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St Pee

Aquapôle INRA

Inra Bordeaux-Aquitaine
Quartier Ibarron
64310 Saint-Pée-sur-Nivelle
FRANCE

tél : +33 (0) 5 59 51 59 51
fax : +33 (0) 5 59 54 51 52

Marc Jarry

Professeur des Universités

Marc Jarry
© inra, 2007
Ma thématique principale porte sur la modélisation de la dynamique des populations de truite, en particulier lors d'un processus de colonisation

Coordonnées| Activités |Enseignement| Publications

Coordonnées

UMR INRA/UPPA 1224 ECOBIOP
Université de Pau et des Pays de l’Adour
IBEAS, BP 1155
64013 Pau Cedex
Tel : 33(0)5 59 40 74 69
Fax : 33(0)5 59 40 74 94
Courriel : marc.jarry@univ-pau.fr

Activités de Recherches

1.Cursus et formation

  • 1968-1974 : formation universitaire à Tours (Deug), puis Lyon I (Licence, Maîtrise, DEA) en biologie, avec une spécialisation en modélisation débouchant sur une thèse de 3ème cycle : « Étude de la dispersion de la ponte chez Acanthoscelides obtectus Say (Coleptera : Bruchidae) dans un espace limité ».
  • 1973-1974 : Assistant délégué, Université Lyon I. Chargé des TD de mathématique et statistique en 1er cycle de Biologie.
  • 1974-1976 : Professeur de lycée à Kénitra (Maroc), au titre de la coopération militaire puis civile. Enseignement de biologie et géologie en classes de 1ère et terminale et recherche en entomologie forestière au Département de Zoologie (Dir. : A. Fraval) de l' Institut Agronomique et Vétérinaire Hassan II, Rabat, Maroc.
  • 1977-1998 : Attaché puis Chargé de Recherche au CNRS dans les laboratoires suivants :
    * 1977-1991 : Institut de Biocénotique Expérimentale des Agrosystèmes (Dir. : V. Labeyrie), à Tours, puis à Pau à partir de 1983. Travaux sur l’écologie de la bruche du haricot, finalisés par une thèse d’état : « Histoire naturelle de la bruche du haricot dans un agrosystème du Sud-Ouest de la France. Contribution à l'étude de la structure et de la dynamique des populations d'Acanthoscelides obtectus Say dans les stocks et les cultures de Phaseolus vulgaris ». Après cette thèse, collaboration, sur la dynamique des populations de glossines et des populations végétales, en privilégiant l’approche modélisatrice.
    * 1992-98 : équipe « Systèmes Dynamiques » (Dir. : O. Arino) du Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Pau (Dir. : J.-M. Thomas). Développement de modèles dynamiques appliqués aux populations animales et végétales.
  • 1998-2000 : Professeur des Universités, affecté au Laboratoire d’Écologie Moléculaire de Pau (Dir. : C. Mouchès). Projet de restructuration de la biologie à l’UPPA et recherche de collaboration avec l’INRA.
  • A partir de 1999 : chercheur associé et co-animateur de l’Équipe Écologie Comportementale des Poissons de l’INRA de St Pée sur Nivelle (Responsable : Michel Héland).
  • 2001 : création et direction du Laboratoire de Biologie des Populations de l’UPPA, dans la perspective d’une fusion de ces deux équipes pour donner naissance à une Unité de Recherche Mixte entre l’INRA et L’UPPA.
  • 2003 : création et animation, en tant que directeur adjoint, de l’UMR INRA/UPPA 1224 « ECOBIOP », dirigée par Philippe Gaudin).
  • 2007 : renouvellement de l’UMR ECOBIOP et reconduction de l’équipe de direction.

2. Thématiques actuelles

Depuis 2001, mon activité principale est plus tournée vers la gestion, l’animation, la valorisation de la recherche et la direction de doctorants. Je collabore ainsi à plusieurs projets de l’équipe, où j’apporte mes compétences en analyse des données et modélisation. Quelques exemples :

  • utilisation de technique de régression non linéaire pour l’analyse du rythme alimentaire chez la truite arc-en ciel (Valérie Bolliet, 2) ;
  • traitement de données expérimentales sur les effets du colmatage sur le développement des juvéniles de la truite commune (Valérie Bolliet, 4) ;
  • apport de l’analyse multivariée et de la régression logistique pour l’analyse de l’effet des rejets de pisciculture sur la survie embryo-larvaire chez la truite commune (Jacques Dumas, 6).

Ma thématique principale porte sur la modélisation de la dynamique des populations de truite, en particulier lors d’un processus de colonisation. Un premier modèle matriciel sur les données de Kerguelen restitue bien la croissance exponentielle observée, mais minimise les effectifs de truites de mer dans les premières années (1). L’approche démo-génétique et évolutive actuellement développés dans le projet « Kerguelen » devrait permettre de lever ce paradoxe.

Je n’ai pas pour autant complètement oublié la dynamique des populations végétales, avec la poursuite d’une collaboration avec Danièle Magda (INRA-SAD, Toulouse) sur les espèces envahissantes dans les zones de déprise de moyenne montagne (Cerfeuil doré, Rhinante, Genêt à balais, 4).

3. Animation et valorisation

Co-direction d’ECOBIOP et animation du « pôle Modélisation », chargé, entre autres, de la formation « en interne » aux outils de modélisation pour l’ensemble du personnel.

Correspondant scientifique de l’UPPA pour les programmes de recherche mené par le Gis-ECOBAG. Réalisation, en collaboration avec Gilles Bareille, d’un « Cahier du Gis-ECOBAG », faisant le bilan des actions menées dans le programme dit « P1 ». Animation d’un groupe d’étude UPPA « Eau et Développement Durable » dont une première mission était de réaliser un bilan des compétence de l’UPPA dans ce domaine. Forte implication dans différentes actions d’ECOBAG : participation aux restitutions des programmes P1 et P2, animation de réseaux, participation à l’équipe de direction, mise en place des « forums ECOBAG », expertise collective auprès de l’Agence de l’Eau Adour-Garonne.

4. Direction de thèse

  • Estelle Chambon-Dubreuil : « Modélisation de la dynamique de population d’un petit ligneux dominant pâturé (Cytisus scoparius) pour la gestion de l’embroussaillement des zones pastorales ». Co-encadrement : D. Magda, INRA SAD Toulouse, équipe Orphée. Soutenance le 10 octobre 2007.
  • Nicolas Goni, boursier à l’AZTI, Espagne : « Habitat et capturabilité du germon et du thon rouge dans l’Atlantique Nord-Est ». Co-encadrement : H. Arrizabalaga, AZTI.
  • En coursDavid Grimardias : « Succès reproducteur et fitness des mâles précoces du saumon atlantique : effets des facteurs environnementaux ». Co-encadrement : E. Beall, UMR INRA-UPPA ECOBIOP. En cours.
  • Florence Dufour, boursière Marie-Curie à l’AZTI, Espagne : « Meta-analyse des effets de l’environnement sur la dynamique des stocks des prédateurs supérieurs ». Co-encadrement : H. Arrizabalaga, AZTI. En cours

Enseignement

Mon enseignement à l’UPPA concerne la modélisation en biologie. Responsable de quatre modules sur le campus de Pau, dont deux mutualisés sur le campus de Montaury, (OUtils de MOdélisation pour la BIOlogie, OUMOBIO I, II, III, et IV), dispensés en Licence et Master, et d’un cours d’introduction à la dynamique des populations (Licence).

On connaît la difficulté d’enseigner des notions de mathématiques pour les biologistes. Cela m’a conduit à faire, en amateur, un peu d’épistémologie de la discipline (7).

Publications

  1. Jarry M, Davaine P. and Beall E. (1998). A matrix model to study the colonization by brown trout of a virgin ecosystem in the Kerguelen Islands. Acta Biotheoretica, 46 : 253-272.
  2. Bolliet V., Jarry M. and Boujard T. (2004). Rhythmic pattern of growth and nutrient retention in response to feeding time in rainbow trout. Journal of Fish Biology, 64 : 1616-1624.
  3. Jarry M. et Magda D. (2004). Un modèle démographique pour l’étude d’une espèce colonisatrice le Cerfeuil doré Chaerophyllum aureum. In : Organisation spatiale des activités agricoles et processus environnementaux. P. Monestier, S. Lardon et B. Seguin eds., Coll. Science Update, INRA Éditions : 165-178.
  4. Bolliet V., Bardonnet A., Jarry M., Vignes J.C. and Gaudin P. (2005). Does embeddedness affect growth performance in juvenile in juvenile salmonids ? An experimental study in the brown trout, Salmo trutta L. Ecology of Fresh Water Fish, 14 : 289-295.
  5. Jarry M. (2005). Colmatage et vie aquatique de l’hydrosystème Nives. In « Rivières pyrénéennes du piémont atlantique : de l’érosion des sols à la pollution chimique et microbienne ». ECOBAG : Programme de recherche, Cahier technique n°1 : 5-10.
  6. Dumas J., Bassenave J.G., Jarry M., Barriere L. and Glise S. (2007). Effects of fish farm effluents on egg-to-fry development and survival of brown trout in artificial redds. Journal of Fish Biology, 70 (6): 1734-1758.
  7. Jarry M. Modélisation et paradigmes disciplinaires. In : La transférabilité des connaissances, Éditions Quae, à paraître.