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Unité Mixte de Recherche Inra-Univ. Bordeaux "Biodiversité Gènes et Communautés" - Biogeco

Unité mixte de recherche (Inra, Univ. Bordeaux 1) Biodiversité, gènes et communautés (Biogeco)

INRA_rvb150  

INRA Bordeaux-Aquitaine
Site de Recherches Forêt-Bois
69 route d'Arcachon
33612 CESTAS Cedex - FRANCE

Portail Quercus

Quercus_portal

BIOGECO héberge et administre le Portail Chêne, qui est la plateforme européenne des données génomiques et génétiques des chênes et d’autres espèces appartenant aux Fagacées. Le portail donne accès à de nombreuses bases de données :

  • Cartes génétiques de différentes espèces de chênes et de châtaigniers
  • Cartes QTLs de différentes espèces de chênes et de châtaigniers
  • Données passeport de toutes les provenances et tests de provenances de chênes installés en Europe
  • Distribution géographique des fréquences alléliques (haplotypiques) et des paramètres de diversité génétique de Quercus, Castanea, Fagus et Nothofagus de différentes parties du globe.
  • Librairies EST et leurs séquences nucléotidiques
  • Marqueurs microsatellites de Quercus, Castanea, Fagus, Lithocarpus
  • Gènes candidats (et SNPs) de caractères adaptatifs
  • Données fossiles disponibles sur Quercus

Il comprend également des pages d’information générale sur le genre Quercus. Le portail a été développé dans le cadre du réseau EVOLTREE et est aujourd’hui administré par François Ehrenmann (fehrenma_at_pierroton.inra.fr).

Le portail chêne est connecté au laboratoire virtuel ( eLab ) d’EVOLTREE qui a été développé par Dieter Kopecky et Johanna Schmidt de AIT (Austrian Institute of Technology Gmbh). eLab regroupe des nombreuses autres bases de données hébergées par d’autres laboratoires européens, d’accès libre quand elle sont consultées individuellement. Il comprend aussi un moteur de recherches (accessible par les membres d’EVOLTREE) permettant d’interroger de manière interopérable toutes les bases.

Présentation Quercus Portal (PDF)