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Dernière mise à jour : Mai 2018

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GEMFOR

GEMFOR : Génétique et écologie des maladies des forêts

Responsable : Cyril Dutech

Gestionnaire référente : Chantal Bouquet

CONTEXTE et ENJEUX

Au sein de l'UMR BIOGECO, l'équipe Gemfor (Génétique et écologie des maladies des forêts) étudie la dynamique et l'évolution des interactions entre les populations d'arbres et leurs agents pathogènes dans le contexte des changements globaux, en particulier les changements climatiques, les introductions d'organismes exotiques et les changements de pratiques sylvicoles. La période récente se caractérise par une augmentation significative des émergences de maladies affectant les arbres forestiers en Europe (nématode du pin, chalarose du frêne, chancre et dépérissement du mélèze, pourridiés et maladie des bandes rouges des résineux, encre du châtaignier ...). Par définition, ces émergences constituent des phénomènes nouveaux dont il importe de comprendre les facteurs et mécanismes afin de limiter l’impact de ces nouvelles maladies.

OBJECTIFS ET STRATEGIE SCIENTIFIQUE

L’objectif général de nos recherches est de produire la connaissance nécessaire pour comprendre, prévenir et gérer les maladies, en particulier maladies émergentes, en forêt. Nous mobilisons des concepts et outils de pathologie végétale, épidémiologie, écologie évolutive, génétique et génomique des populations, génétique quantitative. Nous nous appuyons sur différentes approches qui vont d’observations, échantillonnages et mesures sur le terrain à de la modélisation, en passant par de l'expérimentation en serre ou en forêt.

Nos objectifs plus spécifiques sont les suivants :

1-identifier rapidement les agents pathogènes émergents notamment au sein de complexes d'espèces cryptiques et caractériser leur diversité, génétique et phénotypique
2- caractériser leur pouvoir pathogène (agressivité, virulence, spécialisation parasitaire) et les contextes climatiques et sylvicoles où ils apparaissent les plus dommageables (facteurs de risques épidémiologiques),
3- déterminer leur cycle de vie et leurs caractéristiques biologiques (croissance, reproduction, dispersion, transmission, survie dans l’environnement, réponse à la température)
4- comprendre les mécanismes de régulation naturelle des maladies en forêt : résistance des arbres, au niveau des peuplements et des individus et antagonismes microbiens s’exerçant sur les champignons pathogènes
5 - intégrer ces connaissances dans différents types de modèles, permettant in fine une analyse et gestion des risques sanitaires prenant en compte la diversité des écosystèmes dans lesquels ils s'expriment.
Modèles biologiques principaux : oïdium du chêne (Erysiphe sp.) , chancre du châtaignier (Cryphonectria parasitica), pourridiés des racines de résineux (Armillaria sp. et Heterobasidion sp.), Phytophthora sp., agent de flétrissement des pousses de résineux (Diplodia sapinea), nématodes des pins (Bursaphelencus sp.)

MOTS-CLEFS

Pathologie, interactions hôte-pathogène, écologie et évolution des maladies, santé des forêts, invasions biologiques

Permanents

CDD/Post-doctorants

Doctorants

Cyril Dutech

Benoit Laurent

Arthur Demené

Marie-Laure Desprez-Loustau

Agathe Hurel

Cécile Robin

Marylise Marchand

Laure Villate

Jean-Paul Soularue

Gilles Saint Jean

Xavier Capdevielle

Projets de recherche

  • HOMED
  • B4est
  • Samfix
  • Digie
  • Vista
  • Projet SNP-Fomes: « développement de marqueurs génétiques chez Heterobasidion irregulare et Heterobasidion annosum s. s. en vue d'identifier les risques d'introduction et d'introgression d'Heterobasidion irregulare en France » Convention Direction générale de l'Alimentation – Département Santé des Forêts (2019-2020).

L'objectif principal du projet est d'isoler plusieurs variations génétiques répartis sur l'ensemble des génomes d'Heterobasidion permettant à la fois d'identifier l'ensemble des cinq espèces de l'hémisphère nord, et de pouvoir détecter des individus hybrides entre ces espèces. Ces variations devront pouvoir servir à développer des marqueurs génétiques utilisables en routine afin d'identifier rapidement des cas d'introduction sur le territoire national, ainsi que des cas plus discrets d'hybridation identifiés entre H. irregulare et H. annosum s.s.. Certains de ces marqueurs génétiques devront pouvoir aussi être utilisés sur différentes populations d'une même espèce pour estimer des paramètres de dispersion et de reproduction entre les isolats et retracer les processus d'expansion supposés de ces différentes espèces (notamment H. annosum dans le sud-ouest de la France et dans le Massif Central).

  • Projet Pinaster « Innover pour adapter et soutenir la production des peuplements de pin maritime » GIS Pin Maritime du Futur R&D 2015-2020. Volet A du projet : adaptation des arbres et des peuplements aux risques pourridiés en lien avec la gestion sylvicole.
  • Projet ANR Clonix