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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Bodénès Catherine (Ingénieur)

05 57 12 28 42, catherine.bodenes_at_pierroton.inra.fr
bodenes

Equipe Ecologie et Génomique Fonctionnelles 

Catherine BODENES

UMR Biodiversité Gènes et Communautés
INRA
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex – France

Tel : 05 57 12 28 42
Fax: 05 57 12 28 81

Courriel : catherine.bodenes_at_pierroton.inra.fr

Formation

1996 Doctorat, Biologie forestière, Université Bordeaux 1 "Différenciation moléculaire entre chêne sessile Q. petraea et chêne pédonculé Q. robur"

1991 DEA Amélioration des plantes, Paris XI

1990 Ingénieur ENITAB 1990

Activités de recherches

Mes activités de recherche concernent principalement l’étude de l’organisation et de la structure des génomes chez les Fagacées et plus précisément dans le genre Quercus, entre les deux espèces majeures de chênes blancs européens, le chêne sessile (Quercus petraea) et le chêne pédonculé (Quercus robur). Des cartes génétiques obtenues à partir de nombreux croisements contrôlés intra et interspécifiques de chênes et châtaignier permettent des études de cartographie comparée pour des gènes et QTLs d’intérêt.
Domaines de compétences: Marquage moléculaire, Cartographie génétique, Génomique

Projets de recherches

Projets en cours

Projets nationaux

2012-2015 Projet Genoak financé par l’ ANR “Séquençage du génome du chêne et identification de gènes d’intérêt adaptatifs chez les arbres forestiers” Coordinateur C. Plomion (INRA UMR Biogeco), 5 partenaires
Les objectifs du projet Genoak comprennent deux volets: premièrement, fournir une séquence de référence pour le génome du chêne pédonculé (Quercus robur) et deuxièmement, utiliser cette information pour découvrir des gènes impliqués dans des caractères adaptatifs. Le projet offre également un accès public aux ressources génomiques / données / résultats via une interface web.

2015-2018 Projet H2Oak financé par l'ANR, Coordonnateur O Brendel (INRA Nancy, UMR EEF)

Projets passés

Projets européens

2006-2010 Réseau d’excellence EVOLTREE financé par l’union européenne (FP6, # 016322) « Evolution des arbres comme vecteurs de la biodiversité des écosystèmes terrestres ». Coordinateur A. Kremer, (25 partenaires, 15 pays,. http://www.evoltree.eu/
En termes de recherches, ce réseau d’excellence a pour ambition d’associer quatre disciplines complémentaires (écologie, évolution, génomique, génétique) pour prédire les réponses des espèces et des communautés aux changements environnementaux. Cette ambition passe par la description de la diversité génétique intra et interspécifique dans les écosystèmes terrestres et l’analyse des processus écologiques et génétiques qui contribuent à la dynamique de cette diversité. L’accent est particulièrement mis sur les arbres et leur diversité, comme vecteurs essentiels de la biodiversité dans les écosystèmes naturels et cultivés. Son originalité porte sur la prise en compte des interactions entre espèces en combinant les acquis les plus récents de la génomique et de l’écologie.

2000-2003 Projet OAKFLOW financé par l’Union européenne (QLRT-1999-30690) “Flux de gènes intra et inter-spécifiques et diversité génétique adaptative chez les chênes” Coordinateur A. Kremer, 14 partenaires, 11 pays).  http://www.pierroton.inra.fr/Oakflow/

Projets nationaux

2012-2013 Projet Abriwg financé par l’ANR « Génomique comparative et fonctionnelle de la résistance à la Sharka et des besoins en froid chez les arbres fruitiers à noyaux » Coordinateurs V. Decroocq (INRA UMR BFP) et A. Abbott (Université de Clemson, USA), 5 partenaires
Une des activités de recherche proposée s’attachera à examiner à travers des études de génomique comparative avec d'autres espèces modèles, le transfert d’associations marqueur-caractère d’intérêt avec d’autres espèces d'arbres dont le chêne.

2010-2013 Projet PHYLOSPACE financé par l’ANR  « Intégrer des cophylogénies, changements d’aires et cartes paléoclimatiques pour inférer l’histoire d’associations sous changements climatiques ». Coordinateur : Alain Franc, (INRA-UMR Biogeco). 5 partenaires https://w3.pierroton.inra.fr/phylospace/index.php

Publications

  • Goicoechea PG, Herrán A, Durand J, Bodénès C, Plomion C, Kremer A, 2014, A linkage disequilibrium perspective on the genetic mosaic of speciation in two hybridizing Mediterranean white oaks, Heredity (pdf)
  • Gailing, O, Bodénès C, Finkeldey, R, Kremer, A, Plomion, C, 2013, Genetic mapping of EST-derived simple sequence repeats (EST-SSRs) to identify QTL for leaf morphological characters in a Quercus robur full-sib family, TGG 9(5): 1361-1367 (pdf)
  • Bodénès C, Chancerel E, Gailing O, Vendramin G, Bagnoli F, Durand J, Goicoechea P, Soliani C, Villani F, Mattioni C, Koelewijn HP, Murat F, Salse J, Roussel G, Boury C, Alberto F, Kremer A, Plomion C, 2012, Comparative mapping in the Fagaceae and beyond with EST-SSRs, BMC Plant Biol 12:153 (pdf)
  • Le Provost G, Sulmon C, Frigerio JM, Bodénès C, Kremer A, Plomion C, 2011, The role of water-logging responsive genes in shaping inter-specific differentiation between two sympatric oak species  Tree Physiol 32 (2): 119-134 (pdf)
  • Faivre-Rampant P, Lesur I, Boussardon C, Bitton F, Bodénès C, Le Provost G, Bergès H, Fluch S, Kremer A, Plomion C, 2011, Analysis of BAC end sequences in oak, providing insights into the composition of the genome of this keystone species. BMC Genomics 12: 192 (pdf)
  • Lesur I, Durand J, Sebastiani F, Gyllenstrand N, Bodénès C, Lascoux M, Kremer K, Vendramin GG, Plomion C. 2011 A sample view of the pedunculate oak (Quercus robur) genome from the sequencing of hypomethylated and random genomic libraries. TGG (pdf)
  • Durand J, Bodénès C, Chancerel E, Frigerio JM, Vendramin G, Sebastiani F, Buonamici A, Gailing O, Koelewijn HP, Villani F, Mattioni C, Cherubini M, Goicoechea, PG, Herrán A, Ikaran Z, Cabané C, Ueno S, Alberto F, Dumoulin PY, Guichoux E, de Daruvar A, Kremer A, Plomion C, 2010, A fast and cost-effective approach to develop and map EST-SSR markers: oak as a case study BMC Genomics 11: 570 (pdf)
  • Derory J, Scotti-Saintagne C., Bertocchi E., Le Dantec L., Graignic N., Jauffres A., Casasoli M., Chancerel E., Bodénès C., Alberto F., Kremer A., 2010, Contrasting correlations between diversity of candidate genes and variation of bud burst in natural and segregating populations of European oaks. Heredity 104: 438-448.(pdf)
  • Brendel O, Le Thiec D, Scotti-Saintagne C, Bodénès C, Kremer A, Guehl JM, 2008, Quantitative trait loci controlling water use efficiency and related traits in Quercus robur L., TGG 4: 263-278.(pdf)
  • Kremer A, Casasoli M, Barreneche T, Bodénès C, Sisco P, Kubisiak T, Scalfi M, Leonardi S, Bakker EG, Buiteveld J, Romero-Severson J, Arumuganathan K, Derory J, Scotti-Saintagne C, Roussel G, Bertocchi ME, Lexer C, Porth I, Hebard F, Clark C, Carlson J, Plomion C, Koelewijn HP, Villani F, 2007 Comparative genetic mapping in Fagaceae in Genome Mapping & Molecular Breeding. Vol. 5: Forest Trees, C.R. Kole, Editor. Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg, New York, Tokyo.(pdf)
  • Parelle J., Brendel O., Bodénès C., Berveiller D., Dizengremel P., Jolivet Y., Dreyer E., 2006, Differences in morphological and physiological responses to water-logging between two sympatric oak species (Quercus petraea [matt.] Liebl. Quercus robur L.) Ann. For. Sci. 63: 849-859.(pdf)
  • Azpilicueta MM, Caron H, Bodénès C, Gallo LA, 2004, SSR markers for analysing South American Nothofagus species, Silvae Genetica 59: 5-6.
  • Scotti-Saintagne C, Bodénès C, Barreneche T, Bertocchi E, Plomion C, Kremer A, 2004, Detection of quantitative trait loci controlling bud burst and height growth in Quercus robur L. Theor Appl Genet. Nov;109 (8):1648-59.(pdf)
  • Saintagne C, Bodénès C, Barreneche T, Pot D, Plomion C, Kremer A, 2004, Distribution of genomic regions differentiating oak species assessed by QTL detection. Heredity. Jan;92 (1):20-30 (pdf)
  • Scotti-Saintagne C, Mariette S, Porth I, Goicoechea PG, Barreneche T, Bodénès C, Burg K, Kremer A 2004 Genome scanning for interspecific differentiation between two closely related oak species [Quercus robur L. and Q. petraea (Matt.) Liebl.].Genetics. Nov;168 (3):1615-26 (pdf)
  • Petit, R.J., Bodénès C., Ducousso A., Roussel G. and Kremer A., 2003, Hybridization as a mechanism of invasion in oaks. New Phytologist, 161 (1): 151-164
  • Mariette S.; Cottrell, J.; Csaikl U.M.; Goikoechea P.; König A.; Löwe,A.J.; Van Dam B.C.; Barreneche, T.; Bodénès C.; Streiff R.; Burg, K.; Groppe K.; Munro R.C.; Tabbener H.; Kremer A. 2002 Comparison of levels of genetic diversity detected with AFLP and microsatellite markers within and among mixed Q. petraea (MATT.) LIEBL. and Q. robur L. stands Silvae genetica 51 (2-3): 72-79
  • Etienne C., Rothan C., Moing A., Plomion C., Bodénès C., Svanella-Dumas L., Cosson P., Pronier V., Monet R., Dirlewanger E., 2002, Candidate genes and QTLs for sugar and organic content in peach [Prunus persica (L.) Batsch] Theor Appl Genet 105:145-159
  • Ponton S, Dupouey J-L, Bréda N., Feuillat F., Bodénès C., Dreyer E., 2001, Carbon isotope discrimination and wood anatomy variations in mixed stands of Quercus robur and Q. petraea stands. Plant, Cell and Environment 24:861-868.
  • Costa P, Pot D, Dubos C, Frigerio J-M, Pionneau C, Bodénès C, Bertocchi E, Cervera M-T, Remington DL, Plomion C, 2000, A genetic map of Maritime pine based on AFLP, RAPD and protein markers.Theor Appl Genet 100:39-48
  • Gerber S, Mariette S, Streiff R, Bodénès C, Kremer A, 2000, Comparison of microsatellites and amplified fragment length polymorphism markers for parentage analysis. Molecular Ecology, 9:1037-1048
  • Plomion C., Hurme P., Frigerio J-M., Ridolfi M., Pot D., Pionneau C., Avila C., Gallardo F., David H., Neutelings G., Campbell M., Canovas F.M., Savolainen O., Bodénès C., Kremer A., 1999, Developing SSCP markers in two Pines species. Molecular Breeding, 5, 21-31.
  • Barreneche T, Bodénès. C, Lexer C, Trontin J F, Fluch S, Streiff R, Plomion C, Roussel G, Steinkellner H, Burg K, Favre JM, Glössl J and Kremer. A, 1998, A genetic linkage map of Quercus robur L. (pedunculate oak) based on RAPD, SCAR, microsatellite, minisatellite, isozyme and rDNA markers. Theor Appl Genet 97:1090-1103
  • Dumolin-Lapègue S, Bodénès C, Petit RJ, 1997, Detection of rare polymorphisms in mitochondrial DNA of oaks with PCR-RFLP combined to SSCP analysis. Forest Genetics, 3, 227-230.
  • Bodénès C. T. Labbé, S. Pradère, Kremer A, 1997, General vs. local differentiation between two closely related white oak species. Molecular Ecology 6, 713-724.
  • Bodénès C, Laigret F, Kremer A, 1996, Inheritance and molecular variations of PCR-SSCP fragments in Pedunculate oak (Quercus robur L.). Theor Appl Genet 93: 348-354.
  • Bodénès C., Pradère S., Kremer A., 1996, RAPD-SCAR-SSCP: a method to detect molecular differentiation in closely related oak species. Somatic Cell Genetics and Molecular Genetics of Trees 239-248
  • Bodénès C, Joandet S, Laigret F, Kremer A, 1996, Detection of genomic regions differentiating two closely related oak species Quercus petraea (Matt.) Liebl. and Quercus robur L. Heredity 78: 433-444