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Nouvel outil à haut débit pour quantifier l'expression des gènes de défense de la vigne, la technologie fluidigm et la puce neovigèn

Résumé

Nous avons développé un outil pionnier (puce "NeoViGen96") basé sur une plateforme de réseaux dynamiques microfluidiques (Fluidigm^® de BioMark HD^® , une nouvelle méthodologie q-PCR à haut débit)  pour évaluer les réponses de défense de la vigne. Avec le système Biomark HD, il est possible d'obtenir 9216 données (96 échantillons combinés avec 96 jeux d'amorces) en un seul Run de 4 h. Cette nouvelle méthode flexible a un débit 60 à 70 fois plus élevé qu'avec les méthodes classiques et utilise des quantités d'ADNc de 70 à 150 fois plus petites que les méthodes utilisées par le passé (BioMolChem ou qPFD). En outre, les échantillons et les réactifs utilisés sont environ 6 fois moins chers.

La puce "NeoViGen96" nous a permis de démontrer l'effet stimulateur des défenses de la vigne du BTH dans le vignoble, conduisant à une protection partielle mais significative contre le mildiou. Avec le FOS, la protection de la vigne obtenue contre le mildiou au vignoble ne pouvait pas être expliquée par la faible activité d’induction des défenses de la vigne, ce qui suggère qu'il a une action fongicide dans nos conditions.

Il est maintenant possible d'obtenir une meilleure compréhension des réponses de la vigne à l'élicitation, en conditions contrôlées pour sélectionner des SDP ou étudier le mode d’action des produits mais surtout sur le terrain pour évaluer le potentiel des éliciteurs en les combinant dans des programmes de lutte novateurs en association ou en alternance avec des fongicides conventionnels afin de réduire l'utilisation de fongicides.