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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Kremer Antoine (Chercheur)

(33) 5 35 38 53 65 antoine.kremer@inra.fr

 

Antoine Kremer

Equipe Ecologie et Génomique Fonctionnelles 

Antoine KREMER

UMR 1202 Biodiversité Gènes & Communautés
INRA
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS – France

Tel : 05 35 38 53 65
Fax: 05 57 12 28 81

Courriel :antoine.kremer@inra.fr

Formation

Activités de recherche

Projets

Réseau

Vidéos

Publications

Formation

Habilitation à diriger des Recherches, Génétique des Populations, 1995, Université de Paris XI-Orsay

Doctorat, Génétique quantitative, 1992 Université de Paris XI-Orsay

Ingénieur des Techniques Forestières, 1976, Ecole Nationale des Ingénieurs des travaux des Eaux et Forêts (ENITEF).

Activités de recherches

Mes activités de recherches concernent la structure et l’évolution de la diversité et de la différenciation génétique entre populations naturelles, quel que soit le niveau où cette diversité s’exprime (Séquence d’ADN, gènes, caractères phénotypiques). Les relations entre ces différents niveaux constituent un des axes prioritaires de mes recherches.

Ces recherches sont motivées par la compréhension des mécanismes évolutifs qui ont conduit à l’organisation actuelle de la diversité. Initialement tournées vers  l’histoire passée des espèces, elles s’intéressent aujourd’hui plus particulièrement à l’évolution future en réponse  aux changements environnementaux.  Elles font donc très largement appel à la microévolution en croisant des approches complémentaires: génétique, génomique et écologie.

1. Approches théoriques et expérimentales

Mes méthodes d’analyse associent des approches expérimentales et théoriques. Un objectif très important est de réunir des données de diversité à différentes échelles spatiales (depuis la population jusqu’à l’aire de distribution) pour en déduire des patrons de distribution, et en inférer les mécanismes évolutifs sous-jacents. Ces données expérimentales sont confrontées à des modèles théoriques et à différents scénarios évolutifs grâce à l’utilisation de simulations informatiques.

2. Modèles expérimentaux

Les chênes européens (Chêne sessile et pédonculé) constituent les principaux modèles d’études. De multiples données de diversité ont été recueillies sur l’ensemble de l’aire naturelle (séquences d’ADN chloroplastique et nucléaires, gènes, caractères phénotypiques). Des observations continues sont menées sur des gradients spatiaux environnementaux (altitude, latitude)  susceptibles de reproduire des changements climatiques futurs. Ces données ont été complétées par les celles relatives aux ressources génomiques (cartes génétiques, banques de séquences d’EST) et sont aujourd’hui réunies sur un portail électronique 

3. Différenciation mono et multilocus

Un aspect particulier de mes recherches concerne les relations entre différenciation de caractères phénotypiques et différenciation au niveau moléculaire. Ces deux niveaux se caractérisent par des différences d’architecture génétiques (multilocus vs monolocus), qui conditionnent en grande partie les « ruptures » de différenciation observées entre caractères quantitatifs (Qst) et données moléculaires (Fst). Les déséquilibres de liaison ainsi que les effets d’interaction entre gènes (épistasie), constituent de ce fait une préoccupation toute particulière.

4. Différenciation adaptative et neutre

Avec le développement de la génomique fonctionnelle, nos recherches se sont progressivement orientées vers l’identification de gènes impliqués dans des caractères liés à l’adaptation des arbres à leur milieu (phénologie du bourgeon terminal et réponse à l’anoxie racinaire). Notre objectif est d’estimer la diversité de séquences dans ces gènes au sein de populations naturelles, en comparaison avec la diversité des caractères phénotypiques eux-mêmes, dans l’espoir d’y retrouver les empreintes moléculaires de la sélection naturelle.

5. Répartition de la différenciation moléculaire au sein du génome

La disponibilité de cartes génétiques dense  du chêne sessile et pédonculé permet aujourd’hui de localiser des régions d’intérêt en combinant deux approches complémentaires : la localisation de QTL de caractères phénotypiques répondant à la sélection naturelle et la cartographie des valeurs de différenciation (Fst) des marqueurs.

6. Différenciation entre populations et différenciation entre espèces

Au-delà de la différenciation génétique entre populations d’une même espèce, mon intérêt porte également sur la différenciation entre espèces proches, notamment au sein du complexe des chênes blancs européens (Quercus petraea et Q. robur), sous l’effet notamment de la sélection diversifiante.

Projets de recherches en cours ou récents.

2014-2019 Projet TREEPEACE financé par l’Union Européenne (projet ERC Advanced Grant FP7 -339728)  «Le rythme de l’évolution des arbres depuis l’holocène jusqu’à l’anthropocène» Coordinateur : Antoine Kremer

Le projet TREEPEACE a pour objectif de mesurer les taux d’évolution des arbres (en prenant pour exemple les chênes)  à différentes échelles de temps, au cours desquelles il y a eu des changements environnementaux majeurs. Trois périodes sont particulièrement suivies: (1) la période de réchauffement post glaciaire (depuis les derniers 15000 ans), (2) la période postérieure au petit âge glaciaire (depuis 1600 jusqu’à nos jours), (3) la période actuelle et future. Le projet s’intéresse aux changements évolutifs qui se sont produits au niveau du génome, mais aussi au niveau de plusieurs caractères phénotypiques contribuant au syndrome adaptatif. Il utilise des approches complémentaires (analyse de l’ADN ancien, reséquencage de génomes entiers, monitoring synchronique at allochronique in situ et en test de provenances, simulation, génétique quantitative évolutive) pour aboutir à une vision générique de l’évolution d’espèces à longue durée de génération, et sur des courtes échelles de temps.

2014-2018  Projet ANR MECC « Mécanismes d’adaptation au changement climatique : comment plasticité phénotypique, micro-évolution et migration affecteront elles la phénologie des arbres forestiers ? » financé par l’ANR. Coordinatrice : Ophélie Ronce.  5 Unités de recherches.

Même si les émissions de serre diminuent dans les prochaines décennies, un changement rapide du climat va se produire, avec des conséquences à long terme sur la viabilité des écosystèmes et leurs services. Il est donc nécessaire de prévoir l’adaptation des populations naturelles à ce changement en termes de migration, plasticité, et changement génétique. Les projections d’impacts du changement climatique sur la biodiversité incorporent très rarement ne serait-ce qu’un des mécanismes d’adaptation.

Nous proposons d’étudier l’interaction entre les trois mécanismes d’adaptation ci-dessus pour décrire et prévoir l’adaptation des arbres forestiers au changement climatique. Nous voulons (1) évaluer la valeur adaptative de la plasticité phénotypique dans les climats actuel et futur à différentes échelles spatiotemporelle, (2) comprendre comment la microévolution en interaction avec la plasticité  et les flux de gènes, façonne les variations phénotypiques dans les climats actuel et futur, (3) utiliser notre compréhension accrue des variations phénotypiques spatiotemporelles afin de mieux prédire la distribution future des espèces.

2011-2020  Laboratoire d’Excellence COTE financé par le Commissariat Général à l’Investissement «  Evolution, adaptabilité et gouvernance des écosystèmes continentaux et côtiers ». Coordinateurs : Antoine Kremer et Hélène Budzinski. 10 unités de recherches appartenant aux Universités  de Bordeaux 1, Bordeaux 2 , Bordeaux 4 et de l’INRA, CNRS, IFREMER et CEMAGREF

L’ambition du LabEx COTE est de développer des recherches couplant l’ensemble des facteurs responsables de l’évolution des écosystèmes (Agrosystèmes, forêts et écosystèmes côtiers), quel que soit l’impact  de l’homme sur leur fonctionnement. Il vise à développer une approche générique s’appliquant  autant aux écosystèmes naturels qu’artificialisés, et prenant en compte les interactions entre écosystèmes.  Cet objectif  nécessite le concours de communautés scientifiques diverses et complémentaires, le développement d’approches intégratives innovantes, un dialogue renforcé entre les chercheurs et la société.

Le LabEx COTE réunit des chercheurs  en biologie, physique, chimie et sciences socio-économiques de l’environnement, pour comprendre et prévoir les réponses des écosystèmes aux changements induits par l’homme et pour fournir des outils et des méthodes de régulation ou de conduite de leur évolution. Les principaux résultats escomptés du Labex COTE devraient conduire à une gestion adaptative des écosystèmes en réponse aux  changements environnementaux.  Cette gestion regroupe des actions d’atténuation de la vulnérabilité des milieux, de mitigation face aux risques naturels et anthropiques, voire de réhabilitation. COTE met en place une cellule d’expertise  dont l’objectif est de renforcer le dialogue entre utilisateurs de la recherche et chercheurs, et de faciliter la mise en oeuvre de la gestion adaptative.

Réseau international

Je coordonne le réseau européen EVOLTREE  qui fonctionne par contribution volontaire de ses membres et est hébergé par l’EFI.  Le réseau regroupe 23 laboratoires issus de 13 pays. Le réseau est la continuation du réseau d’excellence EVOLTREE qui avait été financé par l’Union Européenne de 2006 à 2010.

L’objectif principal du réseau est de promouvoir des recherches dans le domaine de la génomique environnementale en  associant des approches complémentaires faisant appel à la génétique, la génomique, l’écologie et l’évolution et répondant à des préoccupations globales (biodiversité, changements climatiques). Dans cet esprit le réseau maintien et développe des ressources et infrastructures expérimentales mis en place durant la période de financement par  de l’Union Européenne tels que le laboratoire virtuel eLab, le centre de ressources génomiques, des sites d’observation et de suivi. Il facilite aussi l’accès et l’utilisation à ces ressources. Le réseau organise également des écoles d’été et entretient un dialogue avec les utilisateurs des résultats de la recherche.

Vidéos

Présentation de l’ouvrage « Forêts d’hier et de demain. 50 ans de recherches en Aquitaine », Pierroton, 8 décembre 2017 (12 minutes)

Présentation invitée  à la Conférence organisée par l’Académie des Sciences « Trajectoires de la génétique 150 ans après Mendel», Paris, 11-13 Septembre 2016. « Microévolution des chênes en réponse aux crises environnementales passées et actuelles » (37 minutes)

Discours de récipiendaire à la Cérémonie de remise du titre de Docteur Honoris Causa de l’Université Polytechnique de Madrid, Universita Polytechnica de Madrid,  22 Avril 2016. “Le show des chênes” (en anglais, 26 minutes)

Présentation invitée  à la 8ième Conférence de la Société Internationale des Chênes, Morton Arboretum, Isle, Illinois, 18-21 Octobre 2015.“Le rythme de la microévolution des chênes européens au cours de changements environnementaux » (en anglais, 35 minutes)

Discours de récipiendaire à la Cérémonie de remise des Lauriers de l’INRA, Musée du Louvre, Paris, 7 Décembre 2011  (20 minutes)

Interview au sujet du Labex COTE « Evolution, adaptation et gouvernance des écosystèmes continentaux et côtiers », 2010.«Comprendre  le  Labex  Cote » (11 minutes)

Conférence invitée aux Rencontres débats « Sciences-Innovations-Société ». Palais des Congrès, Nancy, 20 Novembre 2007.«La migration des chênes : la diversité, moteur de l’évolution et de la durabilité des forêts » (43 minutes)

Conférence invitée au Marcus Wallenberg Symposium, Stockholm, 29 September 2006. «Comprendre la diversité génétique, pilier de la gestion durable des forêts » (en anglais, 21 minutes).

Discours de récipiendaire à la cérémonie de remise du Prix Marcus Wallenberg, Grand Hotel, Stockholm, 2006. «La diversité: le moteur de l’évolution et de la durabilité » (en anglais, 21 minutes)

Participation à l’émission « Escapades » de FR3 « L’arbre dans tous ses états » Avril 2006  (52 minutes)

Participation à l’émission « Bibliothèque Médicis » (La chaine parlementaire, Public Sénat), Mars 2006.Titre de l’émission « Secrets d’identité » (56 minutes)

Participation à l’émission « Envoyé Spécial » de France 2  « Des arbres et des hommes »  Février 2000 (29 minutes)

Publications récentes

Sáenz-Romero C, Kremer A, Nagy L, Újvári-Jármay É, Ducousso A, Kóczán-Horváth A, Hansen JK,  Mátyás C 2018. Common garden comparisons confirm inherited differences in sensitivity to climate change between forest tree species. Peer J

Mátyás C, Kóczán-Horváth A, Kremer A, Saenz-Romero C, 2018. Juvenile height growth response of sessile oak populations to  simulated climatic change based on provenance test data (in Hungarian). Erdészettudományi Közlemények 8: 131-148 (Doi: 10.17164/EK.2018.009)

Caignard T, Delzon S, Bodénès C, Dencausse B, Kremer A 2018. Heritability and genetic architecture of reproductive related traits in a temperate oak species. Tree Genetics & Genomes (Doi: 10.1007/s11295-018-1309-2)

Pont C, Wagner S, Kremer A, Orlando L, Plomion C, Salse J 2018. Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories using modern and ancient DNA 2018. Genome Biology.

Albarrán‑Lara AL, Petit RJ, Kremer A, Caron H, Peñaloza‑Ramírez JM, Gugger PF, Dávila‑Aranda PD, Oyama K 2018. Low genetic differentiation between two morphologically and ecologically distinct giant-leaved Mexican oaks.  Plant Systematics and Evolution (pdf)

Tuskan GA, Groover AT, Schmutz J, DiFazio SP, Myburg A, Grattapaglia D, Smart L, Yin T, Aury JM, Kremer A, Leroy T, Le Provost G, Plomion C, Carlson JE, Ranfall J, Westbrook J, Grimwod J, Muchero W, Jacobson D, Michener JK, 2018. Hardwood tree genomics: Unlocking woody plant biology.  Frontiers in plant Science  (pdf)

Soularue JP, Thöni A, Arnoux L, Le Corre V, Kremer A 2018. Metapop : an individual –based model for simulating the evolution of tree population in spatially and temporally heterogeneous landscapes. Molecular Ecology Resources (https://doi.org/10.1111/1755-0998.12958)

Cannon CH, Brendel O, Deng M, Hipp AL, Kremer A, Kua CS, Plomion C, Romero Severson J, Sork VL 2018.Gaining a global perspective on Fagaceae genomic diversification and adaptation. New Phytologist 218: 894-897 (pdf)

Kremer A, Caignard C, Deuffic P, Garzon MB, Orazio C, Porté AJ, Robin C, Sergent A 2018. Nouvelles forêts et nouvelles attentes. In « Anticiper les changements climatiques en Nouvelle Aquitaine » H. Le Treut ed., Editions Région Nouvelle Aquitaine, 225-246 

Lesur I, Alexandre, H, Boury C, Chancerel E, Plomion C, Kremer A 2018. Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand. Frontiers in Plant Science.9: 996 (pdf)

Lobo A,Torres-Ruiz J.M, Burlett R, Lemaire C, Parise C, Francioni C, Truffaut L, Tomášková I, Hansen J.K, Kjær E.D, Kremer A and Delzon S. Assessing inter- and intraspecific variability of xylem vulnerability to embolism in oaks. Forest Ecology and Management 424: 53-61 (pdf)

Plomion C,  Aury JM,  Amselem J,  Leroy T, Murat F,  Duplessis S,  Faye S, Francillonne N, Labadie K, Le Provost G,  Lesur I,  Bartholomé J,  Faivre-Rampant P,  Kohler A,  Leplé JC,  Chantret N,  Chen J,   Diévart A,  Alaeitabar T,  Barbe V,  Belser C,  Bergès H,  Bodénès C,  Bogeat-Triboulot MB,  Bouffaud ML,  Brachi B,  Chancerel E,  Cohen D,  Couloux A,  Da Silva C,  Dossat C,  Ehrenmann F,  Gaspin C,  Grima-Pettenati J,  Guichoux E,  Hecker A, Herrmann S, Hugueney P,  Hummel I, Klopp C, Lalanne C,  Lascoux M, Lasserre E,  Lemainque A,  Desprez-Loustau ML,  Luyten I,  Madoui MA, Mangenot S,  Marchal C,  Maumus F,  Mercier J,  Michotey C,  Panaud O, Picault N, Rouhier N, Rué N,  Rustenholz C,  Salin F,  Soler M,  Tarkka M, Velt A,  Zanne AE, Martin F,  Wincker P, Quesneville H,  Kremer A,  Salse J 2018.  Oak genome reveals facets of long lifespan. Nature Plants 4:440-452 (pdf

Leroy T, Rougemont Q, Bodenes C, Lalanne C, Belser C, Labadie K, Le Provost G, Aury JM, Kremer A, Plomion C 2018 Secondary contacts between European white oaks reveal genes underlying reproductive isolation.  bioRxiv 246637 (pdf)

Wagner S, Lagane F, Seguin-Orlando A, Schubert M,  Leroy T, Guichoux E, Chancerel E,Bech-Hebelstrup, Bernard V, Billard C, Billaud Y,  Bolliger M, Croutsch C, Čufar K, Eynaud F, Heussner KU, Koninger J, Langenegger F, Leroy F, Lima C, Martinelli N, Momber G, Billamboz A,  Nelle O, Palomo A, Pique R, Ramstein M,  Schweichel R, Stauble H, Tegel W, Terradas X, Verdin F, Plomion C, Kremer A, Orlando L 2018 High-Throughput DNA sequencing of ancient wood. Molecular Ecology (pdf)

Lowe JL, Breed MF, Caron H, Colpaert N, Dick C, Finegan B, Gardner M, Gheysen G, Gribel R, Berton J,  Harris C, Kremer A, Lemes MR, Margis R, Navarro CM, Salgueiro F, Villalobos-Barrantes HM, Cavers S 2018 Standardised genetic diversity-life history correlates for improved genetic resource management of Neotropical trees.  Diversity and distributions (pdf)

Arbez A. Carnus JC, Kremer A. (éditeurs) 2018. Forêts d’hier et de demain. 50 ans de recherches en Aquitaine. Presses Universitaires de Bordeaux, LGPA Editions, 250p (pdf)

Yousefpour R, Temperli C, Jacobsen JB, Thorsen BJ, Meilby H, Lexer MJ, Lindner M, Bugmann H, Borges JG, Palma JHN, Ray D, Zimmermann NE, Delzon S, Kremer A, Kramer K, Reyer CPO, Lasch-Born P, Garcia-Gonzalo J, Hanewinkel M 2017. A framework for modeling adaptive forest management and decision making under climate change. Ecology and Society 22(4):40. (pdf)  https://doi.org/10.5751/ES-09614-220440

Merceron RN, De Langhe A, Dubois H, Garin O, Gerarts F, Jacquemin F, Balligand B, Otjacques M, Sabbe T, Servranckx M, Wautelet S, Kremer A, Porté AJ, Monty A 2017. Removal of acorns of the alien Quercus rubra on the ground by scatter-hoarding animals in Belgian forests. Biotechnol.Agron.Soc.Environ. 21 (2) (pdf)

Firmat C, Delzon S, Louvet JM, Parmentier J, Kremer A 2017. Evolutionary dynamics of the leaf phenological cycle in an oak metapopulation along an elevation gradient. Journal of evolutionary biology doi: 10.1111/jeb.13185 (pdf)

Caignard T, Kremer A, Firmat C, Nicolas M, Venner S, Delzon S 2017 Increasing spring temperatures favor oak seed production in temperate areas. Scientific Reports 7: 8555 (pdf)

Merceron NR, Leroy T, Chancerel E, Romero-Severson J, Ducousso A, Monty A, Porté AJ, Kremer A  2017. From North America to Europe: deciphering the introduction history of Quercus rubra. Genome 60: 778-790 (pdf)

Merceron RN, De Langhe A, Dubois H, Garin O, Gerarts F, Jacquemin F, Balligand B, Otjacques M, Sabbe T, Servranckx M, Wautelet S, Kremer A, Porté AJ, Monty A 2017. Removal of acorns of the alien Quercus rubra on the ground by scatter-hoarding animals in Belgian forests. Biotechnol.Agron.Soc.Environ. 21 (2) (pdf)

Truffaut L, Chancerel E, Ducousso A, Dupouey JL, Badeau V, Ehrenmann F, Kremer A 2017. Fine scale species distribution changes in a mixed oak stand over two successive generations.  New Phytologist  215: 126-139 (pdf)

Leroy T, Roux C, Villate L, Bodénès C, Romiguier J, Paiva JAP, Dossat C, Aury JM, Plomion C, Kremer A 2017. Extensive recent secondary contacts between four European white oak species. New Phytologist  214: 865-878 (pdf)

Sáenz-Romero C, Lamy JB, Ducousso A, Musch B, Ehrenmann F, Delzon S, Chałupka W,  Daḡdas S, Hansen JK, Lee SL, Liesebach M, Rau HM, Psomas A, Schneck V, Steiner W, Zimmermann NE, Kremer A 2017  Adaptive and plastic population response of Quercus petraea across Europe. Global Change Biology 23: 2831-2847 (pdf)

Song J, Brendel O, Bodenès C, Plomion C, Kremer A, Colin F  2017  X-ray computed tomography to decipher the genetic architecture of tree branching traits: oak as a case study. Trees Genetics & Genomes  13:5 (pdf)

Rellstab C, Zoller S, Walthert L, Lesur I, Bodénès C, Pluess AR, Sperisen C, Kremer A, Gugerli F 2016 Signatures of local adaptation in candidate genes of oaks (Quercus spp.) in respect to present and future climatic conditions. Molecular Ecology  25: 5907-5924 (pdf)

Kremer A 2016 Microevolution of European temperate oaks in response to environmental changes. Compte rendus Biologies 339: 263-267 (pdf)

Porth I, Garnier-Géré P, Klapste J, Scotti-Saintagne C, El-Kassaby Y, Burg K, Kremer A 2016 Species-specific alleles at a β-tubulin gene show significant associations with leaf morphological variation within Quercus petraea and Q. robur populations. Trees Genetics & Genomes 12: 81  (pdf)

Bodénès C, Chancerel E, Ehrenmann F, Kremer A, Plomion C 2016 High density linkage mapping and distribution of segregation distorsion regions in oak genome.  DNA Research 23: 115-124 (pdf)

Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V,  Belser C,  Berges H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A,  Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B,  Fouteau S,  Francillonne N, Gaspin C,  Guichard C,  Klopp C, Labadie K, Lalanne C,  Le Clainche I,  Leplé JC, Le Provost G,  Leroy T,  Lesur I,  Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F,  Salin F,  Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P,  Salse J, Quesneville H,  Kremer A 2016 Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Molecular Ecology Resources 16: 254-265 (pdf)

Sinclair FH, Stone GN, Nicholls JA, Cavers S, Gibbs M, Butterill G, Wagner S, Ducousso A, Gerber S, Petit R, Kremer A, Schönrogge K, 2016 Impacts of local adaptation of forest trees on associations with herbivorous insects: implications for adaptive forest management. Evolutionary Application 8: 972-987 (pdf)

Lesur I, Kohler A, Martin F,  Kremer A,  Plomion C,  Le Provost G 2015. Transcriptomic resources for Hazelnut tree (Corylus avellana L.) Gebomic Resources Notes  (pdf)

Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leplé JC, Murat F, Ueno S, Bartholomé J, Lalanne C, Ehrenmann F, Noirot C, Burban C, Léger V, Amselemn J, Belser C, Quesneville H, Stierschneider M, Fluch S, Feldhahm L, Tarkka M, Herrmann S, Buscot F, Klopp C, Kremer A, Salse J, Aury JM, Plomion C, 2015 The oak gene expression atlas : insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release. BMC Genomics 16: 112 (pdf)

Vidalis A., Hosius B., Ziehe M., Kremer A., Lefevre F., Gugerli F., Beuker E., Kowalczyk J. , Finkeldey R., 2015 Complex selective responses of oak seedlings to translocations. (in preparation)

Lepoittevin C, Bodénès C, Chancerel E, Villate L, Lang T, Lesur I, Boury C, Ehrenmann F, Zelenica D, Boland A, Besse C, Garnier‐Géré P, Plomion C, Kremer A 2015, Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high density SNP array for genetic analysis in European white oaks. Mol Ecol Res 15: 1446-1459 (pdf)

Lesur I, Bechade A, Lalanne C, Klopp C,  Noirot C,  Leplé JC,  Kremer A,  Plomion C,  Le Provost G 2015 A unigene set for European beech (Fagus sylvatica L.) and its use to decipher the molecular mechanisms involved in dormancy regulation. Molecular Ecology Resources 15, 1192-1204 (pdf)

Goiecoechea PG., Herran A., Durand J., Bodénès C.,  Plomion Ch., Kremer A., 2015.A linkage disequilibrium perspective on the genetic mosaic of speciation in two hybridizing Mediterranean white oaks. Heredity 114: 373-386 (pdf)

Hubert, F. Grimm GW, Jousselin E, Berry V, Franc A, Kremer A  2014 Multiple nuclear genes stabilize the phylogenetic backbone of the genus Quercus. Systematics and Biodiversity 12 : 405-423 (pdf)

Soularue JP, Kremer A 2014 Evolutionary responses of tree phenology to the combined effects of assortative mating, gene flow and divergent selection. Heredity  113:  485-494 (pdf)

Dantec CF, Vitasse Y, Bonhomme M, Louvet JM, Kremer A, Delzon S  2014  Chilling and heat requirements for leaf unfolding in European beech and sessile oak populations at the southern limit of their distribution range. Int J Biometeorol 58:  1853-1864 (pdf)

Kremer A, Potts BM, Delzon S (2014) Genetic divergence in forest trees: understanding the consequences of climate change. Functional Ecology 28 : 22-36  (pdf)

Gerber S., Chadœuf J., Gugerli F., Lascoux M., Buiteveld J., Cottrell J., Dounavi A., Fineschi S., Forrest L., Fogelqvist J., Goicoechea P.G., Jensen J.S., Salvini D., Vendramin G.G., Kremer A 2014 High rates of gene flow by pollen and seed in oak populations across Europe. PlosOne 9: e85130 (pdf)

Gailing O, Bodenes C, Finkledey R, Kremer A, Plomion C (2013) Genetic mapping of EST-derived simple sequence repeats (EST-SSRs) to identify QTL for leaf morphological characters in a Quercus robur full-sib family Tree Genetics & Genomes 9: 1361-1367 (pdf)

Alberto FJ, Derory J, Boury C, Frigério JM, Zimmermann NE, Kremer A (2013). Imprints of natural selection along environmental gradients in phenology-related genes of Quercus petraea. Genetics 195 :  495–512 (pdf)

Gugerli F, Brandl R, Castagneyrol B, Franc A, Jactel H, Koelewijn HP, Martin F, Petre M, Pritzch K, Schroder H, Smulder MJM, Kremer A, Ziegenhagen B and Evoltree JERA3 contributors. 2013 Community genetics in the time of next generation molecular technologies. Molecular Ecology 22:  3198–3207 (pdf)

Alberto F, Aitken S, Alia R, Gonzalez-Martinez S, Hanninen H, Kremer A, Lefèvre F, Lenormand T, Yeaman S, Whetten R, Savolainen O  2013 Potential for evolutionary response to climate change - evidence from tree populations. Global Change Biology 19: 1645–1661 (pdf)

Lepais O, Roussel G, Hubert F, Kremer A, Gerber S  2013 Strength and variability of postmating reproductive isolating barriers between four European white oak species Trees Genetics & Genomes 9: 841–853 (pdf)

Homolka A, Schueler S, Burg K, Fluch S, Kremer A 2013 Insights to drought adaptationof two European oak species revealed bu nucleotide diversity of candidate genes. Trees Genetics & Genomes 9: 1179-1192 (pdf)

Ueno S, Klopp C, Leplé JC, Deory D, Noirot C, Prince E, Leger V, Kremer A, Plomion C, and G Le Provost 2013 Trsanscriptional profiling of bud dormancy induction and release in oak by next generations sequencing. BMC Genomics 14: 236(pdf)

Bodénès C, Chancerel E, Gailing O,  Vendramin GG, Bagnoli F, Durand J, Goicoechea PG, Soliani C, , Villani F, Mattioni C,  Koelewijn HP,  Murat F, Salse J,Roussel G, Boury C, Alberto F, Kremer A, C. Plomion 2012. Comparative mapping in the Fagaceae and beyond using EST-SSRs. BMC Plant Biology 12:153 doi:10.1186/1471-2229-12-153 (pdf)

Castagneyrol B, Lagache L, Giffard B, Kremer A, Jactel H 2012. Genetic diversity increases insect herbivory on oak saplings. Plos One 7: e44247   doi: 10.1371/journal.pone.0044247  (pdf)

Kremer A, Baker A, Bousquet J, Cervera MT, Fluch S, Koskela J, Mac Kay JU, neale D, Ritland K, Savolainen O, Vinceti B, Wheeler N, Whitham TG 2012. A roadmap for future transatlantic research cooperation on adaptation of trees to environmental change. Document prepared for the European Commission by the FoResTTrac project.

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