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GEMFOR : Génétique et écologie des maladies des forêts

Responsable : Jean-Paul Soularue

Gestionnaire : Léa Peypelut

CONTEXTE et ENJEUX

Au sein de l'UMR BIOGECO, l'équipe Gemfor (Génétique et écologie des maladies des forêts) étudie la dynamique et l'évolution des interactions entre les populations d'arbres et leurs agents pathogènes dans le contexte des changements globaux, en particulier les changements climatiques, les introductions d'organismes exotiques et les changements de pratiques sylvicoles. La période récente se caractérise par une augmentation significative des émergences de maladies affectant les arbres forestiers en Europe (nématode du pin, chalarose du frêne, chancre et dépérissement du mélèze, pourridiés et maladie des bandes rouges des résineux, encre du châtaignier ...). Par définition, ces émergences constituent des phénomènes nouveaux dont il importe de comprendre les facteurs et mécanismes afin de limiter l’impact de ces nouvelles maladies.

OBJECTIFS ET STRATEGIE SCIENTIFIQUE

L’objectif général de nos recherches est de produire la connaissance nécessaire pour comprendre, prévenir et gérer les maladies, en particulier maladies émergentes, en forêt. Nous mobilisons des concepts et outils de pathologie végétale, épidémiologie, écologie évolutive, génétique et génomique des populations, génétique quantitative. Nous nous appuyons sur différentes approches qui vont d’observations, échantillonnages et mesures sur le terrain à de la modélisation, en passant par de l'expérimentation en serre ou en forêt.

Nos objectifs plus spécifiques sont les suivants :

1-identifier rapidement les agents pathogènes émergents notamment au sein de complexes d'espèces cryptiques et caractériser leur diversité, génétique et phénotypique
2- caractériser leur pouvoir pathogène (agressivité, virulence, spécialisation parasitaire) et les contextes climatiques et sylvicoles où ils apparaissent les plus dommageables (facteurs de risques épidémiologiques),
3- déterminer leur cycle de vie et leurs caractéristiques biologiques (croissance, reproduction, dispersion, transmission, survie dans l’environnement, réponse à la température)
4- comprendre les mécanismes de régulation naturelle des maladies en forêt : résistance des arbres, au niveau des peuplements et des individus et antagonismes microbiens s’exerçant sur les champignons pathogènes
5 - intégrer ces connaissances dans différents types de modèles, permettant in fine une analyse et gestion des risques sanitaires prenant en compte la diversité des écosystèmes dans lesquels ils s'expriment.
Modèles biologiques principaux : oïdium du chêne (Erysiphe sp.) , chancre du châtaignier (Cryphonectria parasitica), pourridiés des racines de résineux (Armillaria sp. et Heterobasidion sp.), Phytophthora sp., agent de flétrissement des pousses de résineux (Diplodia sapinea), nématodes des pins (Bursaphelencus sp.)

MOTS-CLEFS

Pathologie, interactions hôte-pathogène, écologie et évolution des maladies, santé des forêts, invasions biologiques

MEMBRES DE l'EQUIPE

Permanents
Cyril Dutech (CR INRAE)
Agnès Aubert (TR INRAE)
Cécile Robin (DR INRAE)
Laure Villate (MCU UB)
Jean-Paul Soularue (IE INRAE)
Gilles Saint Jean (AI INRAE)
Thierry Belouard (Ing MAA)
Fanny Robledo-Garcia (IE INRAE)
Méline Saubin (CR INRAE)

CDD/Post-doctorants
Thomas Dumartinet (CDD CR)

Doctorants
Clémence Bécans
Lisa Eichenlaub