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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Plomion Christophe (Chercheur)

05 57 12 27 65, plomion@pierroton.inra.fr
PLOMION

Equipe Ecologie et Génomique Fonctionnelle

Christophe PLOMION

INRA, UMR 1202 Biodiversité Gènes & Communautés
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS – France

tel: +33 (0)5 57 12 27 65

email: plomion.christophe@inra.fr

Emplois / Formation / Diplômes

2008-present : Chef de Département Adjoint Ecologie des Forêts, des Prairies et des Milieux Aquatiques (INRA)

2009: Nommé DR1 à l’UMR 1202 BIOGECO, INRA Centre de Bordeaux

2000: HDR Université de Paris-XI-Orsay - « Contribution au développement de la génomique chez le pin maritime »

1995: Thèse de Doctorat « Biologie et Agronomie » de L’ENSA de Rennes : « Cartographie et déterminisme génétique de la hauteur juvénile chez le pin maritime (Pinus pinaster Ait. en condition de croissance accélérée».Thèse réalisée pour moitié aux Etats-Unis (Forest Biotech Group, NCSU, Raleigh, NC)

1992-1995: Agent Scientifique Contractuel, INRA Bordeaux

1992: DAA «Génétique et Amélioration des Plantes», ENSA Rennes

   

Thèmes de recherche

Depuis 1992 mon programme de recherches porte l'étude du déterminisme génétique et environnemental de caractères d’intérêt économique (qualité du bois, production de biomasse) et écologique (adaptation à l'environnement) chez les arbres forestiers (pin, chêne, eucalyptus, peuplier). L’ampleur de la tâche et la complexité des caractères étudiés me conduisent à favoriser une approche multi-échelle et pluri-disciplinaire en m'appuyant sur des collaborations étroites entre généticiens, bioinformaticiens, biologistes moléculaires, écophysiologistes et technologues du bois. Au moment où la recherche en biologie prend le virage de la biologie intégrative, cette approche présente des atouts évident notamment pour  aborder une question centrale de la biologie: la relation génotype - phénotype. Les résultats obtenus permettent d’approfondir nos connaissances sur le déterminisme de ces caractères complexes et les forces évolutives qui ont façonné leur variabilité, ainsi que d’entrevoir les mécanismes physiologiques et moléculaires qui aboutissent à un phénotype donné. J'étudie plus précisément la contribution de la régulation de l'expression des gènes et du polymorphisme structural à la variabilité phénotypique par des approches de génétique directe (détection de QTL et études d'association) et de génomique fonctionnelle (au niveau transcriptomique et protéomique). J'ai pour cela développer des ressources génétiques et génomiques allant de l'installation de dispositifs au champ, au séquençage de génome. En terme d'impact à plus long terme, ces recherches devraient d'une part pouvoir proposer aux améliorateurs des critères de sélection (phénotypique et/ou moléculaires dans le cadre de la sélection génomique) pour créer des variétés répondants aux attentes de la profession et adaptées aux futures conditions environnementales, et d’autre part fournir aux gestionnaires forestiers de nouvelles méthodes pour évaluer la diversité adaptative des peuplements et leur potentiel d’évolution face aux changements climatiques en cours. Depuis plus récemment, mes recherches s'orientent vers la compréhension des processus adaptatifs et démographiques pour prédire le devenir des populations d'arbres dans le contexte du changement climatique. Ces connaissances permettront d'améliorer les stratégies de conservation et de gestion des populations naturelles (modèle chêne) et domestiquées (modèle pin maritime). Dans ce cadre, j'étudie les deux grands processus évolutifs à l'origine de la diversité biologique: l'adaptation locale et la spéciation.

Projets de recherche en cours (intégralité en pdf)

  • (2014-2017) ANR BIOADAPT, WUEtree: Understanding the genetic and environmental determinisms of water use efficiency to improve sustainability of tree plantations. Coordonné par JM Bouvet.
  • (2014-2017) France Génomique, OAKADAPT: Using genome scan of DNA polymorphism and gene expression data for the discovery of genes that matter for forest tree adaptation: oak as a study case. Coordinateur.
  • (2014-2018) ANR, H2Oak: Diversity for adaptive traits related to water use in two temperate European white oaks. Coordonné par O Brendel.
  • (2014-2019) 7PCRD (ERC advanced grant), TREEPEACE: From holocene to anthropocene: the pace of microevolution in trees. Coordonné par A Kremer.
  • (2016-2019) H2020 GENTREE: Optimising the management and sustainable use of forest genetic resources in Europe. Coordonné par B Fady.
  • (2016-2017) METAB-OAK “Natural variation of secondary metabolite production in forest trees: the case of European white oaks” - Action Thématique Transversale « Génotype vers Phénotype », Université de Bordeaux. Coordinateur.

Suivez nos avancés sur le séquençage du génome du chêne ici

Communiqués de presse INRA

Publications depuis 2010 (intégralité sous google scholar)

2017

  • Song J, Brendel O, Bodénès C, Plomion C, Kremer A, Colin F (2017)  X-ray computed tomography to decipher the genetic architecture of tree branching traits: oak as a case study. Tree Genet Genomes 13: 5
  • Holliday J, Aitken S, Cooke J, Fady B,González-Martínez S,Heuertz M, Jaramillo-Correa J, Lexer C, Staton M, Whetten R, Plomion C (2017) Advances in ecological genomics in forest trees and applications to genetic resources conservation and breeding. Mol Ecol (in press)
  • Leroy T, Roux C, Villate L, Bodénès C, Romiguier J, Paiva J, Azema Dossat C, Aury JM, Plomion C, Kremer A (2017)  Extensive recent secondary contacts between four European white oak species. New Phytol (in press)
  • Vidal M, Plomion C, Raffin A, Harvengt L, Bouffier L (2017) Forward selection in a maritime pine polycross progeny trial using pedigree reconstruction. Ann For Sci (in press)
  • Plomion C (2016) Un nouveau champ d’investigation pour étudier le fonctionnement et l'évolution des arbres forestiers: la génomique. In: Chroniques 50 ans de recherches forestières (in press)

2016

  • Le Provost G, Lesur I, Lalanne C , Da Silva C, Labadie K, Aury JM, Leplé JC, Plomion C (2016) Implication of the suberin pathway in adaptation to waterlogging and hypertrophied lenticels formation in pedunculate oak (Quercus robur L.). Tree Physiol doi: 10.1093/treephys/tpw056
  • Bartholomé J, van Heerwaarden J, Bink MCAM, Chancerel E, Boury C, Lesur I, Isik F, Bouffier L, Plomion C (2016) Linkage and association mapping for two major traits of the maritime pine breeding program: tree height and stem straightness. PlosOne 11: e0165323 (PDF)
  • Plomion C, Bartholomé J, Bouffier L, Brendel O, Cochard H, de Miguel M, Delzon S, Gion JM, González-Martínez SC, Guehl JM, Lagraulet H, Le Provost G, Marguerit E, Porté A (2016) The genetic basis of adaptation to water deficit in trees through the examination of water use efficiency and cavitation resistance: maritime pine as a case study. JPH 3: e-008 (PDF)
  • Bartholomé J, Van Heerwaarden J, Isik F, Boury C, Vidal M, Plomion C, Bouffier L (2016) Performance of genomic prediction within and across generations in maritime pine. BMC Genomics 17:604
  • Bodénès C, Chancerel E, Ehremann F, Kremer A, Plomion C (2016) High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome. DNA Res 23:115-24
  • Hego E, Vilain S, Barré A, Claverol S, Dupuy JW, Lalanne C, Bonneu M, Plomion C, Mench M (2016) Copper stress-induced changes in leaf soluble proteome of Cu-sensitive and tolerant Agrostis capillaris L. populations. Proteomics16, 1386-1397
  • Isik F, Bartholomé J, Farjat A, Chancerel E, Raffin A, Sanchez L, Plomion C, Bouffier L (2016) Genomic selection in maritime pine. Plant Science 242, 108-119
  • Lesur I, Köller A, Martin F, Kremer A, Plomion C, Le Provost G (2016) Transcriptomic resources for Hazelnut tree (Corylus avellana L.) in Genomic Resources Notes. Dryad Digital Repository. Mol Ecol Res 16: 377
  • Plomion C, Bartholomé J, Lesur I, Boury C, Rodríguez-Quilón I, Lagraulet H, Ehrenmann F, Bouffier L, Gion JM, Grivet D, de Miguel M, de María N, Cervera M, Bagnoli F, Isik F, Vendramin GG, Gonzalez-Martinez SC (2016) High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster). Mol Ecol Res 16: 574-587
  • Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A, Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B, Fouteau S, Francillonne N, Gaspin C, Guichard C, Klopp C, Labadie K, Lalanne C, Le Clainche I, Leplé JC, Le Provost G, Leroy T, Lesur I, Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F, Salin F, Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P, Salse S, Quesneville H, Kremer A (2016) Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Mol Ecol Res 16: 254-265
  • Plomion C, Bastien C, Bogeat-Triboulot MB, Bouffier L, Déjardin A, Duplessis S, Fady B, Heuertz M, Le Gac AL, Le Provost G, Legué V, Lelu-Walter MA, Leplé JC, Maury S, Morel A, Oddou-Muratorio S, Pilate G, Sanchez L, Scotti I, Scotti-Saintagne C, V, Trontin JF, Vacher C (2016) Forest tree genomics: 10 achievements from the past 10 years and future prospects. Ann For Sci 73: 77-103
  • Jacquot JP, Couturier J, Didierjean C, Gelhaye E, Morel-Rouhier M, Hecker A, Plomion C, Gütle D, Rouhier N (2016) Structural and functional characterization of tree proteins involved in redox regulation: a new frontier in forest science. Ann For Sci 73: 119–134
  • Cabezas JA, González-Martínez SC, Collada C, Guevara MA, Boury C, de-María N, Eveno E, Aranda I, Garnier-Géré P, Brach J, Alía R, Plomion C, Cervera MT (2016). Nucleotide polymorphisms in a pine ortholog of the Arabidopsis degrading enzyme cellulase KORRIGAN are associated with early growth performance in Pinuspinaster. Tree Physiol 1000-1006

2015

  • Vidal M, Plomion C, Harvengt L, Raffin A, Boury C, Bouffier L (2015) Paternity recovery in two Maritime pine polycross mating designs and consequences for breeding. Tree Genet Genomes 11: 105
  • de Miguel M, Bartholomé J, Ehrenmann F, Murat F, Moriguchi Y, Uchiyama K, Ueno S, Tsumura Y, Lagraulet H, de Maria N, Cabezas AJ, Cervera MT, Gion JM, Salse J, Plomion C (2015) Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution. GBE 7: 2799-2809
  • Mauriat M, Leplé JC, Claverol S, Bartholome J, Negroni L, Richet N, Lalanne C, Bonneu M, Coutand C, Plomion C (2015) Quantitative proteomic and phosphoproteomic approaches to decipher the signaling pathway of reaction wood formation in poplar. J Prot Res 14: 3188-3203
  • Lepoittevin C, Bodénès C, Chancerel E, Villate L, Lang T, Lesur I, Boury C, Ehrenmann F, Zelenica D, Boland A, Besse C, Garnier-Géré P, Plomion C, Kremer A (2015) Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high density SNP array for genetic analysis in European white oaks. Mol Ecol Res 15:1446-59
  • Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leplé JC, Murat F, Ueno S, Bartholomé J, Lalanne C, Ehrenmann F, Noirot C, Burban C, Loustau ML, Léger V, Amselem J, Belser C, Quesneville H, Stierschneider M, Fluch S, Feldhahn L, Tarkka M, Herrmann S, Buscot F, Klopp C, Kremer A, Salse J, Aury JM, Plomion C (2015) The oak gene expression atlas:  insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release. BMC Genomics 16:112
  • Lesur I, Bechade A, Lalanne C, Klopp C, Noirot C, Leplé JC, Kremer A, Plomion C, Le Provost G (2015) A unigene set for European beech (Fagus sylvatica L.) and its use to decipher the molecular mechanisms involved in dormancy regulation. Mol Ecol Res 15:1192-1204
  • Jaramillo-Correa JP, Rodriguez-Quilon I, Grivet D, Lepoittevin C, Sebastiani F, Heuertz M, Garnier-Géré P, Alía R, Plomion C, Vendramin GG, González-Martínez SC (2015) Molecular proxies of climate maladaptation in a long-lived tree (Pinus pinaster Aiton, Pinaceae). Genetics 199: 793-807
  • Bartholomé J, Mabiala A, Savelli B, Bert D, Brendel B, Plomion C, Gion JM (2015) Genetic architecture of carbon isotope composition and growth in Eucalyptus across multiple environments. New Phytol 206: 1437-1449
  • Goicoechea PG, Herrán A, Durand J, Bodénès C, Plomion C, Kremer A (2015) A linkage disequilibrium perspective on the genetic mosaic of speciation in two hybridizing Mediterranean white oaks. Heredity 114: 373-86
  • Bartholomé J, Mandrou E, Mabiala A, Jenkins J, Nabihoudine I, Klopp C, J Schmutz, Plomion C, Gion JM (2015) High-resolution genetic linkage maps of Eucalyptus improve BRASUZ1 reference genome assembly. New Phytol 206:1283-96
  • Legay M, Bastien C, Bastien JC, Bartet X, Davi H, Dhôte JF, Ducousso A, Benito- Garzón M, Caquet T, Dreyfus P, Jambois A, Lefèvre F, Marçais B, Mengin-Lecreulx P, Micheneau C, Pinto P, Plomion C, Sardin T (2015) Adaptation : vers un enrichissement du dialogue recherche-gestion. Innovations Agronomiques’. Carrefours de l'Innovation Agronomique, "Intensification durable des systèmes de production forestière", 47, 121-130.Plomion C, Adam-Blondon AF, éditeurs (2015) Land plants: Trees. Série "Advances in Botanical Research, Elsevier", ISBN:  9780123985484.

2014

  • Gion JM, Chaumeil P, Plomion C (2014) EucaMaps: Linking genetic maps and associated QTLs to the Eucalyptus grandis genome. TGG 11: 795
  • Garcés M, Le Provost G, Lalanne C, Claverol S, Barré A, Plomion C, Herrera R (2014) Proteomic analysis during ontogenesis of secondary xylem in maritime pine. Tree Physiol 34:1263-1277
  • Marguerit E, Bouffier L, Chancerel E, Costa P, Lagane F, Guehl JM, Plomion C, Brendel O (2014) The genetics of water-use efficiency and its relation to growth in maritime pine. J Exp Bot 65:4757-68
  • Mandrou E, Denis M, Plomion C, Salin F, Mortier F, Gion JM (2014) Nucleotide diversity patterns in lignification genes and association with lignin phenotypes in Eucalyptus urophylla. TGG 10:1281-1290
  • Hego E, Bes CM, Bedon F, Palagi PM, Chaumeil P, Barre A, Claverol S, Dupuy JW, Bonneu M, Lalanne C, Plomion C, Mench M (2014) Differential accumulation of soluble proteins in roots of metallicolous and non-metallicolous populations of Agrostis capillaris L. exposed to Cu. Proteomics 14:1746-58
  • Plomion C, Chancerel E, Endelman JB, Lamy JB, Mandrou E, Lesur I, Ehrenmann F, Vanheerwaarden J, Bink MCAM, Bouffier L (2014) Genome-wide distribution of genetic diversity and linkage disequilibrium in a mass-selected population of maritime pine. BMC Genomics 15:171
  • Endelman JB, Plomion C (2014) LPmerge: an R package for merging genetic maps by linear programming. Bioinformatics 30: 1623-1624
  • Canales J, Bautista R, Label P, Gómez-Maldonado J, Lesur I, Fernández-Pozo N, Rueda-López M, Guerrero-Fernández D, Castro-Rodríguez V, Benzekri H, Cañas RA, Guevara MA, Rodrigues A, Seoane P, Teyssier C, Morel A, Ehrenmann F, Le Provost G, Lalanne C, Noirot C, Klopp C, Reymond I, García-Gutiérrez A, Trontin JF, Lelu-Walter MA, Miguel C, Cervera MT, Cantón FR, Plomion C, Harvengt H, Avila C, Claros MG, Cánovas FM (2014) de novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology. Plant Biotech J 12: 286–299
  • Lamy JB, Delzon S, Bouche P, Alia R, Vendramin GG, Cochard H, Plomion C (2014) Limited genetic variability and phenotypic plasticity for cavitation resistance in a Mediterranean pine. New Phytol 201: 874-86
  • Mauriat M, Le Provost G, Rozenberg P, Delzon S, Bréda N, Clair B, Coutand C, Domec JC, Fourcaud T, Grima-Pettenati J, Herrera R, Leplé JC, Richet Nicolas, Trontin JF, Plomion C (2014) Wood Formation in Trees. In Tree biotechnology, ed KGRamawat, JMMerillon, MR Ahuja Springer Verlag pp. 56-111.
  • Augusto L, Achat D, Bakker M, Boulanger V, Canteloup D, Landmann G, Legout A, Meredieu C, Plomion C, Pousse N, Ranger J, Trichet P (2014) Intensification des itinéraires et des récoltes : implication pour la durabilité des systèmes. Innovations Agronomiques’. Carrefours de l'Innovation Agronomique, "Intensification durable des systèmes de production forestière", pp15-32.

2013

  • Bartholomé J, Salmon F, Vigneron P, Bouvet JM, Plomion C, Gion JM (2013) Plasticity of primary and secondary growth dynamics in Eucalyptus hybrids: a quantitative genetics and QTL mapping perspective. BMC Plant Biol 13:120
  • Gailing O, Bodénès C, Finkeldey R, Kremer A, Plomion C (2013) Genetic mapping of EST-derived Simple Sequence Repeats (EST-SSRs) to identify QTL for leaf morphological characters in a Quercus robur full-sib family. Trees Genetics & Genomes 9:1361-1367
  • Le Provost G, Domergue F, Lalanne C, Ramos Campos P, Grosbois A, Bert D, Meredieu C, Danjon F, Plomion C, Gion JM (2013) Cuticular wax: an essentiel component of fast growing maritime pine saplings to cope with water deficit. BMC Plant Biol 13:95
  • Plomion C, Fievet V (2013) Oak genomics takes off and enters the ecological genomics era. New Phytol 199: 308-310
  • Chancerel E, Lamy JB, Lesur I, Noirot C, Klopp C, Ehrenmann F, Boury C, Le Provost G, Label P, Lalanne C, Léger V, Salin F, Gion JM, Plomion C (2013) High density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination. BMC Biology 11:50
  • Ueno S, Klopp C, Noirot C, Léger V, Prince E, Kremer A, Plomion C, Le Provost G (2013) Transcriptional profiling of bud dormancy induction and release in oak by next-generation sequencing. BMC Genomics 14:236
  • Petit RJ, Carlson J, Curtu L, Loustau ML, Plomion C, Rodriguez AG, Sork V, Ducousso A (2013) Fagaceae trees as models to integrate ecology, evolution and genomics. New Phytol 197: 369-371

2012

  • Lamy JB, Lagane F, Plomion C, Cochard H, Delzon S (2012) Micro-evolutionary patterns of juvenile wood density in a pine species. Plant Ecol 213: 1781-1792
  • Mackay J, Dean J, Plomion C, Peterson D, Canovas F, Pavy P, Ingvarsson P, Savolainen O, Guevara MA, Fluch S, Vinceti B, Abarca D, Díaz-Sala C, Cervera MT (2012) Towards decoding the conifer giga-genome. Plant Mol Biol 80: 555-569
  • Lamy JB, Plomion C, Kremer A, Delzon S (2012) QST < FST as a signature of canalization ? Mol. Ecol. 21: 5646-5655
  • de Miguel M, de Maria N, Guevara MA,  Diaz L, Sáez-Laguna E, Sánchez-Gómez D, Chancerel E, Aranda I, Collada C, Plomion C, Cabezas JA, Cervera MT (2012) Annotated genetic linkage maps of Pinus pinaster Ait. from a central Spain population based on microsatellites and gene based markers. BMC Genomics 13:527 
  • Bodénès C, Chancerel E, Murat F, Bagnoli F, Gailing O, Durand J, Koelewijn HP, Goicoechea P, Villani F, Roussel G, Salse S, Vendramin GG, Soularue JP, Boury C, Alberto F, Kremer A, Plomion C (2012) Comparative mapping in the Fagaceae and beyond using EST-SSRs. BMC Plant Biol 12:153
  • Ramos P, Le Provost G, Gantz C, Plomion C, Herrera R (2012) Transcriptional analysis of differentially expressed genes in response to stem inclination in young seedlings of pine. Plant Biology 14: 923-933
  • Ramos P, Valenzuela C, Le Provost G, Plomion C, Gantz C, Moya-Leon MA, Herrera R (2012) ACC oxidase and ACC synthase expression profiles after leaning of young radiata (P. radiata D. Don) and maritime pine (P. pinaster Ait.) seedlings. J Plant Growth Regul 31: 382-391
  •  Kremer A, Abbott AG, Carlson JE, Manos PS, Plomion C, Sisco P, Staton ME, Ueno S, Vendramin GG (2012) Genomics of Fagaceae. Trees Genetics & Genomes (2012) 8:583–610
  • Le Provost G, Sulmon C, Frigério JM, Bodénès C, Kremer A, Plomion C (2012) The role of water-logging responsive genes in shapping inter-specific differentiation between two sympatric oak species. Tree Physiol 32: 19-134
  • Mandrou E, Emilie Villar  E, Paulo Hein P,  Vigneron P, Plomion C, Gion JM (2012). A candidate gene for lignin composition in Eucalyptus: Cinnamoyl CoA Reductase (CCR). Trees Genetics & Genomes 8: 353-364
  • Lepoittevin C, Harvengt L, Plomion C, Garnier-Géré P (2012) Association mapping for growth, straightness and wood chemistry-traits in the Pinus pinaster Aquitaine breeding population. Trees Genetics & Genomes 8:113–126
  • Vincent D, Kohler A, Claverol S, Solier E, Joets J, Gibon J, Lebrun M-H, Plomion C, Martin M (2012) The secretome of the free-living mycelium from the ectomycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolour. Journal of Proteome Research 11: 157–171
  • Bedon F, Villar E, Vincent D, Dupuy JW, Lomenech AM, Mabialangoma A, Chaumeil P, Barré A, Plomion C, Gion JM (2012) Proteomic plasticity of two Eucalyptus genotypes under contrasted water regimes in the field. Plant Cell Env 35: 790–805 

2011

  • Plomion C, Vincent D, Bedon F, Joets J, Bonhomme L, Morabito D, Duplessis S, Nilsson R, Wingsle G, Larsson C, Jolivet Y, Renaut J, Pechanova O, Yuceer C (2011) Chapter 6 Poplar Proteomics : Update and Future Challenges  In: Joshi, CP, and SP DiFazio (eds) Genetics, Genomics and Breeding of Crop Plants: Poplar Science Publishers, Enfield, New Hampshire p128-165
  • Plomion C, Bousquet J, Kole C (eds) (2011) Genetics, Genomics and Breeding of Conifers In: Kole C (ed) Genetics, Genomics and Breeding of Crop Plants Science Publ, CRC press, Enfield, NH, USA 480p
  • Villar E, Klopp C, Noirot C, Novaes E, Kirst M, Plomion C, Gion J-M (2011). RNA-Seq reveals genotype-specific molecular responses to water deficit in Eucalyptus. BMC Genomics 12:538
  • Lesur I, Durand J, Sebastiani F, Gyllenstrand N, Bodénès C, Lascoux M, Kremer K, Vendramin GG, Plomion C (2011) A sample view of the pedunculate oak (Quercus robur) genome from the sequencing of hypomethylated and random genomic libraries. Trees Genetics & Genomes 7: 1277-1285
  • Vornam B, Gailing O, Dérory J, Plomion C, Kremer A, Finkeldey R (2011) Characterization and allelic variation of a  dehydrin gene in Quercus petraea (Matt.) Liebl. Plant Biol 13: 881–887
  • Lamy JB, Bouffier L, Burlett R, Plomion C, Cochard H, Delzon S (2011) Uniform selection as the primary evolutionary force of cavitation resistance across a species range. PlosOne 6(8): e23476. doi:10.1371/journal.pone.0023476
  • Chancerel E, Lepoittevin C, Le Provost G, Lin YC, Jaramillo-Correa JP, Eckert AJ, Wegrzyn JL, Zelenika D, Boland A, Frigerio JM, Chaumeil P, Garnier-Géré P, Boury C, Grivet D, Gonzalez-Martinez SC, Rouzé P, van de Peer Y, Neale DB, Cervera MT, Kremer A, Plomion C (2011) Development and implementation of a highly-multiplexed SNP array for genetic mapping in maritime pine and comparative mapping with loblolly pine. BMC Genomics 12: 368
  • Kremer K, Vinceti B, Alia R, Burczyk J, Cavers S, Degen B, Finkeldey R, Fluch S, Gömöry D, Gugerli F, Koelewijn HP, Koskela J, Lefèvre F, Morgante M, Mueller-Starck G, Plomion C, Taylor G, Turok J, Savolainen O, Ziegenhagen B (2011) Forest ecosystem genomics and adaptation : Evoltree conference report. Trees Genetics & Genomes 7:869–875
  • Lepoittevin C, Rousseau JP, Guillemin A, Gauvrit C,  Besson F, Hubert F, Da Silva Perez D, Harvengt L, Plomion C  (2011) Genetic parameters of growth, straightness and wood chemistry traits in Pinus pinaster. Ann For Sci 68:873–884
  • Gion JM, Carouché A, Dewaere S, Boudet C, Bedon F, Pichavant F, Charpentier JP, Baillères H, Rozenberg P, Carocha V, Ougniabi N, Verhaegen D, Grima Pettenati J, Vigneron P, Plomion C (2011) Comprehensive genetic dissection of wood properties in a widely-grown tropical tree: Eucalyptus. BMC Genomics 12: 301
  • Faivre-Rampant P, Lesur I, Boussardon C, Bitton F, Bodénès C, Le Provost G, Bergès H, Fluch S, Kremer A, Plomion C (2011). Analysis of BAC end sequences in oak, providing  insights into the composition of the genome of this keystone species. BMC Genomics 12: 292
  • Abril N,  Gion J-M, Kerner R, Müller-Starck G, Navarro Cerrillo RM, Plomion C, Renaut J,  Valledor L, Jorrin-Novo JV (2011) Proteomics research on forest trees, the most recalcitrant and orphan plant species. Phytochemistry 72: 1219-1242
  • Simonet P, Plomion C, Martin F. Quand la génomique rencontre l’écologie. Biofutur 319 : 26-29
  • Bedon F, Majada J, Feito I, Chaumeil P, Dupuy JW, Lomenech AM, Barre A, Gion JM, Plomion C (2011) Interaction between environmental factors affects the accumulation of root proteins in hydroponically grown Eucalyptus globulus (Labill.). Plant Physiol Biochem 49: 69-76

2010

  • Ueno S, Le Provost G, Léger V, Klopp C, Noirot C, Frigerio J-M, Salin F, Salse J, Abrouk M, Murat F, Brendel O, Derory J, Abadie P, Léger P, Cabane C, Barré A, de Daruvar A, Couloux A, Wincker P, Reviron M-P, Kremer A, Plomion C (2010) Bioinformatic analysis of ESTs collected by Sanger and pyrosequencing methods for a keystone forest tree species: oak. BMC Genomics 11: 650
  • Lepoittevin C, Frigerio JM, Garnier-Géré P, Salin F, Cervera M-T, Vornam B, Harvengt L, Plomion C (2010) In vitro vs in silico detected SNPs for the development of a genotyping array: What can we learn from a non-model species?  PlosOne 5(6): e11034. doi:10.1371/journal.pone.0011034
  • Abrouk M, Murat F, Pont C, Messing J, Jackson S, Faraut T,  Eric Tannier E, Plomion C, Cooke R, Feuillet C, Salse J (2010) Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.  Trends in Plant Sci 15: 479-487
  • Herrera R, Krier C, Lalanne C, Ba EHM, Stokes A, Salin F, Fourcaud T, Claverol S,  Plomion C (2010) (not) Keeping the stem straight: insigths from a phenotypic and proteomic analysis of young maritime pine seedlings undergoing phototropism and gravitropism. BMC Plant Biology 10:217
  • Durand J, Bodénès C, Chancerel E, Frigerio JM, Vendramin G, Sebastiani F, Buonamici A, Gailing O, Koelewijn HP, Villani F, Mattioni C, Cherubini M, Goicoechea PG, Herrán A, Ikaran Z, Cabané C, Ueno S, Alberto F, Dumoulin P-Y, Guichoux E, de Daruvar A, Kremer A, Plomion C (2010) A fast and cost-effective approach to develop and map EST-SSR markers: oak as a case study. BMC Genomics 11: 570

Collaborateurs (voir liste complète ici)