Lettre de BIOGECO                      N° 99 Octobre 2019
Edito

Bonjour à tous,

En septembre (en préparation du prochain rapport du GIEC), les scientifiques français ont dévoilé leurs nouvelles
prédictions: le réchauffement climatique pourrait être beaucoup plus prononcé que prévu ! Ces nouveaux résultats montrent ô combien nous ne pouvons plus raisonner le fonctionnement et les trajectoires des écosystèmes que nous étudions sans intégrer ce facteur de forçage (et bien d'autres dans le cadre des changements globaux). La journée d'animation scientifique du 25 novembre, dont une partie sera dédiée à l'évolution de notre identité scientifique au travers de domaines de recherches prioritaires adossés à une orientation générale, sera l'occasion de réaffirmer notre positionnement scientifique à l'aune de ces prédictions plus pessimistes et de leurs conséquences.

 

Plus proche de nous, le mois de septembre a été l'occasion de mener une série d'entretiens avec les doctorants (avec des retours qui nous seront très utiles pour mieux anticiper la phase délicate de la fin de thèse) et le personnel qui a opté pour le télétravail TT (qui fait unanimement le constat d'une amélioration significative de la qualité de vie au travail). Quant aux conséquences du TT sur le fonctionnement des collectifs, un bilan sera mené au sein des équipes et des PCM cet automne et fera l'objet d'un échange lors du prochain conseil d'unité .


La cartographie des ressources in silico / in lab / in situ de l'UMR pilotée par Inge, est maintenant achevée. En interne, nous disposons désormais d'une bonne vision de nos ressources. Ce bilan constitue la première étape  d'une stratégie de gestion sur le long terme de nos dispositifs de recherche. En externe, cette synthèse permet de leur donner une visibilité plus large notamment à destination de la communauté scientifique et des porteurs d'enjeux pour susciter de nouvelles collaborations. L'ensemble de l'information sera mis à disposition de l'unité sur le GED. Seule une partie de l'information sera disponible sur le site internet de l'UMR.

 

De son côté, le groupe de travail piloté par François et Philippe sur la construction d'un Plan de Gestion des Données va proposer son premier livrable concernant les flux de données, sous forme d'un logigramme faisant référence au PGD créé pour l'UMR. Cet automne sera consacré à la consultation des différents collectifs et à la mise en place de tests pilotes pour une livraison d'un PGD fonctionnel en début d'année sur lequel pourra s'appuyer tout le personnel de l'unité.


Pour terminer sur les mois à venir, comme nous sommes dans une intense période de préparation et de soumission de projets (ANR, Région NAQ avec ses deux appels d'offres dédiés aux plateformes et à la recherche, EFPA et ses divers projets incitatifs, INRA CNOC pour les équipements lourds, InterReg, Europe, GPR de l'Université,...) ...courage aux porteurs !

Christophe
Sommaire
 

La photo du mois : Alexis Ducousso) Chêne pédonculé sur sol salé en Russie
 

> 10 octobre après-midi. Accueil sur le site de Cestas d'une classe de 1ère dans le cadre de la semaine de la fête de la science (Bastien et bien d'autres collègues à la manœuvre)
> 17 octobre matin: échange avec la formation permanente locale sur le plan de formation 2020 de l'unité et examen des souhaits exprimés par les agents sur l'outil HR Access.

 

Damien Bouic sera accueilli pour 6 mois (d'octobre 2019 à Mars 2020) en CDD dans le cadre du projet "Pinaster" du GIS Pin Maritime du Futur au sein de l'équipe Gemfor. Il travaillera sur le suivi des mortalités associées aux pourridiés racinaires (Armillaire et Fomes) dans le massif landais avec l'aide de Gilles Saint-Jean et Xavier Capdevielle et sous la responsabilité scientifique de Cyril Dutech.

Marie Pégard est prolongée en CDD avec Laurent Bouffier jusqu’au 31/12/19 dans le cadre du projet H2020 B4EST.

Marine Trillat rejoindra Biogeco le 1er octobre pour une durée de 12 mois. Elle travaillera, en tant qu'ingénieur d'étude, sur le développement d'approches de métabarcoding dans le cadre du projet ANR NGB. Elle sera basée à Pierroton dans le bâtiment Artiga. Elle travaillera en étroite collaboration avec Corinne Vacher, Marine Cambon, Erwan Guichoux et Emilie Chancerel.

 
Mishra Gayatri en CDD avec Sylvain Delzon du 14/10/19 au 31/03/20. Mishra va travailler sur la conductance cuticulaire des plantes lors de son post-doc.

Alex Stemmelen est recruté en thèse et sera encadré par Hervé Jactel. Son sujet de thèse s'intitule Résistance des forêts mélangées aux insectes ravageurs exotiques envahissants.
 
Deborah Corso, doctorante, sera en visite avec Sylvain Delzon jusqu’au 10/03/2020. Deborah va rester 6 mois a genobois pour travailler avec la technique optique sur la domestication du blé et son impact sur la résistance à la sécheresse. Elle effectue sa thèse à UTAS. 
 
Robert Skelton post-doc de Berkley jusqu’au 10/01/2020 avec Sylvain Delzon. Chercheur à Berkeley, Rob sera en visite au labo dans le cadre d un projet de recherche.


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et pour info:
Clémence Frioux vient d’être recrutée par l’Inria Bordeaux au sein de l’équipe projet Pléiade. Par ailleurs,  2 nouvelles thèses vont débuter dans le cadre de cette équipe projet  Inra-Inria, dès le moins d’octobre : 1/ Rémi Péressoni, Inria Bordeaux (projet région HPC scalable ecosystem) ; “scaling of Multidimensional Scaling for biodiversity studies” ; codirecteur Alain Franc, 2/ Anwar Mohammed Abouabdallah, INRA-INRIA ; "Statistical Learning for OTUs identification and characterization of biodiversity" ; collaboration Pléiade -Inria Bordeaux et INRA département MIA (Toulouse). Ils seront tout trois positionnés à l'Inria.

>Merci de retourner les formulaires sur le droit à l'image à Sandrine (sandrine.gardet@inra.fr) cf son courriel daté du 16.09.

>Les entretiens à 10 mois des télétravailleurs et télétravailleuses ont été réalisés en septembre. Au niveau individuel, il en ressort un satisfécit général. Des entretiens pourront être organisés dans les prochaines années uniquement sur demande des agents déjà en TT ou pour celles et ceux qui souhaitent opter pour ce nouveau mode de travail. Pour compléter cette analyse individuelle, nous demandons aux responsables des équipes et des PCM de nous transmettre (d'ici le 22 nov.) un bilan sur les conséquences du TT quant au fonctionnement de leur collectif. Ils seront partagés lors du prochain Conseil d'Unité.
Ces entretiens ont révélé une méconnaissance sur les ressources informatiques accessibles en TT depuis le domicile. En principe, un accès au VPN (service d'accès distant) est automatiquement donné aux agents ayant été autorisés à télétravailler (demande Ariane de télétravail au statut « Validée »). Voir à ce propos la FAQ ici. S'il s'avère que cet accès n'aurait, in fine, pas été mis en place de façon automatique, cela doit être considéré comme un incident à faire remonter par l'agent concerné dans Ariane.

voici le message qui vous est envoyé par Ariane lors de votre demande de TT:
En cas d'acceptation de votre demande de télétravail, les autorisations seront automatiquement positionnées pour accéder à l'intranet de votre centre et à l'intranet de l'INRA.
Vous devrez installer et démarrer le client GlobalProtect (cf
Installation Windows, Installation MacOs).
Ces autorisations ne permettent cependant pas d'accéder aux ressources positionnées dans des zones de sécurité spécifiques. D'autres autorisations peuvent dans ce cas être nécessaires. Vous pouvez signaler toute difficulté concernant l'accès à distance en utilisant le lien
Incident.

 
> Fin septembre à début octobre: une délégation de l'Unité présente au congrès mondial de l'IUFRO à Curitiba (capitale du Parana, Brésil).

> Vous pouvez d'ores et déjà réserver quelques dates cet automne pour soutenir 6 de nos doctorants dans la dernière étape de leur thèse :
  • Charlie Pauvert : 12 novembre
  • Thomas Damestoy : 15 novembre
  • Tania Fort : 10 décembre
  • Homero Garate : 17 décembre
  • Agathe Hurel : 17 décembre
  • Arthur Demené : 19 décembre
Communiqué de presse INRA: "Mieux connaître la maladie de l’encre du châtaignier grâce aux sciences participatives : lancement de l’application Vigil'encre". Il s'agit d'une application mobile, disponible sur les plateformes de téléchargement. Citoyens, gestionnaires de forêts ou arboriculteurs, chacun peut contribuer à la progression des connaissances en signalant les symptômes constatés sur les arbres et en envoyant des échantillons au laboratoire.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Au programme ce mois-ci :
  • La fin du génotypage MassARRAY sur l’ensemble des populations de chêne étudiées dans TREEPEACE (coordination Antoine Kremer), afin d’identifier les haplotypes et les espèces en présence.
  • Le début du génotypage MassARRAY sur les hêtres tortueux de France et d'Allemagne (coordination Christophe Plomion).
  • La suite du reséquençage d’amplicons en microfluidique (Fluidigm Access Array), dans le cadre du projet CACAO « gènes CAndidats de la CAlcification de la coquille d’Oeuf chez la  poule pondeuse », en collaboration avec Frédéric Hérault (UMR PEGASE).
  • Du développement de marqueurs SSRs sur châtaignier (collaboration Benoit Laurent) et leur caractérisation par séquençage Illumina.
  • Du génotpyage par séquençage de marqueurs SSRs sur différentes espèces de chênes espagnols (Quercus ilex, suber, coccifera, faginea) dans le cadre du séjour de Manuela Rodriguez.
>Journée d'animation S&T de l'UMR: 25 novembre (Airial)
Nous attendons une forte mobilisation des permanents, CDD et post-doc (environ 25 volontaires) pour partager pendant 5' un résultat scientifique ou technique, un projet ou un autre fait marquant de votre vie professionnelle en 2019, puis échanger avec la salle pendant 2'. Sur le plan de la forme ça ne nécessite pas forcément un diaporama. Merci de nous contacter à <animation.biogeco@inra.fr> d'ici le 25 octobre afin d'établir le programme définitif. Nous comptons sur votre participation.
La cellule d’animation S&T de l’UMR.

> Animation S&T du mois d'octobre

Vendredi 4 octobre, 9h30-10h30 à l’Airial, Cestas
Cécile Nivet (Xylofutur)
Présentation en français de l’association Xylofutur
                                               
Vendredi 11 octobre au B2, Pessac         
9h30 – 10h00 Marine Cambon (Biogeco)
Selection of bacterial mutants in late infections: when vector transmission trades off against growth advantage in stationary phase.            
10h00 – 10h30   Domitille Chalopin (LMBC, Lyon)
Detecting convergent adaptation to xeric environments in rodents.
                                               
Vendredi 18 octobre au Château, Cestas              
9h30 – 10h00 Olivier Lepais (Biogeco)
Quoi de neuf à la PGTB ? Actualités et perspectives institutionnelles, technologiques et scientifiques (diapos en anglais, présentation en français)
10h00 – 10h30   Frédéric Labbé (Univ. Notre Dame, USA)
Evolution of salt-water tolerant species in the Anopheles gambiae complex from a comparative genomic perspective.



> Séminaire de préfiguration du Réseau de Recherche International "Forêt-Bois-Marché" France-Québec: "Les mondes de la forêt & du bois à l’épreuve de l’acceptabilité sociale : regards croisés"
-date: 29 & 30 octobre - 13h30-18h00 pour tenir compte du décalage horaire avec le Québec,
-lieu: INRA Cestas, Airial.

Venez nombreux ! Ce séminaire prolonge naturellement notre débat science-société du mois de juin.
Investissement à venir pour PGTB dans le cadre du projet intitulé "Séquençage d’ADN : répondre aux exigences technologiques de demain " (soumis début 2019 à l'AO "Plateforme" de la Région Nouvelle Aquitaine, retenu fin Août et financé à partir de 2020) - coord. Olivier Lepais.
Le projet d’investissement proposé dans le cadre de ce projet s’inscrit dans une dynamique d’innovation et d’apport de technologies innovantes à la communauté scientifique. Les équipements ciblés vont permettre de lever des verrous en amont du séquençage permettant de préparer les matrices d’ADN de grande qualité pour un grand nombre d’échantillons. Ces étapes préalables deviennent en effet aujourd’hui limitantes au regard de l’évolution rapide des technologies de séquençage.
Prévention
L’équipe de prévention vient de terminer sa formation obligatoire. Notre nomination en qualité d’assistant de prévention interviendra au 1er octobre.
Notre action s’appuiera sur les neuf grands principes généraux qui régissent l’organisation de la prévention :
  • Éviter les risques, c'est supprimer le danger ou l'exposition au danger.
  • Évaluer les risques, c'est apprécier l’exposition au danger et l’importance du risque afin de prioriser les actions de prévention à mener.
  • Combattre les risques à la source, c'est intégrer la prévention le plus en amont possible, notamment dès la conception des lieux de travail, des équipements ou des modes opératoires.
  • Adapter le travail à l'Homme, en tenant compte des différences interindividuelles, dans le but de réduire les effets du travail sur la santé.
  • Tenir compte de l'évolution de la technique, c'est adapter la prévention aux évolutions techniques et organisationnelles.
  • Remplacer ce qui est dangereux par ce qui l’est moins, c’est éviter l’utilisation de procédés ou de produits dangereux lorsqu’un même résultat peut être obtenu avec une méthode présentant des dangers moindres.
  • Planifier la prévention en intégrant technique, organisation et conditions de travail, relations sociales et environnement.
  • Donner la priorité aux mesures de protection collective et n'utiliser les équipements de protection individuelle qu'en complément des protections collectives si elles se révèlent insuffisantes.
  • Donner les instructions appropriées aux salariés, c’est former et informer les salariés afin qu’ils connaissent les risques et les mesures de prévention.
Notre priorité pour les prochains mois sera d’évaluer les risques afin de mettre à jour le document unique de l’unité. Pour cela, nous allons vous solliciter. Nous vous remercions donc par avance de votre collaboration.
 
Pour mémoire, les Registres de Santé et Sécurité au Travail (RSST) sont disponibles devant le secrétariat sur chaque site. Ce registre est ouvert à tous. Ils recueillent toutes les remarques et suggestions relatives aux problèmes d’hygiène et de sécurité dans son sens le plus large. N’hésitez pas à y inscrire toutes remarques. 

RSST au 1er étage du bâtiment B2



 
Bonjour à tous,
Après mon expérience à la PGTB, j’ai fait un passage de quelques mois chez SOPRA (services en informatique) avant de postuler chez Sophia Genetics, qui commercialise des analyses génomiques pour les hôpitaux. Mon équipe effectue l'annotation des variants issus des analyses grâce à des ressources externes, pour évaluer leur pathogénicité. Concrètement, j'écris des modules pour intégrer ces données et les matcher avec les variants des analyses, puis j'interagis avec les équipes qui développent l’interface pour s’assurer que les données soient affichées de façon cohérente. Cela fait maintenant plus de 6 mois et je m’y plais beaucoup, l’ambiance est motivante et dynamique, la majeure partie des employés sont issus du monde académique. Bien à vous, Charlotte Mouden

 
Une première salve d'articles utilisant le génome du chêne pour répondre à des questions de recherche ou suscitant des réflexions plus épistémologiques. Ils seront regroupés dans le dernier n° de l'année de New Phytologist:
  1. Hipp AL, Manos PS, Hahn M, Avishai M, Bodénès C, Cavender-Bares J, Crowl A, Deng M, Denk T, Fitz-Gibbon S, Gailing O, González-Elizondo MS, González-Rodríguez A, Grimm GW, Jiang XL, Kremer A, Lesur I, McVay JD, Plomion C, Rodríguez-Correa H, Schulze ED, Simeone MC, Sork VL, Valencia-Avalos S. Genomic landscape of the global oak phylogeny. New Phytol doi: 10.1111/nph.16162
  2. Leroy T, Louvet JM, Lalanne C, Le Provost G, Labadie K, Aury JM, Delzon S, Plomion C, Kremer A. Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks. New Phytol doi :10.1111/nph.16095
  3. Leroy T, Rougemont Q, Dupouey JL, Bodénès C, Lalanne C, Belser C, Labadie K, Le Provost G, Aury JM, Kremer A, Plomion C. Massive postglacial gene flow between European white oaks uncovered genes underlying species barriers. New Phytol doi : 10.1111/nph.16039
  4. Leroy T, Plomion C, Kremer A. Oak tree symbolism in the light of genomics. New Phytol doi: 10.1111/nph.15987
Le bilan des expressions d'intérêt aux deux Grands Programmes de Recherche de l'Université (COTE2 et BPS) montre une très grande mobilisation de l'unité. Ce mois d'octobre va être particulièrement intense en terme de réflexion scientifiques et de rédaction des projets qui constitueront la colonne vertébrale de ces deux GPR.

Université de Bordeaux
La campagne relative à l'inscription sur les listes de qualification aux fonctions de maître de conférences et de professeur des universités - année 2020 - est lancée. La date limite de dépôt des dossiers est fixée au 24 octobre 2019 16h.

 

Un vaste projet de modernisation et de renouvellement des infrastructures et des équipements téléphoniques est en cours. Les opérations impactant le B2 démarrent du 1er octobre jusqu'au 30 octobre 2019. Les dates à retenir sont les suivantes :

  • Du 1er au 25/10 : Remplacement des téléphones non compatibles (analogiques et numériques) par des téléphones IP
  • 17/10 Ateliers de présentation sur site des nouveaux téléphones (A22-salle 202) sur inscription de 9H à 12h.
  • 28/10 jusqu'à 14h  : Coupure et perturbations  du réseau informatique et du service de téléphonie
  • Du 28/10 (14h) jusqu'au 29/10 : Poursuite des opérations et perturbation du service de téléphonie
  • 30/10: Retour à la normale

 

INRA

> Retrouver le logo de l'INRAe ici. Vous pouvez dès à présent l'utiliser.
 

> Le programme des classes virtuelles IST (Infodoc) d'octobre 2019 est disponible ici.
 

> Le futur département ECO-FA organise un 1er séminaire scientifique les 10-11 oct à Lyon. L'objectif est de commencer à travailler sur les contours du nouveau département ainsi que sur les interactions avec les autres départements. Un second séminaire du type "Pont à Mousson" sera organisé début 2020 et ouvert à l'ensemble des chercheurs et ingénieurs afin de construire le schéma stratégique du nouveau département. [L'UMR sera représentée par Myriam, Marta, Jean-Paul et Arndt]


> Des infos sur les nouveaux métaprogrammes (MP) sont disponibles ici. L'unité sera représentée lors du séminaire de bilan et perspectives des MP EcoServ le 15 oct. et ACCAF les 21 et 22 nov. Quant au nouveau MP HOLOFLUX (Holobiontes et flux microbiens au sein des systèmes agri-alimentaires) le séminaire de lancement a lieu aussi les 20 et 21 novembre. [Au sein de l'UMR Corinne a participé à la construction du MP HOLOFLUX].

>Région Nouvelle-Aquitaine / AAP ESR 2020 / Réunion de présentation
 
La Région Nouvelle-Aquitaine vient à la rencontre de la communauté scientifique pour présenter les différents volets de son appel à projets ESR 2020 (volet Recherche & Plateformes mutualisées et ouvertes & volet Enseignement supérieur & volet Vie Etudiante).
Cette journée  sera l’occasion de s’approprier les objectifs de l’appel à projets, les critères et modalités de candidature, les processus de sélection, l'outil de soumission.
 La présentation se déroulera le mardi 8 octobre 2019 sur le site de Talence - Domaine du Haut Carré (Agora & Salle Badiane).
  • Matin 10h30-12h45 : présentation de l'AAP en format plénier
  • Après-midi : 13h30-15 h : présentation du portail de soumission MDNA - Mes demandes d'aides en Nouvelle-Aquitaine et échanges en format restreint avec les chargé(e)s de mission thématiques de la Région Nouvelle-Aquitaine

> L’École Nationale d’Architecture et du Paysage de Bordeaux et l’Agence régionale de la biodiversité NAQ, en partenariat avec Cap Sciences dans le cadre de la fête de la Science, organisent en oct. et nov. un cycle de conférences publiques sur les problématiques environnementales contemporaines et les relations des sociétés à la nature, à travers le temps et les cultures. retrouver le programme ici.
 
BiodivERsA, lance son nouvel appel à projets de recherche sur le thème : Biodiversité et changement climatique. Le Calendrier est le suivant
  • Date de clôture 1re étape (dépôt des pré-propositions, obligatoire) : 5 novembre 2019, 16h00 CET
  • Date de clôture 2e étape (dépôt des propositions) : 10 avril 2020, 16h00 CEST
Bourse de thèse: German Science foundation (DFG) “Detecting genomic signatures of ecological speciation and parallel evolution in oaks", dans le cadre d'un projet coordonné par Oliver Gailing et mené en collaboration avec BIOGECO.

Un poste de chargé de recherche dendrologie - dendroécologie est à pourvoir au sein de l'équipe ONF de l'UMR BIOFORA à Orléans
> Nous les Arbres: exposition jusqu'au 10 novembre. Fondation Cartier pour l'art contemporain (Paris)

> Ciné-débat autour du film
Au nom de la terre le 10 octobre à Cestas. La séance sera suivie d'un débat entre des chercheurs et le public... un des grands sujets du film : l'évolution du monde agricole de ces 40 dernières années!
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