Pôle de compétences Informatique
Depuis 2019, je suis affecté à temps plein au pôle de compétence informatique. Je prends plus particulièrement en charge la partie gestion et administration de l'infrastructure informatique de l'unité sur laquelle s'appuie également la plateforme génome transcriptome de Bordeaux (PGTB). Véritable appui de proximité pour les collègues, le PCM-informatique intervient également pour aider et conseiller sur les solutions informatiques et leur mise en œuvre pour mener à bien nos activités de recherche. Plus particulièrement spécialisé Linux, mes missions sont multiples et notamment :
- Installation, Gestion, administration et maintenance du stockage NAS (Talence et pierroton)(190 To)
- Installation et maintenance de serveurs de virtualisation
- Installation et gestion de machines virtuelles
- Choix et installation de configurations dédiées (ex: serveur pour analyse image drone)
- Veille technologique et évolution des outils
- Modélisation et construction de Bases de données
- Conception et mise en place de sites/applications web
- Conception de système de Gestion de Données
- Parsing de données
- Amélioration de code en C notamment
- Support et aide sur shell, C, perl, linux
Philippe CHAUMEIL
UMR BIOGECO - Biodiversité Gènes et Communautés
INRA
69 route d’Arcachon
33612 CESTAS Cedex – France
Tel : 05 57 12 27 45
Fax: 05 57 12 28 81
Courriel : philippe.chaumeil_at_inrae.fr
Thématiques de recherche
Barcoding et Diversité du vivant : R-Syst
=> Pour plus d'information : Site R-SYST
Étude de la formation du bois
Réponse à la sécheresse
Etude des réponses moléculaires du Pin maritime soumis à un déficit hydrique
Doctorat de l’Université Henri Poincaré de Nancy I
Domaines de Compétences annexes
Gestion et conception des expérimentations et du laboratoire
- Culture hydroponique en conditions contrôlées(conception et réalisation)
- Mesure de paramètres physiologiques(capteur de PAR, chambre à pression)
- Automates de pipetage
- Démarche Qualité et Métrologie :Participation active et animation pour leur mise en place et pour l'amélioration du fonctionnement du laboratoire
Techniques et Méthodologies de Biologie Moléculaire
- Extractions d’ADN et d’ARN (Bois, Racines, Aiguilles)
- Techniques basées sur la PCR - RT - PCR quantitative
- Séquençage
- Electrophorèse agarose et acrylamide
- Création et gestion de banques de clones bactériens
Méthodologies
- Génotypage : SSR, ISSR, AFLP, Courbe de fusion
- Utilisation des filtres nylon, des puces à ADNc et de la PCR quantitative pour l'étude de la régulation de l’ expression des gènes
- Détection des différences d'expression des gènes entre tissus ligneux par construction de banques SSH
- Analyse du transcriptome par la construction de banques d’ADNc et le séquençage à haut-débit
Expérience Professionnelle
2008-(...) Mise en place de la structure informatique du réseau R-Syst
2006-2008 Développement de ressources génomiques sur le Bois, INRA BioGeco Bdx.
2005-2006Développement technologique (puces à ADN pin). INRA BioGeCo Bdx.
2002-2005Etude de la réponse au stress hydrique du pin maritime. (Thèse de Doctorat) INRA BioGeCo Bdx.Formations
Diplômes
2002 Doctorat de Biologie végétale et Forestière UHP (Université Henri Poincaré), Nancy, France.
2001 DEA de Biologie Forestière à l’ UHP(UniversitéHenriPoincaré), Nancy, France.
2000 Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie à l’UBO (Université de Bretagne Occidentale), Brest.(spécialité : biotechnologie, amélioration des plantes)
Formation continue
Formation Gestion de Projet sous MS Project, Formatic, Merignac (France)
Formation Logiciel statistique R, INRA, Cestas (France)
Formation Programmation en Perl, INRA, Villenave d’Ornon (France)
Communications scientifiques
Publications
Paiva JAP, Garnier-Géré PH, Rodrigues JC, Alves A, Santos S, Graça J, Le Provost G, Chaumeil P,Da Silva-Perez D, Bosc A, Fevereiro P, Plomion C (2008) Plasticity of maritime pine (Pinus pinaster) wood-forming tissues during a growing season. New Phytologist (pdf)
Le Provost G, Herrera R, PAIVA JAP,Chaumeil P, Salin F, Plomion C (2007) A micromethod for high throughput RNA extraction in forest trees. Biological Research 40:291-297
Plomion C, Chagné D, Pot D, Kumar S, Wilcox PL, Burdon RD, Prat D, Peterson DG, Paiva J,Chaumeil P, Vendramin GG, Sebastiani F, Nelson CD, Echt CS, Savolainen O, Kubisiak TL, Cervera MT, de María N, Islam-Faridi MN (2007) Pines. In: Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants, Vol. 7 Forest Trees, Chap. 2, pp29-92, Chitta R. Kole (Ed). Springer, Heidelberg, Berlin, New York, Tokyo
Chaumeil P(2006) Plasticité moléculaire de deux écotypes de pin maritime soumis à un stress osmotique. Thèse de doctorat. Gion JM, Lalanne1 C, Le Provost G, Ferry-Dumazet H, Paiva1 J, Frigerio JM,Chaumeil P, Barré A, De Daruvar A, Brach J, Claverol S, Bonneu M, Plomion C (2005) The proteome of maritime pine wood forming tissue. Proteomics 5 : 3731-3751
Frigerio JM, Dubos C,Chaumeil P, Salin F, Garcia V, Barré A, Plomion C (2004) Using transcriptome analysis to identify osmotic stress candidate genes in maritime pine (Pinus pinasterAit.). In : Sustainable Forestry, Wood products & Biotechnology, BIOFOR proceeding, p348-362
Le Dantec L, Chagné D, Pot D, Cantin O, Garnier-Géré P, Bedon F, Frigerio J-M, Chaumeil P, Léger P, Garcia V, Laigret F, de Daruvar A, Plomion C (2004) Automated SNP detection in expressed sequence tags: statistical considerations and application in maritime pine. Plant Molecular Biology 54: 461-470 (pdf)
Chagné D, Chaumeil P, Ramboer A, Collada C, Guevara A, Cervera M-T, Vendramin GG, Garcia V, Frigerio JM, Echt C, Richardson T, Plomion C (2004) Cross species transferability and mapping of genomic and cDNA SSRs in pines. Theoretical and Applied Genetics 109 : 1204-1214 (pdf)
Leroy X J, Leon K, Hily J M, Chaumeil P, Branchard M (2001) Detection of in vitro culture-induced instability through inter-simple sequence repeat analysis. Theoretical and Applied Genetics 102 (6/7) : 885-891 (pdf)
Posters
Chaumeil P,Boury C, Moreau M, Foulongne M, Rodriguès JC, Fluch S, Plomion C (2007) Exploring phenotypic and molecular plasticity to osmotic stress in a Mediterranean pine. 15th international conference of the Plant and Animal Genome, San Diego, CA. Abstr. P708, 13-17 Janvier 2007
Chaumeil P, Boury C, Moreau M, Foulongne M, Fluch S, Plomion C (2006) A transcriptomic analysis of molecular plasticity of maritime pine trees facing drought. 14th international conference of the Plant and Animal Genome, San Diego, CA. Abstr. P783, 14-18 Janvier 2006
Chaumeil P., Boury C., Léger P., Garcia V, Frigerio J.M., Plomion C. (2003) In silico expression profiling using expressed sequence tags from drought stressed and well watered maritime pine seedlings. Séminaire ECOGENE “Approches du Fonctionnement des Végétaux en Relation avec leur Environnement combinant Ecophysiologie, Génétique et Génomique”, INRA Versailles, 27 et 28 Novembre 2003
Derory J,Chaumeil P, Léger P, Frigerio J-M, Plomion C, Gloessl J, Kremer A (2002) Environmental genomics in forest trees. DYGEN conference: “Dynamics and conservation of genetic diversity in forest ecosystems”, Strasbourg, 2-5 Décembre 2002
Chaumeil P, Chagne D, Krier C, Richardson T, Echt C, Plomion C (2002) Development of microsatellite markers in maritime pine. 10th international conference of the Plant and Animal Genome, San Diego, CA. Abstr. P558 13-18, Janvier 2002
Chagne D,Chaumeil P, Madur D, Lalanne C, Brown G, Neale D, Echt C, Plomion C (2002) Contribution of maritime pine for comparative mapping in conifers. 10th international conference of the Plant and Animal Genome, San Diego, CA. Abstr. P557, 13-18 Janvier 2002
Présentations Orales
Chaumeil P(2008) Approches transcriptomiques dans l’étude de la formation du bois chez le pin maritime. 10èmes rencontres du groupe " Biologie Moléculaire des Ligneux ", Nancy, 5-7 mai 2008
Chaumeil P, Léger P, Frigério J-M, Barre A, Garcia V, Plomion C (2005) Programme de séquençage d’EST chez le Pin maritime. Journées Thématiques Génomique Fonctionnelle : Pôle Génotypage - Séquençage, Bordeaux, 20-21 juin 2005
Chaumeil P, Léger P., Garcia V, Frigerio J.M., Plomion C. The molecular response of conifers to water deprivation. Advanced Reasearch Workshop “Genomic approaches to forest tree stress tolerance-geneforstress”, Chania, Greece, 16-27 septembre 2002
Chaumeil P, Léger P, Garcia V, Frigerio J M, Plomion C (2002) Réponse moléculaire des conifères à un déficit hydrique. Journées Jeunes Chercheurs. Cestas, 12-13 juin 2002
