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DMI : Génétique évolutive d'espèces à cycles de vie complexes : Données et Modèles Intégrés

Responsables : Christian Burban et  Pauline Garnier-Géré

Gestionnaire : Florence Le Pierres

L’équipe DMI a pour objectif principal de décrypter les processus démographiques et sélectifs associés à l’évolution de la diversité génétique au sein d'espèces à cycles de vie et systèmes de reproduction complexes, en combinant des approches de modélisation et des approches expérimentales.

Contexte scientifique

Pour répondre à notre objectif, l’analyse de données génomiques et phénotypiques à haut débit nécessite clairement des approches complémentaires de validation de leur qualité dans un but d’optimisation d’une part, et l’utilisation de différentes méthodes permettant de tester la robustesse des patrons observés d’autre part. La combinaison d’expérimentations et de simulations permettra également d’inférer de meilleurs scénarios évolutifs. Dans ce contexte, nous nous intéressons plus particulièrement aux questions de recherches suivantes :

Questions de recherches

• Quels sont les rôles des traits d’histoires de vie (systèmes de reproduction, composantes de la fitness, traits associés à la démographie…) et des facteurs écologiques (ex : contraintes abiotiques) dans l’adaptation et la spéciation d’espèces pérennes ou de leurs espèces associées ?

• Quelles sont les bases génomiques (architecture / déterminants / contraintes) de traits adaptatifs et de la divergence au sein de complexes d’espèces ?

• Comment inférer les meilleurs scénarios démographiques et estimer différents types de sélection au niveau moléculaire, dans le contexte du développement de méthodes ABC, ou bien d’outils plus généralistes de simulations de processus évolutifs ?

• Comment prédire la variation de traits adaptatifs en populations naturelles, notamment à l’aide de données représentatives de la variation micro-environnementale ?

• Comment tester l’interactions entre génomes, entre génotypes et environnements, et entre gènes dans l’accumulation et le maintien de barrières reproductives entre espèces ?

Ces questions sont traitées à différentes échelles de temps et pour différents types de scénarios démographiques et évolutifs (expansion, goulot d’étranglement, adaptation rapide/invasion, domestication), en étudiant des modèles biologiques appartenant à différentes familles d’espèces ligneuses pérennes de climats tempérées ou tropicaux (e.g. Pinaceae, Fabaceae, (Notho)/Fagaceae, Rosaceae, Lecythidaceae) ou de leurs espèces d’insectes associées (e.g. Processionnaires du pin Thaumetopoea sp, …).

Mots-Clés

Adaptation, spéciation, modélisation, systèmes de reproduction, interactions entre génomes, traits d’histoires de vie, inférences démographiques

Membres de l'équipe
Permanents
Didier Bert (IR, INRAE) 
Christian Burban (IR INRAE)
Pauline Garnier-Géré (CR INRAE)
Myriam Heuertz (DR INRAE)
Camille Lepoittevin (IR INRAE)
Frédéric Raspail (IE INRAE)

Doctorants
Arnaud Chevalier--Mairet
Marie-Gabrielle Harribey