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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Photo du mois

Photo du mois d'Octobre 2018

Photo mois oct_2018

© Rémy Petit

Dans les vergers conservatoires, il y a toujours des surprises. Ici, un châtaignier "chimérique" de la collection INRA de Villenave d'Ornon : le porte greffe s'est développé à côté du greffon. L'arbre a été photographié en pleine floraison lors des suivis effectués par Clément Larue à l'occasion de sa thèse à Biogeco sur la reproduction du châtaignier dans les paysages agriforestiers d'Aquitaine.

Photo du mois de Septembre 2018

Photo mois sept_2018

© Xavier Capdevielle

Photo de Sphinx gazé prise sur la lavande prés du bâtiment de l'Observatoire, à Pierroton

Photo de l’Été 2018

Photo mois été_2018

© Fabrice Vétillard

Monochamus galloprovenciallis : Individu issu de tente d’émergence marqué et lâché sur un dispositif de piégeage systématique (Saint Jean d’Illac). Projet Plurifor juil. 18.

Photo du mois de Juin 2018

Photo mois Juin _2018

© Xavier Capdevielle

Symbole de notre unité ? Quand chêne et pin ne peuvent plus se quitter...

Photo du mois de Mai 2018

Photo mois Mai_2018

© Sophie Gerber

Un Prunus serrulata en fleurs dans le bordelais, l'une des espèces de cerisiers admirées, en fleur, au Japon : Le hamani (littéralement « regarder les fleurs ») est un « sentiment » collectif (japonais). Il ne consiste pas seulement dans la contemplation des cerisiers en fleur, mais dans le ravissement provoqué par le fait d’être-heureux-ensemble en les contemplant. « Le Japon est l’un des pays du monde qui a le plus consciencieusement travaillé à l’élaboration d’une culture végétale et tout particulièrement florale en tissant des relations étroites entre les saisons, les sentiments, les sensations et les significations elles-mêmes. La beauté de la nature tient d’abord à sa transformation, à son impermanence, au caractère éphémère du vivant ». François Laplantine, anthropologue, Le Japon et le sens des extrêmes, 2017.

Photo du mois d'Avril 2018

Photo mois Avril_2018

© Thierry Bélouard

Prise de vue aérienne d’un peuplement de pin maritime en forêt domaniale de Campet (Lot-et-Garonne) fortement attaqué par le fomes (Heterobasidion sp.). Le massif a été survolé par l’avion de l’IGN le 29 octobre 2016 à une altitude de 3500 pieds (focale de l’appareil photo : 125 mm). L’objectif du projet est d’évaluer la possibilité de cartographier les arbres morts et dépérissant à l’aide de la télédétection très haute résolution dans le cadre du risque d’introduction du nématode du pin (Bursaphelencus xylophilus) en France. Les photos sont prises à la verticale afin d’avoir la meilleure vision possible des houppiers. La résolution des images est de 5 cm ce qui permet de visualiser les branches des arbres.

Photo du mois de Mars 2018

Mois mars 2018

©Stefanie Wagner

Réservoir d’eau devient réservoir d’ADN ancien de chêne. Puits en bois de chêne construit il y a environ 3700 ans à Erstein (Alsace, France) fouillé en 2014.

Photo du mois Février 2018

Mois fev 2018

©Rémy Petit

La forêt-galerie du Ciron. Dans un article qui vient de paraître (cf. dernières publications), Adib Ouayjan et Arndt Hampe révèlent des flux de gènes particulièrement limités et le caractère singulier de la hêtraie relique du Ciron.

Photo du mois de Janvier 2018

Mois janv 2018

© Rémy Petit

Une aigrette garzette perchée sur un pin maritime près d'un chêne pédonculé à la réserve ornithologique du Teich. 

Photo des mois de Novembre & Décembre 2017

Mois nov&dec 2017

© Marie Barneix

Lézard vert occidental (Lacerta bilineata). Des premières discussions sur la stratégie d'échantillonnage des taxons faune ciblés dans le cadre du projet BiodiverCité ont été engagées avec les acteurs du réseau de l'OAFS. Les reptiles, amphibiens, odonates et les rhopalocères de la métropole bordelaise feront ainsi l'objet d'une acquisition de données spécifique en 2018/2019.

Photo du mois d'Octobre 2017

Mois oct 2017

© Rémy Petit

Parc National de la Jacques-Cartier, à 30 minutes au nord de la ville de Québec. Ce parc est situé à proximité de la forêt-école de Montmorency, gérée par la Faculté de Foresterie, de Géomatique et de Géographie de l'Université Laval (Québec). Notre unité de recherche a de nombreux échanges avec cette université. En septembre, trois collègues participaient à un colloque sur l'écologie de la végétation en forêt de Montmorency, et un accord pour fonder un réseau de recherche international est en préparation, associant d'autres laboratoires bordelais et québécois.

Photo du mois de Septembre 2017

Photo mois sept

©Frédéric Danjon

Pins maritimes semés de 4 ans à Saint-Alban : les deux arbres sont greffés par leurs racines, si on avait dépressé le plus petit, son système racinaire aurait sans doute survécu, intégré à celui du grand.

Photo de l’Été 2017

Photo mois été

© Frédéric Revers

Photo d'une Piéride du chou (Pieris brassicae, lépidoptère) accompagnée de deux téléphores fauves (Rhagonycha fulva, coléoptère) prise dans le cadre du stage de Julian Descoubes (encadrante principale Alix Sauve). Le stage évalue la faisabilité du protocole SPIPOLL (Suivi Photographique des Insectes POLLinisateurs développé par le MNHN et l’Office Pour les Insectes et leur Environnement) pour le projet BiodiverCité, porté par Marie-Lise Benot, visant à évaluer les réservoirs de biodiversité et les continuités écologiques à l'échelle de Bordeaux Métropole. Ce projet financé par Bordeaux Métropole implique Biogeco, l'Irstea, l'équipe ETI/Labex COTE et Bordeaux Sciences Agro, en collaboration avec les observatoires de biodiversité (OAFS et CBNSA).

Photo du mois de Juin 2017

Photo mois juin

© Marie-Laure Desprez-Loustau

Capteurs de particules (pollens et spores) installés sur un toit à Pierroton dans le cadre d'un projet Transfert du LabEx COTE impliquant de nombreuses personnes de l'unité, en collaboration avec le Réseau National de Surveillance Aérobiologique (bien connu ou à connaitre de ceux souffrant d'allergies saisonnières - voir ici). Le principal objectif du projet est d'étudier la faisabilité d'une lecture "moléculaire" des captures au lieu de la lecture "microscopique" réalisée jusqu'à présent par le RNSA.

Photo du mois de Mai 2017

Photo mai 2017

© Xavier Capdevielle

Peuplement endémique de pins Salzmann en Ardèche. Xavier Capdevielle, Gilles Saint-Jean et Cyril Dutech, accompagnés de Norbert Turion (Inra-Avignon), ont visité plusieurs sites en avril dernier pour faire des relevés de l'état sanitaire de ces peuplements qui occupent désormais des superficies très limitées en France, dans l'Hérault, l'Aveyron, le Gard et les Pyrénées-orientales. Ce travail s'inscrit dans le projet Pins Noirs qui vise à étudier la fréquence des champignons pathogènes et leur diversité génétique dans différents peuplements de Pinus nigra.

Photo du mois d'Avril 2017

Photo mois avril 2017

© Marie Barneix

Le Cordulégastre bidenté, Cordulegaster bidentata, évalué En danger (EN) sur le territoire aquitain suite aux travaux Listes rouges coordonnés par l'OAFS.

Photo du mois de Mars 2017

Photo mois mars 2017

© Edith Reuzeau

Fritillaire pintade qui fleurissent au mois de mars en milieu humide dans le marais de la Vergne dans le Blayais. Elsa Alfonsi a fait des relevés floristiques au tout début de sa thèse (soutenue fin 2016) dans ce marais.

Photo du mois de Février 2017

Photo mois février

© Myriam Baibout

Le Khejri (Prosopis cineraria) est une espèce d’arbre clé du Rajasthan, essentielle à l'économie rurale. Cette espèce domine la forêt dite « épineuse du désert » qui couvre environ 7% du territoire indien. Un inquiétant déclin de cet arbre a été observé au cours des dernières décennies. Les recherches engagées à Biogeco (flux de gènes, capacité de résistance à la sécheresse, et concurrence avec une espèce envahissante), permettront une première évaluation du potentiel de cette espèce à s'adapter aux conséquences du changement climatique, comme expliqué plus en détail ici.

Photo du mois de Janvier 2017

Mésocosme

© Marion Walbott

Dans le cadre de la thèse de Marion Walbott, 48 paires de mésocosmes comme celle-ci ont été disposées dans la vallée du Ciron pour évaluer la réponse des régénérations de hêtre aux variation de canopées forestières. Y a t-il un effet microclimatique de la canopée sur la régénération du hêtre ? Premiers résultats sur les germinations : printemps 2017 !

Photo des mois de Novembre & Décembre 2016

Robinier

© Xavier Bouteiller

Robinier (Robinia pseudoacacia) sur les rives du Mississippi à Memphis (Tennessee). Grâce à un financement de l'unité et de la Société Française d’Écologie, Xavier Bouteiller a pu effectuer cet automne une campagne d'échantillonnage du robinier dans son aire native aux USA. Au terme d'un périple de près de 7000 km, après avoir traversé 15 états, 11 populations ont été échantillonnées, des Monts Ozarks aux Appalaches, et plus de 250 individus ont été prélevés pour être analysés dans le cadre de sa thèse.

Photo du mois d'Octobre 2016

chêne sessile de Bareilles

© Alexis Ducousso

Unité de conservation des ressources génétiques (UC) de chêne sessile de Bareilles (Hautes Pyrénées). Cette UC va recevoir prochainement le label "Aire protégée de type IV" suite à l'adoption de la motion 40 "Integrating forest genetic diversity into protected area conservation objectives" par l'UICN au congrès mondiale de la nature.

Photo du mois de Septembre 2016

Photo sept 2016

© Stéphane Compant

Face inférieure d‘une feuille de chêne (Quercus robur) vue au microscope après marquage des microorganismes. Vert: bactéries ou archées vivantes. Jaune: bactéries ou archées mortes. Rouge clair: champignons ou oomycètes. Le rouge foncé du fond correspond à la chlorophylle de la feuille. Les bactéries sont présentes sur toute la surface la feuille et tendent à s‘agréger autour des stomates et des trichomes (tiré de Vacher et al. Ann. Rev. Ecol. Evol. Syst. 2016)

Photo de l'Été 2016

Photo été 2016

© Xavier Capdeveille

Pins laricio en forêt d'Aïtone (Corse), photographiés lors d'une mission de prospection sur les maladies des arbres par des collègues de l'équipe Gemfor (Laure Villate, Dominique Piou, Cyril Dutech et Xavier Capdevielle)

Photo du mois de Juin 2016

Photo juin 2016

© Xavier Capdevielle

Mise en place d'un dispositif à la Grande Ferrade dans le cadre de la thèse de Pilar Fernandez -Conradi

Photo du mois de Mai 2016

Photo mai 2016

© Rémy Petit

Noelia Gonzalez Muñoz, postdoc à Biogeco, inspectant les plantules des 13 espèces d'arbres et arbustes fortant une véritable mini-forêt dans une serre de l'unité expérimentale forêt à Pierroton. Certains individus ont été "affamés" (déficit de lumière) et/ou assoiffés afin d'étudier comment ces espèces répondent à ces deux contraintes. 

Photo du mois de Avril 2016

photo avril 2016

© Rémy Petit

Ah ah, à quoi servent donc les croisements contrôlés de chêne ? Quatre familles de pleins frères de chênes sessile et pédonculé ont permis de générer une carte génétique haute densité comprenant plus de 5 000 gènes et de mettre en évidence des zones du génome avec des distorsions de ségrégation. Ces distorsions nous renseignent sur les processus de sélection et de spéciation à l'oeuvre chez ces arbres. Pour en savoir plus, c'est ici. Catherine Bodénès.

Photo du mois de Mars 2016

Photo mars

©Bastien Castagneyrol

Cladodes (rameaux ayant l'apparence d'une feuille) de Fragon petit houx en hiver.

Photo du mois de Février 2016

Prairie humide

© Didier Alard

Prairies de Cadaujac, un écosystème "de référence" qui a servi de site donneur pour le transfert de foin dans l'opération de restauration de l'Ile Raymond (avec un joli parterre de fritillaires pintades au premier plan). Les journées-ateliers du réseau national RÉVER consacrées à l'Ecologie de la restauration ont été organisées cette année par notre unité sur le campus et ont connu un gros succès.

Photo du mois de Janvier 2016

Chêne pédonculé

© Rémy Petit

Chêne pédonculé encore couvert de feuilles le 1er janvier 2016 à Arcachon. Cet arbre situé dans un jardin avait été émondé. Les feuilles qui ont repoussé sont restées vertes et fonctionnelles jusqu'à aujourd'hui, l'hiver ayant été inhabituellement doux. Cet arbre illustre, tout comme la présence précoce de plusieurs processions de chenilles sur le domaine INRA de Pierroton-Cestas et dans la ville même de Bordeaux, les modifications des cycles biologiques consécutives au changement climatique.
 

Photo des mois de Novembre & Décembre 2015

Eschweilera_sagotiana

© Myriam Heuertz

Travail de terrain en Guyane : récolte d'échantillons pour analyses génétiques.

Photo du mois d'Octobre 2015

chevechette

© Luc Barbaro

Une jeune chevêchette d'Europe récemment sortie du nid et suivie par télémétrie nous observe fixement depuis son sapin. Hauts Plateaux du Vercors, juillet 2010.

Photo du mois de Septembre 2015

Pin Abiogène

© Annabel Porté

Dispositif Abiogen sur le domaine de Pierroton, 24 juillet 2015. En premier plan, un génotype de Pin maritime au feuillage très desséché : seules la cohorte d'aiguilles de 2015 est encore verte. Les voisins sur la ligne présentent un feuillage partiellement desséché ou totalement vert.

Photo de l’Été 2015

Félix Arnaudin

© Felix Arnaudin, 1896

L'airial de la maison Darcos, à Liposthey. A voir parmi des centaines de clichés de très grande qualité à l'exposition consacrée à Felix Arnaudin (Laboueyre, 1844-1921), qui se tient en ce moment au musée d'Aquitaine : Félix Arnaudin, le guetteur mélancolique.

Photo du mois de Juin 2015

Chenille

©Bastien Castagneyrol

Chenille en plasticine attaqué par un oiseau, sur le dispositif ORPHEE. Ces chenilles sont utilisées pour mesurer la prédation par les oiseaux sur les insectes herbivores, et ainsi étudier l'effet de la diversité en essence sur l'insectivorie, sujet de stage de Master 2 de Bastien Gravellier. On reconnait le chêne pédonculé sur lequel cette chenille était placée.

Photo du mois de Mai 2015

Chene saint engrace

©Antoine Kremer

Le génome du chêne révélé ! Le projet de 3 ans, GENOAK, travail d'un consortium français coordonné par Christophe Plomion, a abouti au séquençage, puis à l'assemblage et à l'annotation du génome du chêne pédonculé. Sa taille est de 1,5 milliards de bases et le nombre de gènes trouvés est de 54.000. Toute l'information sur ce travail est visible ici.

Photo du mois d'Avril 2015

sequenom

© Adline Delcamp & Erwan Guichoux

Silhouettes de chênes du domaine de l'Hermitage à Pierroton se reflétant sur des puces de génotypage dans les locaux de la plateforme Génome Transcriptome. En 2014, 95 puces de 384 individus ont été analysées sur notre spectromètre de masse Sequenom, ce qui représente plus de 36.000 échantillons génotypés (30-40 SNPs chacun). Plus de 75% de ces analyses concernaient les arbres et les écosystèmes forestiers. En 2015, 140 puces sont déjà prévues dont la moitié concernera le projet franco-allemand LargeScale sur la traçabilité génétique des arbres tropicaux menacés par le trafic illégal de bois.

Photo du mois de Mars 2015

chêne cohorte

© Cyril Firmat

Prise le 7 novembre 2014 dans la foret de Réno-Valdieu, cette photo représente un chêne de la cohorte la plus ancienne (environ 300 ans) étudiée dans le cadre du projet Treepeace.

Photo du mois de Février 2015

paysage génétique

© Cuauhtémoc Saenz-Romero

Un "paysage génétique" : cette forêt qui s'étire jusqu'à l'horizon a été conçue, plantée puis mesurée par des collègues de l'unité. Le cliché a été pris en janvier 2015 dans le test de provenances de chênes sessiles de la Petite Charnie, près du Mans (Sarthe), établi il y a 23 ans (tranche 4 du dispositif). Ce test comprend 57 provenances issues de toute l'Europe, testées dans le cadre d'un projet collaboratif européen dirigé par Antoine Kremer et suivi par Alexis Ducousso.

Photo du mois de Janvier 2015

Feuille de chêne givrée

© Inge Van Halder

Une image bien hivernale pour cette première lettre de 2015 : les premières gelées matinales sur les semis de chêne pédonculé.

Photo du mois de Décembre 2014

Mélitée du plantain

© Inge Van Halder

La Mélitée du plantain (Melitaea cinxia) est l'une des 38 espèces de papillons de jour observés pendant les échantillonnages de prairies, bords de routes et chemins en Entre deux-mers en 2014 pour le projet Levana. Dans ce projet nous essayons d’établir le rôle de la connectivité des habitats sur la composition des assemblages de papillons de jour.

Photo du mois de Novembre 2014

Orphée

© Telespazio France 2015. Ortho-photographie drone

Superbe résolution pour ce cliché d'une des parcelles du dispositif ORPHEE à Pierroton, destiné à mesurer l'effet de la biodiversité sur le fonctionnement des forêts. On reconnait les pins et les bouleaux, plantés en mélange dans cette parcelle, ainsi que les ajoncs en fleurs. Communiqué par Bastien Castagneyrol.

Photo du mois d'Octobre 2014

Paleosol

© Stéfanie Wagner

A la Lède du Gurp (Grayan-et-l’Hôpital, Gironde) l’érosion du littoral fait apparaître des troncs de chênes subfossiles ayant 10000 ans environ. Les sédiments argileux et humides favorisent la conservation des éléments végétaux et permettent également de retracer des activités humaines depuis le Mésolithique jusqu’au début de l’Antiquité. Lors d'une d’une fouille archéologique en mars 2014 plusieurs bois de chênes ont été trouvés et datés par la méthode du carbone 14. Des travaux sur l'ADN ancien de ces arbres sont en cours à Biogeco dans le cadre du projet ERC TREEPEACE.

Photo du mois de Septembre 2014

Bois peint d'Oma

© Rémy Petit

 Au nord de Bilbao, dans la réserve de la Biosphère d'Urdaibai, se trouve le Bois Peint d'Oma. Le célèbre peintre et sculpteur Agustín Ibarrola utilisa en 1982 la forêt et les troncs des arbres comme support et matière première de l'une de ses œuvres les plus connues, œuvre vivante qui demande un entretien régulier. À l’image d’un groupe d’arbres constituant une forêt, l’ensemble de ses peintures forme une œuvre artistique unifiée qui demande la collaboration du visiteur pour pouvoir être appréciée dans sa totalité. D’un arbre à l’autre, les motifs peints sont liés et présentent un aspect différent selon la perspective adoptée. Un tableau interactif, vivant et tridimensionnel qui est devenu en moins de trente ans un symbole de la région, dont on ne voit sur ce cliché qu'une toute petite partie.

Photo de l’Été 2014

Robinier

© Annabel Porté

Le robinier (Robinia pseudoacacia) est une espèce à conflit d’usage : bois de classe 4 imputrescible, il est traditionnellement utilisé pour faire des piquets et envisagé par les forestiers comme une essence d’avenir. La reproduction végétative à partir de drageons (tiges issues des racines) lui confère un fort pouvoir invasif en milieu ouvert, ou en zone boisée. Biogeco en collaboration avec l’Université de Liège a commencé des travaux visant à caractériser la diversité génétique de populations américaines, wallonnes et aquitaines. En partenariat avec l’Agence de l’Eau et le Syndicat Mixte du Bassin Versant du Ciron, nous évaluerons aussi sa dynamique locale et son impact écologique.

Photo du mois de Juin 2014

2012_CDC

© Raphaël Segura

L'utilisation d'une lance à air haute pression permet de mettre à nu les systèmes racinaires de pins maritimes sans les endommager. La numérisation 3D in situ que l'on découvre sur cette photographie permet ensuite de relier l'influence de la microtopographie du sol sur l'architecture racinaire. Des travaux sont en cours pour expliquer l'impact de la répartition et la géométrie des racines sur la stabilité des arbres.

Photo du mois de Mai 2014

Cali

© Marie Barneix

Le Calotriton des Pyrénées est un urodèle (= un amphibien pourvu d'une queue !) endémique des Pyrénées. Il habite les cours d'eau frais et bien oxygénées. En Aquitaine on le retrouve donc uniquement dans les Pyrénées-Atlantiques où il est généralement observé entre 800m et 2000m d'altitude. L'espèce est  vulnérable face aux perturbations de la qualité de l'eau, des débits et à l'introduction d'espèces compétitrices ou prédatrices. Elle a été évalué "Quasi-menacée" sur la Liste rouge régionale des amphibiens et reptiles d'Aquitaine qui vient de sortir (cf. rubrique Plateformes et Observatoires).

Photo du mois d'Avril 2014

greg_and_co

© Christophe Plomion

"Les coupeurs de chêne" à l’œuvre dans l'unité expérimentale de Bourran.
 Le projet vise à séquencer le transcriptome de 150 descendants du croisement 3PxA4 (bourgeons récoltés en endo- et eco-dormance) afin de mieux comprendre l'architecture génétique du réseau de gènes impliqués dans la dormance.

Photo du mois de Mars 2014

Photo du mois de Mars 2014

© Didier Bert

Forêt de Sanguinet : étude de l'effet du fomes (un champignon pathogène) sur la croissance du Pin maritime. Repérage GPS de pins morts du fomes et de pins sains, puis comparaison de la croissance entre les catégories de pins. Cette photo montre l'état des pistes forestières le 4 février 2014 : elles servent de rivières pour évacuer les précipitations exceptionnelles. La forêt était imbibée, mais nous étions sobres. Xavier Capdevielle et Didier Bert.

Photo du mois de Février 2014

chêne sessile

© Alexis Ducousso

L'espèce à laquelle appartient ce chêne est bien reconnaissable sur ce cliché d'Alexis Ducousso : il s'agit du chêne sessile, qui doit son nom au fait que son fruit est porté par un court pédoncule et donc apparait sessile, à la différence du fruit du chêne pédonculé. Ces deux espèces de chênes sont l’objet de très nombreux travaux dans l’unité, y compris sur la biologie de la reproduction et la dispersion du pollen et des graines. Ce mois-ci, par exemple, est paru un article de Sophie Gerber et de plusieurs autres collègues de toute l'Europe, mettant en évidence de très forts taux de migration de pollen mais aussi de graines dans les peuplements de chênes (voir Gerber S, Chadœuf J, Gugerli F, Lascoux M, Buiteveld J, Cottrell J, Dounavi A, Fineschi S, Forrest LL, Fogelqvist J, Goicoechea PG, Jensen JS, Salvini D, Vendramin GG, Kremer A (2014) High rates of gene flow by pollen and seed in oak populations across Europe.PLoS ONE9, e85130).

Photo du mois de Janvier 2014

monochamus

© Inge van Halder

Monochamus galloprovincialis est un gros coléoptère xylophage à longues antennes. Il est surpris ici en plein travail par Inge. Guillaume David, doctorant de l'unité, a travaillé sur les capacités de dispersion de cet insecte qui est le vecteur de nématode du pin, un agent pathogène introduit accidentellement au Portugal et actuellement en voie d'expansion vers le nord (voir David G, Giffard B, Piou D, Jactel H (2014) Dispersal capacity of Monochamus galloprovincialis, the European vector of the pine wood nematode, on flight mills.Journal of Applied Entomology).