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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Axe transversal 1. Mathématiques et informatique appliquées pour la biodiversité

Nous faisons apparaitre ici nos activités autour de l’étude de la biodiversité « du labo et du terrain aux bases de données, logiciels et clusters de calcul », développant ainsi une véritable biodiversité computationnelle, notamment dans le cadre de la nouvelle équipe INRA/INRIA.             

a. Outils moléculaires et méthodes d’analyses associées :
  • Cartographie génétique unifiée des Pinacées et des Fagacées ;
  • Capture d'exome ;
  • Pipeline de développement d’analyses génétiques pour espèces orphelines ;
  • Bases biologiques de l’identification d’espèces ;
  • Métagénomique et génotypage de communautés entières ;
  • Service Galaxy pour un ensemble de programmes produits dans l’unité concernant les patrons de diversité (dont metabarcoding).
b. Modélisation des populations et communautés :
  • Couplage gMetapop et traitement ABC (Approximate Bayesian Computation) ;
  • Modélisation des réseaux d’interaction ;
  • Modélisation des flux de gènes ;
  • Epidémiologie et modélisation des risques biotiques.