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Équipe Bois, Génomes et Sélection anthropique (XYLOMES)

Administrateur de Systèmes d'informations - Bases de données - Développement Web - Bio-informatique 

François EHRENMANN    

UMR 1202 Biodiversité Gènes & Communautés
INRA
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS Cedex – France

Tel. : + 33 5 35 38 53 35

Courriel : francois.ehrenmann_at_inrae.fr

Formation

1998 Maîtrise de Chimie - Université François Rabelais Tours

1999 DEA Chimie des biomolécules - Université Montpellier II

2005 DESS Bio-informatique - Université Montpellier II

Activités

• Gestion, développement et maintenance des applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau EVOLTREE (Quercus Portal, Pinus Portal).
• Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie).
• Interopérabilité avec les bases de données et le système d'information GnpIS développés par l'Unité de Recherche Génomique Info (URGI Versailles)
• Co-développement avec plate forme de bioinformatique GENOTOUL (INRA Toulouse-Auzeville)
• Administrateur / Gestionnaire de bases de données
• Plans de gestions de données (PGD) de projets et d'unité
• Référent Données Opérationnel (RDO) du département ECODIV
• Co-animateur cellule Qualité de l'UMR
• Membre du Pôle de Compétence Métier Informatique de l'unité 

  

• Co-pilote de processus SSI pilier Forêt RARe
• Administration sites Sharepoint
  • Gestionnaire Electronique de Documents de l'unité GED
  • Site équipe XYLOMES
  • Site Infrastructure nationale IN-SYLVA
• Administrateur du dataverse d'unité BIOGECO
• Groupe Recherche Action CIRON (groupe Base de données, action dans le développement de bases de données et application web)

Domaines de compétences

• Gestion et maintenance SGBD (PostGreSQL, MySQL, MongoDB), serveurs web, administration Linux.
• Développement d'applications Web : Ruby On Rails, PHP, PERL/cgi, JAVA, PYTHON, Javascript.
• Data management
• Outils bio-informatiques d'analyses de séquences (BLAST, FASTA, CLUSTAL, etc...), logiciels de visualisation 3D (Jmol, QuickPDB).
• Cluster de calcul GENOTOUL (INRA Toulouse-Auzeville) / MIGALE  (INRA Jouy-en-Josas)
• Utilisateur NGSPipelines (integrates pipelines and user interfaces to help biologists to analyse data outputed from biological applications such as RNAseq, sRNAseq, ChipSeq, BS-seq, ...)
• Assurance Qualité
• Administration de sites sharepoint

Participation aux projets de recherche en cours

• 2021 - 2022 Prototypes numériques / Site Web Sylv’Eclair : Aide au déclenchement des éclaircies dans les peuplements de Pin maritime
• 2021 - 2025 FORGENIUS : Improving access to FORest GENetic resources Information and services for end-USers
• 2019 - 2021 SPNA : Sylviculture de Précision en Nouvelle-Aquitaine
• 2018 - 2022 HOMED : Holistic management of emerging forest pests and disease. Coordonné par Hervé Jactel. Web : http://homed-project.eu/
• 2018-2021 ANR EpiTree: Evolutionary and functional impact of EPIgenetic variation in forest TREEs. Coordonné par Stéphane Maury. Web : https://www6.inra.fr/epitree-project/
• 2014-2019 7PCRD (ERC advanced grant), TREEPEACE: From holocene to anthropocene: the pace of microevolution in trees. Coordonné par Antoine Kremer. Web : http://www.treepeace.fr/
• Avancées sur le séquençage du génome du chêne : http://www.oakgenome.fr/

Participation aux infrastructures de recherche

• Infrastructure de recherche nationale RARe (Ressources Agronomiques pour la Recherche) / Pilier Forêt (CRB Forêts : 1 CRB géré par l’Inra, 15 espèces, 10 000 échantillons)
• Infrastructure nationale IN-SYLVA regroupant les dispositifs de recherche des Établissements travaillant sur la gestion forestière. Web : https://www6.inra.fr/in-sylva-france/

Publications choisies

https://cv.hal.science/francois-ehrenmann

2023

• Effects of the cascading translocations of larch (Larix decidua Mill.) on canker disease due to Lachnellula willkommii (R. Hartig) Dennis. Cécile Robin , Stefanie Wagner , Olivier Baubet , François Ehrenmann , Bastien Castagneyrol
  Annals of Forest Science, 2023, 80 (1), pp.29. ⟨10.1186/s13595-023-01200-z⟩

2020

• Cyril Dutech, N. Feau, Isabelle Lesur, François Ehrenmann, Thomas Letellier, et al.. An easy and robust method for isolation and validation of single-nucleotide polymorphic markers from a first Erysiphe alphitoides draft genome. Mycological Progress, Springer Verlag, 2020, 19 (6), pp.615-628. ⟨10.1007/s11557-020-01580-w⟩. ⟨hal-02768215⟩

2018

• Lefranc MP., Ehrenmann F., Kossida S., Giudicelli V., Duroux P. (2018) Use of IMGT^® Databases and Tools for Antibody Engineering and Humanization. In: Nevoltris D., Chames P. (eds) Antibody Engineering. Methods in Molecular Biology, vol 1827. Humana Press, New York, NY. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8648-4_3

• Plomion C, Aury JM, Amselem J, Leroy T, Murat F, Duplessis S, Faye S, Francillonne N, Labadie K, Le Provost G, Lesur I, Bartholomé B, Faivre-Rampant P, Kohler A, Leplé JC, Chantret N, Chen J, Diévart A, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Bogeat-Triboulot MB, Bouffaud ML, Brachi B, Chancerel E, Cohen D, Couloux A, Da Silva C, Dossat C, Ehrenmann F, Gaspin C, Grima-Pettenati J, Guichoux E, Hecker A, Herrmann S, Hugueney P, Hummel I, Klopp C, Lalanne C, Lascoux M, Lasserre E, Lemainque A, Desprez-Loustau ML, Luyten I, Madoui MA, Mangenot S, Marchal C, Maumus F, Mercier J, Michotey C, Panaud O, Picault N, Rouhier N, Rué O, Rustenholz C, Salin F, Soler M, Tarkka M, Velt A, Zanne A, Martin F, Wincker P, Quesneville H, Kremer A, Salse J. Oak genome reveals facets of long lifespan. Nature Plants 4: 440-452. DOI: https://doi.org/10.1038/s41477-018-0172-3

2017

• Fine-scale species distribution changes in a mixed oak stand over two successive generations.
  Truffaut L, Chancerel E, Ducousso A, Dupouey JL, Badeau V, Ehrenmann F, Kremer A.
  New Phytol. 2017 Jul;215(1):126-139. doi: 10.1111/nph.14561. Epub 2017 Apr 26.
  PMID: 28444962

• Adaptive and plastic responses of Quercus petraea populations to climate across Europe.
  Sáenz-Romero C, Lamy JB, Ducousso A, Musch B, Ehrenmann F, Delzon S, Cavers S, Chałupka W, Dağdaş S, Hansen JK, Lee SJ, Liesebach M, Rau HM, Psomas A, Schneck V, Steiner W, Zimmermann NE, Kremer A.
  Glob Chang Biol. 2017 Jul;23(7):2831-2847. doi: 10.1111/gcb.13576. Epub 2017 Jan 25.
  PMID: 27885754

2016

• High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome.
  Bodénès C, Chancerel E, Ehrenmann F, Kremer A, Plomion C.
  DNA Res. 2016 Apr;23(2):115-24. doi: 10.1093/dnares/dsw001.
  PMID: 27013549

• High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster).
  Plomion C, Bartholomé J, Lesur I, Boury C, Rodríguez-Quilón I, Lagraulet H, Ehrenmann F, Bouffier L, Gion JM, Grivet D, de Miguel M, de María N, Cervera MT, Bagnoli F, Isik F, Vendramin GG, González-Martínez SC.
  Mol Ecol Resour. 2016 Mar;16(2):574-87. doi: 10.1111/1755-0998.12464.
  PMID: 26358548

• Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.
  Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A, Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B, Fouteau S, Francillonne N, Gaspin C, Guichard C, Klopp C, Labadie K, Lalanne C, Le Clainche I, Leplé JC, Le Provost G, Leroy T, Lesur I, Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F, Salin F, Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P, Salse J, Quesneville H, Kremer A.
  Mol Ecol Resour. 2016 Jan;16(1):254-65. doi: 10.1111/1755-0998.12425.
  PMID: 25944057

2015

• Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution.
  de Miguel M, Bartholomé J, Ehrenmann F, Murat F, Moriguchi Y, Uchiyama K, Ueno S, Tsumura Y, Lagraulet H, de Maria N, Cabezas JA, Cervera MT, Gion JM, Salse J, Plomion C.
  Genome Biol Evol. 2015 Sep 23. pii: evv185. [Epub ahead of print]
  PMID: 26400405

• Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high-density SNP array for genetic analysis in European white oaks.
  Lepoittevin C, Bodénès C, Chancerel E, Villate L, Lang T, Lesur I, Boury C, Ehrenmann F, Zelenica D, Boland A, Besse C, Garnier-Géré P, Plomion C, Kremer A.
  Mol Ecol Resour. 2015 Nov;15(6):1446-59. doi: 10.1111/1755-0998.12407.
  PMID: 25818027

• The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release.
  Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leplé JC, Murat F, Ueno S, Bartholomé J, Lalanne C, Ehrenmann F, Noirot C, Burban C, Léger V, Amselem J, Belser C, Quesneville H, Stierschneider M, Fluch S, Feldhahn L, Tarkka M, Herrmann S, Buscot F, Klopp C, Kremer A, Salse J, Aury JM, Plomion C.
  BMC Genomics. 2015 Feb 21;16:112. doi: 10.1186/s12864-015-1331-9.
  PMID: 25765701

2014

• Genome-wide distribution of genetic diversity and linkage disequilibrium in a mass-selected population of maritime pine.
  Christophe Plomion, Emilie Chancerel, Jeffrey Endelman, Jean-Baptiste Lamy, Eric Mandrou, Isabelle Lesur, François Ehrenmann, Fikret Isik, Marco Cam Bink, Joost van Heerwaarden, Laurent Bouffier
  BMC Genomics 03/2014; 15(1):171.

• De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology
  Canales, J. ; Bautista, R. ; Label, P. ; Gómez-Maldonado, J. ; Lesur, I. ; Fernández-Pozo, N. ; Rueda-López, M. ; Guerrero-Fernández, D. ; Castro-Rodríguez, V. ; Benzekri, H. ; Cañas, R. A. ; Guevara, M.-A. ; Rodrigues, A. ; Seoane, P. ; Teyssier, C. ; Morel, A. ; Ehrenmann, F. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Reymond, I. ; García-Gutiérrez, A. ; Trontin, J.-F. ; Lelu-Walter, M.-A. ; Miguel, C. ; Cervera, M. T. ; Cantón, F. R. ; Plomion, C. ; Harvengt, L. ; Avila, C. ; Gonzalo Claros, M. ; Cánovas, F. M.
  Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3) : 286-299.

2013

• High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination.
  Emilie Chancerel, Jean-Baptiste Lamy, Isabelle Lesur, Céline Noirot, Christophe Klopp, François Ehrenmann, Christophe Boury, Grégoire Le Provost, Philippe Label, Céline Lalanne, Valérie Léger, Franck Salin, Jean-Marc Gion, Christophe Plomion
  BMC Biology 04/2013; 11(1):50.

Présentations orales

• Development of high density linkage maps in European oak for multi-objective genetic applications
  Bodenes, C. ; Chancerel, E. ; Lepoittevin, C. ; Ehrenmann, F. ; Lesur, I. ; Roussel, G. ; Kremer, A. ; Plomion, C.
  IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
• Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies
  Lesur, I. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Ehrenmann, F. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Buscot, F. ; Tarkka, M. ; Aury, J.-M. ; Plomion, C.
  IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
• Quercus portal: a web resource for genetics and genomics of oaks
  Ehrenmann, F. ; Kremer, A.
  IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
• Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome
  Plomion, C. ; Amselem, J. ; Aury, J.-M. ; Bodenes, C. ; Chancerel, E. ; Dencausse, B. ; Duplessis, S. ; Ehrenmann, F. ; Faivre-Rampant, P. ; Jamilloux, V. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Lalanne, C. ; Leroy, P. ; Lesur, I. ; Luyten, I. ; Martin, F. ; Noirot, C. ; Pavy, N. ; Le Provost, G. ; Quesneville, H. ; Roussel, G. ; Salin, F. ; Salse, J. ; Steinbach, D. ; Zytnicki, M.
  IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.

Posters

• Forest Tree Genomics: genomic resources, bioinformatics, databases and research questions
  F Ehrenmann, I Lesur, J Bartholomé, L Bouffier, JM Gion, A Kremer, G Le Provost, T Leroy, C Plomion
  Bordeaux Computational Biology and Bioinformatics (2014)
• De novo assembly of Fagus sylvatica transcriptome based on Sanger and 454 ESTs: application in transcriptome-scale analysis of bud phenology and markers development
  Lesur, I. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Ehrenman, F. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Plomion, C.
  IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.