En savoir plus

MARS

Vendredi 22 Mars, 11h00-12h30 - salle des séminaires, B2, Pessac. Discussion avec Sylvie Ferrari et Félix Garnier

L’économie écologique : oxymore ou voie de sortie du productivisme ?

« Économie / Écologie : mariage impossible ? » « Notre système économique est-il incompatible avec l’écologie ? » « L’économie et l’écologie sont-elles conciliables ? » En 3 questions se trouve résumé l’apparent oxymore que constitue l’association entre les termes écologie et économie. Où se niche exactement l’incompatibilité entre le maintien des conditions d’une vie « bonne » pour toutes et tous sur terre et l’économie ? Et de quelle économie parle-t-on ?
Pour apporter un éclairage sur ces questions, Sylvie Ferrari et Félix Garnier seront présent·es pour un séminaire à Biogeco (salle des séminaires du bâtiment B2) le vendredi 22 mars de 11h à 12h30.
Sylvie Ferrari est professeure en économie écologique, membre du laboratoire Bordeaux Sciences Économiques (BSE - UMR CNRS et Université de Bordeaux) et présentera son livre consacré à Nicholas Georgescu-Roegen (1906-1994), économiste et mathématicien, fondateur de la bioéconomie. Roumain d’origine, expatrié aux USA en 1948, Georgescu-Roegen a initié une critique de fond de la pensée économique occidentale, dont une caractéristique principale est la déconnexion entre ses dogmes (comme la croissance) et le fonctionnement de la biosphère, réduite, dans cette pensée, à la fourniture de ressources a priori infinies.
Félix Garnier, doctorant en économie du développement et en économie écologique, interviendra ensuite pour nous présenter notamment la réflexion de Kate Raworth (économiste britannique), qui a popularisé la nécessité de contraindre le fonctionnement économique dans les limites planétaires (représentées par différents types de plafonds écologiques) sous forme d’un beignet (« donut ») ou d'une bouée de sauvetage.
La discussion pourra s’ouvrir sur ce qui, dans ces analyses, pourrait expliquer la difficile mise en œuvre de la transition écologique, à divers niveaux de nos sociétés, et y compris dans nos laboratoires de recherche.

La présentation sera en français.

Lien zoom: https://inrae-fr.zoom.us/j/94536815455

AVRIL

Vendredi 5 Avril - Départ de Pierroton et du B2 à 8h45. Sortie: Présentation de l'Espace Naturel Sensible «  forêt de Migelane » et de sa gestion par le Département 33 et l'ONF - discussion et échange avec le personnel de l'unité.
Vous inscrire auprès de Sandrine pour organiser le co-voiturage.

 Vendredi 12 Avril - Alain Franc et al., "Yapotu : Analyses de séquences pour la caractérisation de la diversité", Airial 9h30-10h30, en présentiel et visio

Yapotu : Analyses de séquences pour la caractérisation de la diversité

Jean-Marc Frigerio & Alain Franc, Pleiade (BioGeCo & INRIA) avec
Frédéric Raspail, Franck Salin, Christophe Boury, Emilie Chancerel & Erwan Guichoux,
Pleiade, PCM & PGTB
« Yapotu » est un logiciel conçu pour analyser les séquences produites par barcoding ou metabarcoding, en proposant plusieurs méthodes pour caractériser la biodiversité, notamment croiser la diversité moléculaire avec la diversité taxonomique. Son point de départ est un fichier de séquences (amplicons courts ou longs, génome entier de virus, chloroplastes entiers, ...), et un fichier de caractères attachés à chaque séquence (une assignation taxonomique, un OTU avec plusieurs possibilités de construction), etc … Cet outil permet de comparer plusieurs inventaires taxonomiques construits avec le même jeu de séquences. Ses caractéristiques sont notamment : (i) proposer des méthodes classiques et nouvelles d’analyse des séquences,  (ii) faciliter l’exploration d’assemblages ou de comparaisons de méthodes (comme en Lego, comparaison ou assemblage des briques) (iii) mettre l’accent sur plusieurs interfaces conviviales, qui soulagent de l’effort de programmation (DSL, Galaxy, menus déroulants et boites de dialogue, ...) (iv) permettre l’évolution via une API pour l’enrichir de nouvelles méthodes, et s’ouvrir sur une communauté de développeurs (v) être facilement interfacé via cette API avec des outils standards type seaview, mafft, phyML, SWARM, etc …. (vi) proposer plusieurs algorithmes, dont BLAST, pour mapper les reads sur des bases de référence, soit NCBI soit dédiées (curées de NCBI). Yapotu propose notamment plusieurs façons de calculer les distances entre séquences, et plusieurs façons de construire des OTUs connaissant les distances. Nous montrerons sur quelques exemples comment l’utiliser et en quoi ces choix ont un impact sur les inventaires en sortie. L’outil est public et disponible sur le git « https://gitlab.inria.fr/biodiversiton/yap » avec un début de documentation (en cours) sous l’onglet documentation.