremer A (2012) Detecting the footprints of divergent selection in oaks with linked markers. Heredity 109, 361-371.
• Lefèvre S, Wagner S, Petit RJ, De Lafontaine G (2012) Multiplexed microsatellite markers for genetic studies of beech. Molecular Ecology Resources 12, 484.
• Wagner S, Gerber S, Petit RJ (2012) Two highly informative dinucleotide SSR multiplexes for the conifer Larix decidua (European larch). Molecular Ecology Resources 12, 717-724.

2011

• Du FK, Peng XL, Liu JQ, …, Petit RJ (2011) Direction and extent of organelle DNA introgression between two spruce species in the Qinghai-Tibetan Plateau. New Phytologist 192: 1024-1033.
• Guichoux E, Lagache L, Wagner S, …, Petit RJ (2011) Current trends in microsatellite genotyping. Molecular Ecology Resources 11: 591-611.
• Guichoux E, Lagache L, Wagner S, Leger P, Petit RJ (2011) Two highly validated multiplexes (12-plex and 8-plex) for species delimitation and parentage analysis in oaks (Quercus spp.). Molecular Ecology Resources 11: 578-585.
• Petit RJ (2011) Early insights into the genetic consequences of range expansions. Heredity 106: 203-204.
• Zeng Y-F, Liao W-J, Petit RJ, Zhang D-Y (2011) Geographic variation in the structure of oak hybrid zones provides insights into the dynamics of speciation. Molecular Ecology 20: 4995-5011.

2010

• Hampe A, El Masri L, Petit RJ (2010) Origin of spatial genetic structure in an expanding oak population. Molecular Ecology 19: 459-471.
• Hampe A, Petit RJ (2010) Cryptic forest refugia on the ‘Roof of the World’. New Phytologist 185: 5-7.
• Revardel E, Franc A, Petit RJ (2010) Adaptive parental effects promoted by sex-biased dispersal. BMC Evolutionary Biology 10: 217.
• Zeng YF, Liao WJ, Petit RJ, Zhang DY (2010) Exploring species limits in two closely related Chinese oaks. Plos One 5.

2009

• Burgarella C, Lorenzo Z, Jabbour-Zahab R, Lumaret R, Guichoux E, Petit RJ, Soto A, Gil L (2009) Detection of hybrids in nature: application to oaks (Quercus suber and Q. ilex). Heredity 102, 442-452. (pdf)
• Du KF, Petit RJ, Liu J (2009) More introgression with less gene flow: chloroplast versus mitochondrial DNA in the Picea asperata complex in China, and comparison with other Conifers. Molecular Ecology 18, 1396-1407. (pdf)
• Duminil J, Hardy OJ, Petit RJ (2009) Plant traits correlated with generation time directly affect inbreeding depression and mating system and indirectly genetic structure. BMC Evolutionary Biology 9:77. (pdf)
• Excoffier L, Foll M, Petit RJ (2009) Genetic consequences of range expansions. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics 40, 481-501. (pdf)
• Hu FS, Hampe A, Petit RJ (2009) Paleoecology meets genetics: Deciphering past vegetational dynamics. Frontiers in Ecology & Environment 7, 371-379.
• Lepais O, Petit RJ, Guichoux E, Lavabre JE, Alberto F, Kremer A, Gerber S (2009) Species relative abundance and direction of introgression in oaks. Molecular Ecology 18, 2228-2242. (pdf)
• Lorenzo Z, Burgarella C, López de Heredia U, Lumaret R, Petit RJ, Soto Á, Gil L (2009) Relevance of genetics for conservation policies: The case of the 67 remaining Minorcan cork oaks. Annals of Botany, in press.
• Petit RJ, Excoffier L (2009) Gene flow and species delimitation. Trends in Ecology & Evolution 24, 386-393. (pdf)

2008

• Currat M, Ruedi M, Petit RJ, Excoffier L (2008) The hidden side of invasions: massive introgression by local genes. Evolution 62:1908-1929.
• Dick CW, Hardy OJ, Jones FA, Petit RJ (2008) Spatial scales of pollen and seed-mediated gene flow in tropical rain forest trees. Tropical Plant Biology 1:20–33.
• Dodet M, Petit RJ, Gasquez J (2008) Local spread of the invasive Cyperus esculentus (Cyperaceae) inferred using molecular genetic markers. Weed Research 48:19-27. (pdf)
• Duminil J, Grivet D, Ollier S, Jeandroz S, Petit RJ (2008) Multilevel control of organelle DNA sequence length in plants. Journal of Molecular Evolution 66:405-415. (pdf)
• Petit RJ (2008) On the falsifiability of the nested clade phylogeographic analysis method. Molecular Ecology 17:1404. (pdf)
• Petit RJ (2008) The coup de grace for the nested clade phylogeographic analysis? Molecular Ecology 17:516-518. (pdf)
• Petit RJ, Hu FS, Dick CW (2008) Forests of the past: A window to future changes. Science 320:1450-1452. (pdf)
• Vendramin GG; Fady B, Gonzalez-Martinez SC, Hu FS, Scotti I, Sebastiani F, Soto Á, Petit RJ (2008) Genetically depauperate but widespread: The case of an emblematic Mediterranean pine. Evolution 62:680-688.

2007

• Duminil J, Fineschi S, Hampe A, Jordano P, Salvini D, Vendramin GG, Petit RJ (2007) Can population genetic structure be predicted from life-history traits? American Naturalist 169:662-672.
• Hampe A, Petit RJ (2007) Ever deeper phylogeographies: trees retain the genetic imprint of Tertiary plate tectonics. Molecular Ecology 16:5113-5114. (pdf)
• Musch, B., A. Valadon, and R. Petit, L’histoire du hêtre au Quaternaire : un nouvel éclairage et des enseignements pour l’avenir. Rendez-Vous Techniques de l’ONF, 2007. Hors Série 2: 22-28.
• Petit RJ, Vendramin GG (2007) Phylogeography of organelle DNA in plants: an introduction. In: Weiss S, Ferrand N, eds. Phylogeography of Southern European Refugia. Springer, pp. 23-97. (pdf)
• Prida A, Ducousso A, Petit RJ, Nepveu G, Puech J-L (2007) Variation in wood volatile compounds in a mixed oak stand: strong species and spatial differentiation in whisky-lactone content. Annals of Forest Science 64:313-320. (pdf)

2006

• Anderson LL, Hu FS, Nelson DM, Petit RJ, Paige KN (2006) Ice-age endurance: DNA evidence of a white spruce refugium in Alaska. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103:12447-12450. (pdf)
• Bialozyt R, Ziegenhagen B, Petit RJ (2006) Contrasting effects of long distance seed dispersal on genetic diversity during range expansion. Journal of Evolutionary Biology 19:12-20. (pdf)
• Deguilloux MF, Bertel L, Celant A, Pemonge M-H, Sadori L, Magri D, Petit RJ (2006) Genetic analysis of archaeological wood remains: first results and prospects. Journal of Archaeological Science 33:1216-1227. (pdf)
• Duminil J, Caron H, Scotti I, Cazal S-O, Petit RJ (2006) Blind population genetics survey of tropical rainforest trees. Molecular Ecology 15:3505-3513. (pdf)
• Grivet D, Deguilloux MF, Petit RJ, Sork VL (2006) Contrasting patterns of historical colonization in white oaks (Quercus spp.) in California and Europe. Molecular Ecology 15:4085-4093. (pdf)
• Lexer C, Kremer A, Petit RJ (2006) Shared alleles in sympatric oaks: recurrent gene flow is a more parsimonious explanation than ancestral polymorphism. Molecular Ecology 15:2007-2012. (pdf)
• Liepelt S, Sperisen C, Deguilloux M-F, Petit RJ, Kissling R, Spencer M, de Beaulieu J-L, Taberlet P, Gielly L, Ziegenhagen B (2006) Authenticated DNA from ancient wood remains. Annals of Botany 98:1107-1111.
• Magri D, Vendramin GG, Comps B, Dupanloup I, Geburek T, Gömöry D, Latałowa M, Litt T, Paule L, Roure JM, Tantau I, van der Knaap WO, Petit RJ, de Beaulieu J-L (2006) A new scenario for the Quaternary history of European beech populations: palaeobotanical evidence and genetic consequences. New Phytologist 171:199-221. (pdf)
• Petit RJ, Hampe A (2006) Some evolutionary consequences of being a tree. Annual Review of Ecology, Evolution and Systematics 37:187-214. (pdf)
• Richardson DM, Petit RJ (2006) Pines as invasive aliens: Outlook on transgenic pine plantations in the southern hemisphere. In Landscapes, genomics and transgenic conifers, CG Williams ed., Springer, pp. 169-188.