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St Pee

Aquapôle INRA

Inra Bordeaux-Aquitaine
Quartier Ibarron
64310 Saint-Pée-sur-Nivelle
FRANCE

tél : +33 (0) 5 59 51 59 51
fax : +33 (0) 5 59 54 51 52

Olivier Lepais

Chargé de Recherche (CR2)

Olivier Lepais
Génétique des populations & Génomique écologique et évolutive

Coordonnées | Activités | Projets | LogicielsPublications

Coordonnées

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INRA Bordeaux - Aquitaine
UMR 1224 ECOBIOP
Quartier Ibarron
64310 Saint Pée sur Nivelle
Tel: 05 59 51 59 72
E-mail: olivier.lepais@inra.fr

Activités

Cursus et formation

  • 2011-présent: Chargé de Recherche, INRA, UMR 1224 ECOBIOP, France.
  • 2010-2011: Research Fellow of the Leverhulme Trust, Early Career Fellowship, School of Biological and Environmental Sciences, University of Stirling, Grande Bretagne.
  • 2008-2010: Postdoctoral Research Assistant, School of Biological and Environmental Sciences, University of Stirling, Grande Bretagne. Au sein du groupe Ecologie et Comportement des Bourdons dirigé par D. Goulson puis du groupe de Génétique de la Restoration dirigé par C. Bacles.
  • 2008: Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche, Département Universitaire des Sciences d'Agen, Université Bordeaux I.
  • 2008: Doctorat en Ecologie Evolutive, Fonctionnelle et des Communautés, UMR 1202 BIOGECO, INRA & Université Bordeaux I, France. Thèse: Dynamique d'hybridation dans le complexe d'espèces des chênes blancs européens (sous la direction de S. Gerber et A. Kremer).
  • 2004: Master 2 Recherche Génétique et Développement des Plantes, Université Bordeaux I et II, France.
  • 1998-2004: Formation universitaire en Biologie et Géologie, Université Bordeaux I, France.

Thématiques actuelles

Mes travaux de recherche portent sur l’utilisation d’outils moléculaires et de la théorie de la génétique des populations pour comprendre l’écologie, l’histoire et l’évolution des espèces.

TinySalmon

En collaboration avec mes collègues de l'unité, nous étudions la variabilité de marqueurs moléculaires au sein des populations de salmonidés (principalement saumon Atlantique, Salmo salar, et truite commune, Salmo trutta), afin d'estimer le succès reproducteur de différentes stratégies comportementales.
  
Ces études empiriques ont pour but de vérifier les modèles théoriques ou de proposer de nouveaux modèles afin de mieux comprendre le fonctionnement des populations de salmonidés permettant au final une conservation et une gestion plus efficace de ces espèces menacées.

Jeune alevin saumon Atlantique.

  
Les progrès récents dans le domaine du séquençage de l'ADN permettent maintenant d'appliquer des méthodes d'analyses puissantes, jusqu'à récemment réservées au domaine médical ou limitées à quelques espèces modèles, à des problématiques en écologie et biologique évolutive chez des espèces non modèles. De ce fait, mes thématiques de recherches s'orientent maintenant vers le domaine de la génomique écologique et évolutive afin de tirer parti de ces nouvelles technologies pour mieux comprendre les mécanismes géniques et génomiques impliqués dans divers traits comportementaux chez les salmonidés. Ainsi, je m'intéresse au déterminisme phénomène de maturation précoce des jeunes saumons mâles.

TMP-CycleDeVieSaumon

Illustration du cycle de vie du saumon Atlantique et implication de la maturation male précoce dans son raccourcissement.

Ce comportement de reproduction précoce se traduit par une reproduction de certains mâles à un stade jeune (1 à 2 ans) avant même leur migration marine. Ce phénomène a des conséquences importantes pour le fonctionnement des populations avec par exemple un raccourcissement du temps de génération moyen et une hausse de la taille efficace. L'environnement semble jouer un rôle important dans l'apparition de ce comportement reproducteur qui est très commun dans les populations du sud de l'aire de réparation de l'espèce (péninsule Ibérique, sud de la France), mais plus rare, voire absent dans les populations plus septentrionales. Un de mes objectifs de recherche est de mieux comprendre le déterminisme génétique du phénomène de maturation précoce des jeunes saumons mâles, d'étudier l'architecture génétique liée à ce comportement et les éventuelles pressions de sélections détectable à l'échelle des populations en lien avec ce comportement.

Projets de recherche

MarieCurieAction

2012-2016: UE, Marie Curie Career Integration Grant (PCIG10-GA-2011-303526). GenEarly: Genetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural populations.

Logiciels

  • SimRAD: un package R pour simuler et prédire le nombre de loci attendu lors de l'application des différentes méthodes de génotypage par séquençage haut débit, RAD (Restriction Associated DNA polymorphism) et GBS (Genotyping-by-Sequencing). Voir le poster : "Genotyping by sequencing development for Salmo salar: a simulation-based predictive approach using the R package SimRAD", F1000Posters, 2014, 5:1187.

Sélection de Publications

  • Lepais O, Weir JT. 2014. SimRAD: an R package for simulation-based prediction of the number of loci expected in RADseq and similar genotyping by sequencing approaches. Molecular Ecology Resources, DOI: 10.1111/1755-0998.12273.
  • Lepais O, Muller SD, Saad-Limam SB, Benslama M, Rhazi L, Belouahem-Abed D, Daoud-Bouattour A, Mokhtar Gammar A, Ghrabi-Gammar Z, Bacles CFE. 2013. High genetic diversity and distinctiveness of rear-edge climate relicts maintained by ancient tetraploidisation for Alnus glutinosa. PLOS One, 8:e75029.
  • Lepais O, Roussel G, Hubert F, Kremer A, Gerber S. 2013. Strength and variability of postmating reproductive isolating barriers between four European white oak species. Tree Genetics & Genomes, 9:841-853.
  • Darvill B, Lepais O, Woodall LC, Goulson D. 2012. Triploid bumblebees indicate a direct cost of inbreeding in fragmented populations. Molecular Ecology, 21:3988-3995.
  • Lepais O, Bacles CFE. 2011. Comparison of random and SSR-enriched shotgun pyrosequencing for microsatellite discovery and single multiplex PCR optimisation in Acacia harpophylla F. Muell. Ex Benth. Molecular Ecology Resources, 11:711-724.
  • Lepais O, Bacles CFE. 2011. De novo discovery and multiplexed amplification of microsatellite markers for black alder (Alnus glutinosa) and related species using SSR-enriched shotgun pyrosequencing. Journal of Heredity, 102:622-626.
  • Lepais O, Gerber S. 2011. Reproductive patterns shape introgression dynamics and species succession within the European white oak species complex. Evolution, 65:156-170.
  • Lepais O, Darvill B, O’Connor S, Osborne J L, Sanderson R A, Cussans J, Goffe L, Goulson D. 2010. Estimation of bumblebee queen dispersal distances using sibship reconstruction method. Molecular Ecology 19:819-831.
  • Goulson D, Lepais O, O'Connor S, Osborne JL, Sanderson RA, Cussans J, Goffe L, Darvill B. 2010. Effects of land use at a landscape scale on bumblebee nest density and survival. Journal of Applied Ecology, 47:1207-1215.
  • Lepais O, Petit RJ, Guichoux E, Lavabre J, Alberto F, Kremer A, Gerber S. 2009. Species relative abundance and direction of introgression in oaks. Molecular Ecology 18:2228-2242.
Nuage de mots représentant ma recherche

"Nuage de mots" construit avec les résumés des articles auxquels j'ai participé.