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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

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INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Offre de thèse Amélioration Pin maritime

22 septembre 2012

Pourvue

Optimisation des stratégies d’amélioration génétique du pin maritime grâce à la valorisation des marqueurs moléculaires.

Résumé du projet :
Le massif des Landes de Gascogne représente une des plus grandes forêts cultivées d’Europe avec près d’un million d’hectares de pin maritime. Ces plantations de pin maritime sont issues d’un programme d’amélioration génétique, initié dans les années soixante et géré par un groupement d’intérêt scientifique auquel participe l’INRA et le FCBA. La sélection récurrente a permis d’obtenir des gains génétiques importants sur la croissance et la qualité du bois tout en maintenant une grande variabilité dans les populations d’amélioration. Les avancées en biologie moléculaire ont, jusqu’à présent, été peu valorisées dans les programmes d’amélioration des essences forestières. Nous proposons, dans le cadre de ce projet de thèse de 3 ans, d’utiliser le génotypage haut-débit comme un nouvel outil pour maximiser les gains génétiques et assurer le renouvellement rapide des sorties variétales. Le génotypage sera utilisé, chez le pin maritime, d’une part, pour reconstituer a posteriori les pedigrees dans les dispositifs dits « polycross » (dispositifs dans lesquels les arbres sont issus de croisements contrôlés entre une mère identifiée et un mélange de 40 pollens) et, d’autre part, pour estimer les apparentements réels (et non estimés avec les pedigrees) dans la population d’amélioration. Il en résultera une meilleure estimation des valeurs génétiques permettant de créer des variétés forestières avec des gains génétiques supérieurs mais aussi, et surtout, la mise en place de stratégies innovantes permettant d’accélérer les cycles de sélection (sélection « forward » parmi les arbres des tests polycross au lieu de la sélection « backward » actuelle consistant à sélectionner leurs parents).

Les principales étapes de cette thèse seront :

  • un travail de terrain en forêt (mesures, récolte d’échantillons)
  • du génotypage haut-débit (extraction d’ADN, génotypage SNPs)
  • une reconstitution de pedigree grâce aux marqueurs
  • l’estimation de valeurs génétiques (modèle mixte individuel)
  • la simulation de stratégies de sélection
  • la rédaction d’articles

Des collaborations avec des équipes étrangères sont envisagées.

Entreprise Institut Technologique FCBA (Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement)

Laboratoire de recherche Unité Mixte de Recherche BIOGECO (Biodiversité, Gènes et Communautés)

Profil recherché :
- Master2 en génétique quantitative, amélioration des plantes

- Connaissances en biologie moléculaire

- Maîtrise de l’anglais

- Intérêt pour le travail en équipe, en particulier avec des partenaires étrangers

La thèse se déroulera sur le site de recherche INRA – FCBA de Pierroton à Cestas (Gironde) à partir de novembre 2012.

Contact :
Des informations complémentaires sur ce sujet de thèse peuvent être obtenues auprès de Laurent Bouffier.

Email : laurent.bouffier_at_fcba.fr Téléphone : 05.56.79.95.05 / 06.83.45.89.12