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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Ehrenmann François (Ingénieur d'Etudes)

0535385335, francois.ehrenmann_at_inra.fr
François Ehrenmann

Équipe Écologie et Génomique Fonctionnelles (EGF)

Administrateur de Systèmes d'informations - Bases de données - Bioinformatique

François EHRENMANN

UMR 1202 Biodiversité Gènes & Communautés
INRA
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS Cedex – France

Tel : 05 57 12 27 74

Courriel : francois.ehrenmann_at_inra.fr

Formation

1999 DEA Chimie des biomolécules - Université Montpellier II

2005 DESS Bioinformatique - Université Montpellier II

Activités

  • Gestion, développement et maintenance des applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau EVOLTREE (QuercusPortal, QuercusMap, CMap, ESTs, SNP, SSRs, (GD)² et FossilMap).
  • En charge du développement d'un Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie).
  • Intéropérabilité avec les bases de données et outils développés par l'Unité de Recherche Génomique Info (URGI Versailles)
  • Interlocuteur plate forme de bioinformatique GENOTOUL (INRA Toulouse-Auzeville)
  • Administrateur bases de données

Domaines de compétences

  • Gestion et maintenance SGBD (PostGreSQL, MySQL), serveurs web, administration Linux.
  • Développement d'applications Web : Ruby On Rails, PHP, PERL/cgi, JAVA, PYTHON.
  • Outils bioinformatiques d'analyses de séquences (BLAST, FASTA, CLUSTAL, etc...), logiciels de visualisation 3D (Jmol, QuickPDB).
  • Cluster de calcul GENOTOUL (INRA Toulouse-Auzeville)
  • Utilisateur NGSPipelines (integrates pipelines and user interfaces to help biologists to analyse data outputed from biological applications such as RNAseq, sRNAseq, ChipSeq, BS-seq, and so on)

Publications

2017

  • Fine-scale species distribution changes in a mixed oak stand over two successive generations.
    Truffaut L, Chancerel E, Ducousso A, Dupouey JL, Badeau V, Ehrenmann F, Kremer A.
    New Phytol. 2017 Jul;215(1):126-139. doi: 10.1111/nph.14561. Epub 2017 Apr 26.
    PMID: 28444962
  • Adaptive and plastic responses of Quercus petraea populations to climate across Europe.
    Sáenz-Romero C, Lamy JB, Ducousso A, Musch B, Ehrenmann F, Delzon S, Cavers S, Chałupka W, Dağdaş S, Hansen JK, Lee SJ, Liesebach M, Rau HM, Psomas A, Schneck V, Steiner W, Zimmermann NE, Kremer A.
    Glob Chang Biol. 2017 Jul;23(7):2831-2847. doi: 10.1111/gcb.13576. Epub 2017 Jan 25.
    PMID: 27885754

2016

  • High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome.
    Bodénès C, Chancerel E, Ehrenmann F, Kremer A, Plomion C.
    DNA Res. 2016 Apr;23(2):115-24. doi: 10.1093/dnares/dsw001.
    PMID: 27013549
  • High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster).
    Plomion C, Bartholomé J, Lesur I, Boury C, Rodríguez-Quilón I, Lagraulet H, Ehrenmann F, Bouffier L, Gion JM, Grivet D, de Miguel M, de María N, Cervera MT, Bagnoli F, Isik F, Vendramin GG, González-Martínez SC.
    Mol Ecol Resour. 2016 Mar;16(2):574-87. doi: 10.1111/1755-0998.12464.
    PMID: 26358548
  • Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.
    Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A, Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B, Fouteau S, Francillonne N, Gaspin C, Guichard C, Klopp C, Labadie K, Lalanne C, Le Clainche I, Leplé JC, Le Provost G, Leroy T, Lesur I, Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F, Salin F, Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P, Salse J, Quesneville H, Kremer A.
    Mol Ecol Resour. 2016 Jan;16(1):254-65. doi: 10.1111/1755-0998.12425.
    PMID: 25944057

2015

  • Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution.
    de Miguel M, Bartholomé J, Ehrenmann F, Murat F, Moriguchi Y, Uchiyama K, Ueno S, Tsumura Y, Lagraulet H, de Maria N, Cabezas JA, Cervera MT, Gion JM, Salse J, Plomion C.
    Genome Biol Evol. 2015 Sep 23. pii: evv185. [Epub ahead of print]
    PMID: 26400405
  • Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high-density SNP array for genetic analysis in European white oaks.
    Lepoittevin C, Bodénès C, Chancerel E, Villate L, Lang T, Lesur I, Boury C, Ehrenmann F, Zelenica D, Boland A, Besse C, Garnier-Géré P, Plomion C, Kremer A.
    Mol Ecol Resour. 2015 Nov;15(6):1446-59. doi: 10.1111/1755-0998.12407.
    PMID: 25818027
  • The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release.
    Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leplé JC, Murat F, Ueno S, Bartholomé J, Lalanne C, Ehrenmann F, Noirot C, Burban C, Léger V, Amselem J, Belser C, Quesneville H, Stierschneider M, Fluch S, Feldhahn L, Tarkka M, Herrmann S, Buscot F, Klopp C, Kremer A, Salse J, Aury JM, Plomion C.
    BMC Genomics. 2015 Feb 21;16:112. doi: 10.1186/s12864-015-1331-9.
    PMID: 25765701

2014

  • Genome-wide distribution of genetic diversity and linkage disequilibrium in a mass-selected population of maritime pine.
    Christophe Plomion, Emilie Chancerel, Jeffrey Endelman, Jean-Baptiste Lamy, Eric Mandrou, Isabelle Lesur, François Ehrenmann, Fikret Isik, Marco Cam Bink, Joost van Heerwaarden, Laurent Bouffier
    BMC Genomics 03/2014; 15(1):171.
  • De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology
    Canales, J. ; Bautista, R. ; Label, P. ; Gómez-Maldonado, J. ; Lesur, I. ; Fernández-Pozo, N. ; Rueda-López, M. ; Guerrero-Fernández, D. ; Castro-Rodríguez, V. ; Benzekri, H. ; Cañas, R. A. ; Guevara, M.-A. ; Rodrigues, A. ; Seoane, P. ; Teyssier, C. ; Morel, A. ; Ehrenmann, F. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Reymond, I. ; García-Gutiérrez, A. ; Trontin, J.-F. ; Lelu-Walter, M.-A. ; Miguel, C. ; Cervera, M. T. ; Cantón, F. R. ; Plomion, C. ; Harvengt, L. ; Avila, C. ; Gonzalo Claros, M. ; Cánovas, F. M.
    Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3) : 286-299.

2013

  • High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination.
    Emilie Chancerel, Jean-Baptiste Lamy, Isabelle Lesur, Céline Noirot, Christophe Klopp, François Ehrenmann, Christophe Boury, Grégoire Le Provost, Philippe Label, Céline Lalanne, Valérie Léger, Franck Salin, Jean-Marc Gion, Christophe Plomion
    BMC Biology 04/2013; 11(1):50.

Présentations orales

  • Development of high density linkage maps in European oak for multi-objective genetic applications
    Bodenes, C. ; Chancerel, E. ; Lepoittevin, C. ; Ehrenmann, F. ; Lesur, I. ; Roussel, G. ; Kremer, A. ; Plomion, C.
    IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
  • Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies
    Lesur, I. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Ehrenmann, F. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Buscot, F. ; Tarkka, M. ; Aury, J.-M. ; Plomion, C.
    IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
  • Quercus portal: a web resource for genetics and genomics of oaks
    Ehrenmann, F. ; Kremer, A.
    IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.
  • Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome
    Plomion, C. ; Amselem, J. ; Aury, J.-M. ; Bodenes, C. ; Chancerel, E. ; Dencausse, B. ; Duplessis, S. ; Ehrenmann, F. ; Faivre-Rampant, P. ; Jamilloux, V. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Lalanne, C. ; Leroy, P. ; Lesur, I. ; Luyten, I. ; Martin, F. ; Noirot, C. ; Pavy, N. ; Le Provost, G. ; Quesneville, H. ; Roussel, G. ; Salin, F. ; Salse, J. ; Steinbach, D. ; Zytnicki, M.
    IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.

Posters

  • Forest Tree Genomics: genomic resources, bioinformatics, databases and research questions
    F Ehrenmann, I Lesur, J Bartholomé, L Bouffier, JM Gion, A Kremer, G Le Provost, T Leroy, C Plomion
    Bordeaux Computational Biology and Bioinformatics (2014)
  • De novo assembly of Fagus sylvatica transcriptome based on Sanger and 454 ESTs: application in transcriptome-scale analysis of bud phenology and markers development
    Lesur, I. ; Le Provost, G. ; Lalanne, C. ; Ehrenman, F. ; Noirot, C. ; Klopp, C. ; Kremer, A. ; Plomion, C.
    IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus” (2012-10-09-2012-10-12) Bordeaux (FRA). 2012. 1 p.